112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_2736 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011353  ECH74115_2736  very short patch repair protein  100 
 
 
156 aa  322  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.148066  normal  0.265119 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1689  DNA mismatch endonuclease Vsr  99.36 
 
 
156 aa  320  5e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0196387  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1683  DNA mismatch endonuclease Vsr  98.72 
 
 
156 aa  319  9.999999999999999e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0286378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1226  very short patch repair protein  98.72 
 
 
156 aa  319  9.999999999999999e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.129783  normal  0.848224 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2062  very short patch repair protein  98.72 
 
 
156 aa  318  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00234153  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0925  very short patch repair protein  98.72 
 
 
156 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.896374  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2191  very short patch repair protein  98.08 
 
 
156 aa  315  1e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000114608  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2150  very short patch repair protein  86.54 
 
 
156 aa  286  8e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.304903 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1128  very short patch repair protein  86.54 
 
 
156 aa  286  8e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00164567  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1250  very short patch repair protein  86.54 
 
 
156 aa  286  8e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.77058  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2154  very short patch repair protein  85.9 
 
 
156 aa  285  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.646058  normal  0.0336526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2207  very short patch repair protein  85.9 
 
 
156 aa  285  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.579149 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2550  T/G mismatch-specific endonuclease  80 
 
 
163 aa  259  6.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242916  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0572  DNA mismatch endonuclease vsr  60.9 
 
 
157 aa  207  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.529151  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0295  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.71 
 
 
154 aa  150  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4747  DNA mismatch endonuclease Vsr  54.17 
 
 
158 aa  141  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal  0.973977 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3371  T/G mismatch-specific endonuclease  48.61 
 
 
148 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000111019  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0413  DNA mismatch endonuclease vsr  43.71 
 
 
167 aa  139  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23201  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3056  T/G mismatch-specific endonuclease  48.55 
 
 
168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1142  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.61 
 
 
148 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0082  T/G mismatch-specific endonuclease  45.33 
 
 
176 aa  137  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.199273  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2141  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.25 
 
 
148 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.396801  hitchhiker  0.000491126 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3582  DNA mismatch endonuclease vsr  44.06 
 
 
154 aa  135  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.684164  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2372  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.4 
 
 
137 aa  133  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000182127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2561  DNA mismatch endonuclease Vsr  48 
 
 
140 aa  132  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3854  DNA mismatch endonuclease vsr  42.03 
 
 
165 aa  127  8.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151081  normal  0.0341159 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1524  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.97 
 
 
141 aa  124  6e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000359719  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0282  putative DNA mismatch endonuclease protein  42.03 
 
 
161 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0010  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.86 
 
 
155 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191415  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1080  hypothetical protein  33.79 
 
 
151 aa  121  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2517  patch repair protein  43.05 
 
 
149 aa  120  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0753026  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2062  DNA mismatch endonuclease vsr  43.92 
 
 
154 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023533 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1715  DNA mismatch endonuclease vsr  46.15 
 
 
137 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301273  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3924  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.6 
 
 
152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0930  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.63 
 
 
140 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.202867  hitchhiker  0.0000000000699744 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3075  DNA mismatch endonuclease vsr  44.6 
 
 
152 aa  118  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4111  DNA mismatch endonuclease vsr  43.41 
 
 
136 aa  118  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1412  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.54 
 
 
153 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.961068  normal  0.106603 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4265  T/G mismatch-specific endonuclease  46.77 
 
 
144 aa  117  7.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3762  T/G mismatch-specific endonuclease  42.4 
 
 
142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00377311  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2656  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.31 
 
 
153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.902598  normal  0.103187 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0372  T/G mismatch-specific endonuclease  42.28 
 
 
138 aa  113  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3439  patch repair protein  46.22 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04271  hypothetical protein  40.48 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.300408  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0683  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.79 
 
 
167 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000492028 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4758  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.61 
 
 
157 aa  110  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.145292 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0959  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.34 
 
 
147 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000487043  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1387  DNA mismatch endonuclease vsr  42.06 
 
 
136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04381  hypothetical protein  40.35 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0584444  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1917  Very short patch repair (Vsr) endonuclease  38.46 
 
