113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1812 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1812  T/G mismatch-specific endonuclease  100 
 
 		 137 aa  280  5.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0390542  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1618  DNA mismatch endonuclease, vsr  55.3 
 
 		 141 aa  160  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465937  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0270  DNA mismatch endonuclease Vsr  56.25 
 
 		 130 aa  155  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3323  DNA mismatch endonuclease vsr  55.47 
 
 		 140 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.116572 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4758  DNA mismatch endonuclease Vsr  53.73 
 
 		 157 aa  149  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.145292 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0546  DNA mismatch endonuclease Vsr  55.56 
 
 		 141 aa  148  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3762  T/G mismatch-specific endonuclease  52.59 
 
 		 142 aa  145  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00377311  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0981  DNA mismatch endonuclease Vsr  51.85 
 
 		 144 aa  137  6e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00168911 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7068  DNA mismatch endonuclease Vsr  54.89 
 
 		 137 aa  135  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000952537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0761  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.21 
 
 		 137 aa  134  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4985  DNA mismatch endonuclease Vsr  50 
 
 		 146 aa  134  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1715  DNA mismatch endonuclease vsr  55.37 
 
 		 137 aa  134  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301273  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1846  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.54 
 
 		 131 aa  133  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.682693  normal  0.535542 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1128  T/G mismatch-specific endonuclease  50.78 
 
 		 135 aa  132  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000897003  unclonable  0.00000721328 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7047  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.46 
 
 		 146 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3921  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.23 
 
 		 146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0872  T/G mismatch-specific endonuclease  51.49 
 
 		 139 aa  131  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4747  DNA mismatch endonuclease Vsr  51.26 
 
 		 158 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal  0.973977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0528  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.29 
 
 		 138 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.027881  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4111  DNA mismatch endonuclease vsr  48.85 
 
 		 136 aa  127  7.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1524  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.61 
 
 		 141 aa  124  3e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000359719  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3075  DNA mismatch endonuclease vsr  49.15 
 
 		 152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1387  DNA mismatch endonuclease vsr  50.77 
 
 		 136 aa  124  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0082  T/G mismatch-specific endonuclease  52.99 
 
 		 176 aa  123  9e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.199273  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04271  hypothetical protein  40.6 
 
 		 137 aa  123  1e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.300408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2536  T/G mismatch-specific endonuclease  48.87 
 
 		 141 aa  122  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2517  patch repair protein  48.28 
 
 		 149 aa  121  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0753026  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0683  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.2 
 
 		 167 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000492028 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3439  patch repair protein  47.97 
 
 		 154 aa  121  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0413  DNA mismatch endonuclease vsr  52.99 
 
 		 167 aa  120  6e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23201  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3385  DNA mismatch endonuclease vsr  44.53 
 
 		 144 aa  120  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.48656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3056  T/G mismatch-specific endonuclease  47.62 
 
 		 168 aa  119  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3582  DNA mismatch endonuclease vsr  51.3 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.684164  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2798  DNA mismatch endonuclease vsr  44.72 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0146615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0372  T/G mismatch-specific endonuclease  42.86 
 
 		 138 aa  117  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2656  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.96 
 
 		 153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.902598  normal  0.103187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2517  DNA mismatch endonuclease vsr  43.18 
 
 		 147 aa  114  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04381  hypothetical protein  42.02 
 
 		 141 aa  114  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0584444  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0295  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.28 
 
 		 154 aa  115  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1156  T/G mismatch-specific endonuclease  40.74 
 
 		 147 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0930  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.54 
 
 		 140 aa  114  6e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.202867  hitchhiker  0.0000000000699744 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3854  DNA mismatch endonuclease vsr  48.44 
 
 		 165 aa  113  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151081  normal  0.0341159 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1180  T/G mismatch-specific endonuclease  43.8 
 
 		 151 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.209463  normal  0.125774 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0010  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.96 
 
 		 155 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0572  DNA mismatch endonuclease vsr  43.75 
 
 		 157 aa  111  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.529151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08500  T/G mismatch-specific endonuclease  47.32 
 
 		 146 aa  110  6e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.119138 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02370  DNA mismatch endonuclease Vsr, putative  41.27 
 
