More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1375 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1375  putative racemase transmembrane protein  100 
 
 
368 aa  739    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0625806  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1248  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  85.33 
 
 
368 aa  640    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.450925  normal  0.750819 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  85.05 
 
 
368 aa  637    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1663  Alpha-methylacyl-CoA racemase  57.42 
 
 
377 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.655782  normal  0.0468636 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.39 
 
 
437 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000208733 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1356  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.68 
 
 
362 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0359524  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3358  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.03 
 
 
396 aa  357  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5761  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.33 
 
 
393 aa  315  9e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.878418  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.93 
 
 
350 aa  289  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659137  normal  0.055566 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1400  CoA-transferase family III protein  44.48 
 
 
353 aa  280  2e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.244343 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1622  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.28 
 
 
391 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.295347  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2342  Alpha-methylacyl-CoA racemase  48.87 
 
 
391 aa  279  7e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.359975  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
391 aa  275  6e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1540  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.91 
 
 
352 aa  275  7e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.768001  normal  0.494853 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1532  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.37 
 
 
390 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.805397 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49070  hypothetical protein  42.18 
 
 
393 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016893 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1184  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.32 
 
 
356 aa  256  4e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1527  Alpha-methylacyl-CoA racemase  43.49 
 
 
391 aa  255  1.0000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.351028  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4191  hypothetical protein  41.62 
 
 
393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.353514  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4235  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.18 
 
 
393 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2722  putative alpha-methylacyl-CoA racemase  39.22 
 
 
389 aa  252  7e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2037  Alpha-methylacyl-CoA racemase  43.57 
 
 
350 aa  250  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.180097  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.62 
 
 
393 aa  248  9e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0453018  normal  0.0946955 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.67 
 
 
409 aa  241  1e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.16 
 
 
359 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3010  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.5 
 
 
397 aa  238  1e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0309  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.24 
 
 
355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1595  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.36 
 
 
412 aa  235  7e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.880614  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.87 
 
 
385 aa  233  6e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.18 
 
 
382 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0668  CAIB/BAIF family protein  38.89 
 
 
388 aa  232  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0238  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.27 
 
 
374 aa  230  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2107  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.46 
 
 
357 aa  229  5e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.79 
 
 
389 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.06 
 
 
400 aa  227  3e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.96055  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  42.24 
 
 
377 aa  226  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1603  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.53 
 
 
347 aa  225  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0977519  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5556  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.45 
 
 
369 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2957  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.3 
 
 
364 aa  224  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.83 
 
 
384 aa  222  6e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.34 
 
 
377 aa  219  7.999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.71 
 
 
363 aa  216  4e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.39 
 
 
376 aa  216  7e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2372  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.29 
 
 
364 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.216792  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2199  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.55 
 
 
401 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.51 
 
 
384 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.07 
 
 
383 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.25 
 
 
384 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3636  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.06 
 
 
367 aa  210  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3775  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.91 
 
 
370 aa  209  6e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.79 
 
 
388 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.75 
 
 
386 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3539  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.77 
 
 
368 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634398  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
364 aa  207  3e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7292  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.14 
 
 
388 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.581936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0626  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.03 
 
 
383 aa  207  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  0.41477 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.1 
 
 
373 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2045  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.22 
 
 
355 aa  206  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1043  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.77 
 
 
386 aa  206  7e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.129255 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5306  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.9 
 
 
365 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0561712  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
362 aa  205  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.11 
 
 
364 aa  204  1e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.012301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.68 
 
 
375 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497661  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.18 
 
 
358 aa  204  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3283  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.77 
 
 
378 aa  203  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0891  hypothetical protein  37.47 
 
 
388 aa  202  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.566516  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.18 
 
 
385 aa  202  7e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2103  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.25 
 
 
372 aa  202  8e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1606  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.73 
 
 
372 aa  202  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1974  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.04 
 
 
363 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.5 
 
 
423 aa  201  9.999999999999999e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.92 
 
 
371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1483  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.9 
 
 
363 aa  200  3.9999999999999996e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.166224  normal  0.574161 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2713  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.46 
 
 
386 aa  199  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3181  fatty-acyl-CoA racemase  39.01 
 
 
393 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0399  putative fatty acid-CoA racemase  37.61 
 
 
372 aa  199  7e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2645  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.36 
 
 
388 aa  199  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.32 
 
 
369 aa  199  7.999999999999999e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166829  normal  0.79155 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0571  putative Alpha-methylacyl-CoA racemase (2-methylacyl-CoA racemase) (2-arylpropionyl-CoA epimerase)  37.4 
 
 
370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552249  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3400  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.19 
 
 
393 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0361519 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.64 
 
 
384 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5435  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.22 
 
 
370 aa  197  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512968  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6900  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.8 
 
 
395 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.34 
 
 
408 aa  196  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6850  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.71 
 
 
380 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441483  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.66 
 
 
380 aa  196  7e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.52 
 
 
381 aa  195  9e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10872  fatty-acid-CoA racemase far  37.64 
 
 
359 aa  194  1e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0374561 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3935  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.43 
 
 
366 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763325  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.41 
 
 
418 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  35.41 
 
 
418 aa  194  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  38.37 
 
 
377 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4578  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.96 
 
 
364 aa  193  4e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.176118 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  38.37 
 
 
377 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.68 
 
 
393 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.38 
 
 
375 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.89 
 
 
389 aa  192  6e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  38.08 
 
 
377 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  38.08 
 
 
377 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>