More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5761 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5761  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
393 aa  775    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.878418  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3358  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.02 
 
 
396 aa  376  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1248  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.11 
 
 
368 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.450925  normal  0.750819 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1375  putative racemase transmembrane protein  49.33 
 
 
368 aa  315  9e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0625806  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.1 
 
 
368 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1622  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.55 
 
 
391 aa  295  7e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.295347  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.8 
 
 
391 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2199  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.62 
 
 
401 aa  292  8e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.28 
 
 
437 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000208733 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1532  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.92 
 
 
390 aa  289  6e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.805397 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1663  Alpha-methylacyl-CoA racemase  49.55 
 
 
377 aa  288  9e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.655782  normal  0.0468636 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2342  Alpha-methylacyl-CoA racemase  46.34 
 
 
391 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.359975  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1356  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.5 
 
 
362 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0359524  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.74 
 
 
393 aa  278  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0453018  normal  0.0946955 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49070  hypothetical protein  41.43 
 
 
393 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016893 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1527  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.72 
 
 
391 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.351028  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1595  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.02 
 
 
412 aa  268  1e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.880614  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4235  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.85 
 
 
393 aa  266  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4191  hypothetical protein  38.97 
 
 
393 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.353514  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0668  CAIB/BAIF family protein  37.21 
 
 
388 aa  262  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3010  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.65 
 
 
397 aa  260  2e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2722  putative alpha-methylacyl-CoA racemase  36.25 
 
 
389 aa  259  6e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.21 
 
 
382 aa  251  2e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2037  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.12 
 
 
350 aa  249  9e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.180097  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.51 
 
 
409 aa  246  4.9999999999999997e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.28 
 
 
350 aa  239  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659137  normal  0.055566 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4167  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.26 
 
 
387 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
377 aa  234  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.35 
 
 
363 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.93 
 
 
381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.63 
 
 
416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.22 
 
 
400 aa  233  6e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.96055  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.43 
 
 
359 aa  230  3e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3486  alpha-methylacyl-CoA racemase  40.16 
 
 
377 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1540  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.55 
 
 
352 aa  230  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.768001  normal  0.494853 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2731  alpha-methylacyl-CoA racemase  40.16 
 
 
377 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  40.16 
 
 
377 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1821  amacr protein  40.16 
 
 
431 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.866292  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1400  CoA-transferase family III protein  38.58 
 
 
353 aa  229  7e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.244343 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  39.9 
 
 
377 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
377 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.63 
 
 
411 aa  229  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  40.42 
 
 
377 aa  229  9e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.26 
 
 
408 aa  229  9e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.37 
 
 
426 aa  228  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.98 
 
 
384 aa  227  3e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  38.3 
 
 
377 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.66 
 
 
386 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.08 
 
 
384 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5665  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.74 
 
 
373 aa  223  4e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.5 
 
 
423 aa  223  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4145  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  37.97 
 
 
414 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0869104  normal  0.342052 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
423 aa  222  8e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.48 
 
 
383 aa  222  9e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5525  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.88 
 
 
378 aa  222  9e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.47 
 
 
380 aa  222  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.04 
 
 
384 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.73 
 
 
385 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
376 aa  221  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.84 
 
 
389 aa  220  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.59 
 
 
385 aa  220  3e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0626  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
383 aa  219  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  0.41477 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.45 
 
 
389 aa  219  8.999999999999998e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.21 
 
 
384 aa  218  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2731  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.21 
 
 
389 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.74 
 
 
388 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.9 
 
 
383 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2536  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.43 
 
 
373 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12317 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.64 
 
 
358 aa  216  5.9999999999999996e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0257  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.21 
 
 
392 aa  215  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  36.96 
 
 
393 aa  215  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.68 
 
 
395 aa  215  9.999999999999999e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2957  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.78 
 
 
364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5019  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.64 
 
 
388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.116039  normal  0.184714 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6900  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.4 
 
 
395 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2107  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
357 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.51 
 
 
369 aa  212  9e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166829  normal  0.79155 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5357  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.46 
 
 
464 aa  212  9e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.203757  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0603  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.64 
 
 
373 aa  212  1e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.69 
 
 
363 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4298  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.69 
 
 
363 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.69 
 
 
363 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2713  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.16 
 
 
386 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.1 
 
 
373 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  36.58 
 
 
395 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0238  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.59 
 
 
374 aa  209  7e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8312  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.82 
 
 
425 aa  209  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0250341  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2266  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.77 
 
 
388 aa  209  1e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302931  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.2 
 
 
394 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.85 
 
 
375 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  35.01 
 
 
393 aa  208  1e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.51 
 
 
364 aa  208  1e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.29 
 
 
418 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2103  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.82 
 
 
372 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.21 
 
 
387 aa  207  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3539  Alpha-methylacyl-CoA racemase  43.65 
 
 
368 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634398  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.43 
 
 
371 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1242  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
376 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.508284  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.74 
 
 
370 aa  207  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.924023 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3283  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.16 
 
 
378 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>