 		 163 aa  109  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0146  hypothetical protein  46.61 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3443  T/G mismatch-specific endonuclease  43.28 
 
 		 148 aa  109  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1534  T/G mismatch-specific endonuclease  39.23 
 
 		 150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.899719  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2561  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.02 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0208  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.15 
 
 		 131 aa  108  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221365  decreased coverage  0.000000121793 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2062  very short patch repair protein  46.22 
 
 		 156 aa  107  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00234153  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1689  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.22 
 
 		 156 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0196387  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1683  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.22 
 
 		 156 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0286378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1226  very short patch repair protein  46.22 
 
 		 156 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.129783  normal  0.848224 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2141  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.67 
 
 		 148 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.396801  hitchhiker  0.000491126 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0925  very short patch repair protein  46.22 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.896374  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2372  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.25 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182127 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3924  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.48 
 
 		 152 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2736  very short patch repair protein  46.9 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.148066  normal  0.265119 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2062  DNA mismatch endonuclease vsr  40.16 
 
 		 154 aa  105  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023533 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2191  very short patch repair protein  46.22 
 
 		 156 aa  105  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000114608  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0959  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.15 
 
 		 147 aa  104  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000487043  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0451  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.46 
 
 		 138 aa  103  9e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000180735  decreased coverage  0.00102916 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1080  hypothetical protein  36.28 
 
 		 151 aa  102  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1490  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.78 
 
 		 144 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1412  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.26 
 
 		 153 aa  103  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.961068  normal  0.106603 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2741  DNA G:T-mismatch repair endonuclease  44.14 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0890  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.25 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0259609  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3371  T/G mismatch-specific endonuclease  46.02 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000111019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1142  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.02 
 
 		 148 aa  101  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2154  very short patch repair protein  44.54 
 
 		 156 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.646058  normal  0.0336526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2207  very short patch repair protein  44.54 
 
 		 156 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.579149 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2144  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.86 
 
 		 190 aa  101  4e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4265  T/G mismatch-specific endonuclease  41.27 
 
 		 144 aa  100  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2150  very short patch repair protein  44.54 
 
 		 156 aa  100  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.304903 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1128  very short patch repair protein  44.54 
 
 		 156 aa  100  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00164567  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1250  very short patch repair protein  44.54 
 
 		 156 aa  100  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.77058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2284  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.54 
 
 		 147 aa  100  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2857  T/G mismatch-specific endonuclease  42.11 
 
 		 156 aa  99  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.744208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4307  DNA mismatch endonuclease vsr  48.94 
 
 		 105 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.545239  normal  0.0670699 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1536  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.84 
 
 		 150 aa  99  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000110853 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2550  T/G mismatch-specific endonuclease  41.98 
 
 		 163 aa  97.4  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242916  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2315  T/G mismatch-specific endonuclease  40.5 
 
 		 144 aa  96.3  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3575  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.5 
 
 		 141 aa  95.5  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.0000168268  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0566  DNA mismatch endonuclease vsr  44.07 
 
 		 177 aa  95.1  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_255  Vsr domain protein T:G mismatch repair endonuclease  39.68 
 
 		 138 aa  94  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0112407  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4864  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.22 
 
 		 167 aa  93.2  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0234649  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1917  Very short patch repair (Vsr) endonuclease  39.66 
 
 		 144 aa  93.2  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.715559  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0282  putative DNA mismatch endonuclease protein  40.34 
 
 		 161 aa  92.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2283  T/G mismatch-specific endonuclease  42.62 
 
 		 153 aa  91.7  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4450  putative very short patch repair protein  43.8 
 
 		 138 aa  90.5  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0000172417  hitchhiker  0.000789657 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0353  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.16 
 
 		 138 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1087  DNA mismatch endonuclease vsr  44.26 
 
 		 164 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.603393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1452  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.18 
 
 		 144 aa  87.4  6e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68518  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0533  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.86 
 
 		 155 aa  85.1  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1051  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.44 
 
 		 141 aa  85.1  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.080129  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1616  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.37 
 
 		 165 aa  84.3  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000954953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0471  putative patch repair protein  37.59 
 
 		 139 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797287  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>