 
144 aa  107  7.000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.715559  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2857  T/G mismatch-specific endonuclease  45 
 
 
156 aa  106  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.744208  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1128  T/G mismatch-specific endonuclease  41.18 
 
 
135 aa  106  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000897003  unclonable  0.00000721328 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1180  T/G mismatch-specific endonuclease  39.53 
 
 
151 aa  106  1e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.209463  normal  0.125774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1490  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.15 
 
 
144 aa  106  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0890  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.32 
 
 
154 aa  106  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0259609  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1812  T/G mismatch-specific endonuclease  46.9 
 
 
137 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0390542  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3323  DNA mismatch endonuclease vsr  40.46 
 
 
140 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.116572 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2536  T/G mismatch-specific endonuclease  41.86 
 
 
141 aa  105  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3385  DNA mismatch endonuclease vsr  41.41 
 
 
144 aa  104  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.48656  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7068  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.26 
 
 
137 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000952537  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4985  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.67 
 
 
146 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3921  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.24 
 
 
146 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0146  hypothetical protein  40.32 
 
 
141 aa  102  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2517  DNA mismatch endonuclease vsr  38.89 
 
 
147 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7047  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.36 
 
 
146 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1156  T/G mismatch-specific endonuclease  40.68 
 
 
147 aa  99  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0528  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.67 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.027881  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0270  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.48 
 
 
130 aa  98.2  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2798  DNA mismatch endonuclease vsr  38.89 
 
 
129 aa  97.8  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0146615  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0761  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.75 
 
 
137 aa  94.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1618  DNA mismatch endonuclease, vsr  37.8 
 
 
141 aa  94.4  5e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465937  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1846  DNA mismatch endonuclease Vsr  34.59 
 
 
131 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.682693  normal  0.535542 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0208  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.12 
 
 
131 aa  94.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221365  decreased coverage  0.000000121793 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2741  DNA G:T-mismatch repair endonuclease  41.67 
 
 
124 aa  91.3  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0353  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.98 
 
 
138 aa  90.5  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0471  putative patch repair protein  38.98 
 
 
139 aa  90.1  9e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797287  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3443  T/G mismatch-specific endonuclease  40.83 
 
 
148 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0546  DNA mismatch endonuclease Vsr  40 
 
 
141 aa  89  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08500  T/G mismatch-specific endonuclease  40.71 
 
 
146 aa  87.4  7e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.119138 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0981  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.09 
 
 
144 aa  85.9  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00168911 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0872  T/G mismatch-specific endonuclease  37.93 
 
 
139 aa  84.3  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2284  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.02 
 
 
147 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_255  Vsr domain protein T:G mismatch repair endonuclease  37.07 
 
 
138 aa  81.3  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0112407  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0451  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.22 
 
 
138 aa  80.9  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000180735  decreased coverage  0.00102916 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3575  DNA mismatch endonuclease Vsr  33.88 
 
 
141 aa  80.1  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.0000168268  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1534  T/G mismatch-specific endonuclease  32.5 
 
 
150 aa  80.1  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.899719  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2144  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.39 
 
 
190 aa  79.3  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384099  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02370  DNA mismatch endonuclease Vsr, putative  31.94 
 
 
163 aa  78.6  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4307  DNA mismatch endonuclease vsr  36.08 
 
 
105 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.545239  normal  0.0670699 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1452  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.5 
 
 
144 aa  77.4  0.00000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68518  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0758  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.12 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00181018  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1536  DNA mismatch endonuclease Vsr  31.15 
 
 
150 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000110853 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2315  T/G mismatch-specific endonuclease  34.45 
 
 
144 aa  72  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1616  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.99 
 
 
165 aa  71.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000954953 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2283  T/G mismatch-specific endonuclease  34.68 
 
 
153 aa  70.5  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0533  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.28 
 
 
155 aa  68.9  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0818  DNA mismatch endonuclease vsr  36.61 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.824711  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0834  DNA mismatch endonuclease vsr  36.61 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0566  DNA mismatch endonuclease vsr  37.07 
 
 
177 aa  67.8  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892788  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4864  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.6 
 
 
167 aa  67  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0234649  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>