More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0668 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0668  CAIB/BAIF family protein  100 
 
 
388 aa  795    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.73 
 
 
393 aa  441  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0453018  normal  0.0946955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4235  Alpha-methylacyl-CoA racemase  54.01 
 
 
393 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2722  putative alpha-methylacyl-CoA racemase  54.52 
 
 
389 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49070  hypothetical protein  52.59 
 
 
393 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016893 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4191  hypothetical protein  51.3 
 
 
393 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.353514  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2037  Alpha-methylacyl-CoA racemase  57.66 
 
 
350 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.180097  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2199  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.55 
 
 
401 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1527  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.85 
 
 
391 aa  306  5.0000000000000004e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.351028  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.73 
 
 
391 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1622  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.48 
 
 
391 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.295347  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2342  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.04 
 
 
391 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.359975  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3358  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.41 
 
 
396 aa  271  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1532  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
390 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.805397 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5761  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.24 
 
 
393 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.878418  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4167  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.08 
 
 
387 aa  255  8e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.32 
 
 
382 aa  251  1e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.9 
 
 
376 aa  245  8e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.95 
 
 
368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.98 
 
 
408 aa  242  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.36 
 
 
375 aa  242  9e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497661  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0257  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.31 
 
 
392 aa  239  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.59 
 
 
419 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.04 
 
 
437 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000208733 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.59 
 
 
388 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1248  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.95 
 
 
368 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.450925  normal  0.750819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  36.1 
 
 
377 aa  235  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5019  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.71 
 
 
388 aa  233  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.116039  normal  0.184714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1375  putative racemase transmembrane protein  38.89 
 
 
368 aa  232  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0625806  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.84 
 
 
386 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5556  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.93 
 
 
369 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1356  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.3 
 
 
362 aa  230  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0359524  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.36 
 
 
409 aa  230  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1663  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.81 
 
 
377 aa  229  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.655782  normal  0.0468636 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.46 
 
 
384 aa  228  1e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1595  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.09 
 
 
412 aa  228  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.880614  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.1 
 
 
380 aa  228  1e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1606  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.86 
 
 
372 aa  226  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.67 
 
 
373 aa  226  8e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.9 
 
 
413 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.35 
 
 
423 aa  223  4e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.24 
 
 
416 aa  222  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.56 
 
 
377 aa  222  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  35.73 
 
 
358 aa  222  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1483  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.57 
 
 
363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.166224  normal  0.574161 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.97 
 
 
385 aa  220  3e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
400 aa  220  3.9999999999999997e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.96055  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2731  alpha-methylacyl-CoA racemase  33.85 
 
 
377 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  33.85 
 
 
377 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3486  alpha-methylacyl-CoA racemase  33.85 
 
 
377 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1821  amacr protein  33.85 
 
 
431 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.866292  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.4 
 
 
368 aa  219  7e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2731  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.84 
 
 
389 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  33.59 
 
 
377 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  33.59 
 
 
377 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.91 
 
 
411 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3775  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.76 
 
 
370 aa  217  2.9999999999999998e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.46 
 
 
370 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.773202  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5435  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.57 
 
 
370 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512968  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  32.38 
 
 
377 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.46 
 
 
370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.924023 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.51 
 
 
359 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1242  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.2 
 
 
376 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.508284  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0626  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.07 
 
 
383 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  0.41477 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.65 
 
 
363 aa  213  5.999999999999999e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2957  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.77 
 
 
364 aa  213  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.61 
 
 
383 aa  212  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.14 
 
 
395 aa  212  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5665  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.55 
 
 
373 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
364 aa  211  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.32 
 
 
388 aa  210  4e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469817  normal  0.0155235 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.94 
 
 
384 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3010  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.57 
 
 
397 aa  209  6e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
371 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.83 
 
 
389 aa  209  8e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  30.38 
 
 
412 aa  209  8e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3283  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.36 
 
 
378 aa  209  9e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.03 
 
 
384 aa  208  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3636  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.28 
 
 
367 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2103  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.87 
 
 
372 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0309  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.15 
 
 
355 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5525  Alpha-methylacyl-CoA racemase  30.63 
 
 
378 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3935  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.75 
 
 
366 aa  209  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763325  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6850  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.77 
 
 
380 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441483  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
362 aa  208  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.09 
 
 
384 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
387 aa  206  5e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
393 aa  206  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0399  putative fatty acid-CoA racemase  33.43 
 
 
372 aa  206  8e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3181  fatty-acyl-CoA racemase  35.82 
 
 
393 aa  205  9e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0891  hypothetical protein  32.64 
 
 
388 aa  205  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.566516  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2372  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.61 
 
 
364 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.216792  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2713  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.36 
 
 
386 aa  205  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2266  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.73 
 
 
388 aa  204  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302931  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11166  alpha-methylacyl-CoA racemase mcr  32.95 
 
 
395 aa  204  3e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.151416 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6900  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.64 
 
 
395 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.05 
 
 
375 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.85 
 
 
406 aa  202  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.35 
 
 
434 aa  202  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
340 aa  202  9e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>