113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0471 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0471  putative patch repair protein  100 
 
 
139 aa  284  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797287  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0353  DNA mismatch endonuclease Vsr  76.64 
 
 
138 aa  223  9e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3443  T/G mismatch-specific endonuclease  48.8 
 
 
148 aa  117  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3921  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.62 
 
 
146 aa  117  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1180  T/G mismatch-specific endonuclease  48.41 
 
 
151 aa  116  7.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.209463  normal  0.125774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4985  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.62 
 
 
146 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1156  T/G mismatch-specific endonuclease  45.24 
 
 
147 aa  116  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0683  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.92 
 
 
167 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000492028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7047  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.83 
 
 
146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2517  DNA mismatch endonuclease vsr  48.76 
 
 
147 aa  114  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4111  DNA mismatch endonuclease vsr  42.4 
 
 
136 aa  114  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4265  T/G mismatch-specific endonuclease  45.24 
 
 
144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3385  DNA mismatch endonuclease vsr  49.15 
 
 
144 aa  111  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.48656  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04271  hypothetical protein  37.5 
 
 
137 aa  110  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.300408  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04381  hypothetical protein  40.58 
 
 
141 aa  110  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0584444  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0890  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.86 
 
 
154 aa  110  8.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0259609  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0208  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.54 
 
 
131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221365  decreased coverage  0.000000121793 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3439  patch repair protein  45.13 
 
 
154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2857  T/G mismatch-specific endonuclease  48.62 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.744208  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0372  T/G mismatch-specific endonuclease  41.32 
 
 
138 aa  105  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2798  DNA mismatch endonuclease vsr  40.5 
 
 
129 aa  105  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0146615  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1917  Very short patch repair (Vsr) endonuclease  46.36 
 
 
144 aa  106  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.715559  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2656  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.44 
 
 
153 aa  106  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.902598  normal  0.103187 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1387  DNA mismatch endonuclease vsr  40.8 
 
 
136 aa  105  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0959  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.07 
 
 
147 aa  105  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000487043  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3323  DNA mismatch endonuclease vsr  40.48 
 
 
140 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.116572 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2517  patch repair protein  41.86 
 
 
149 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0753026  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0010  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.95 
 
 
155 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191415  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4758  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.41 
 
 
157 aa  103  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.145292 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2741  DNA G:T-mismatch repair endonuclease  45.45 
 
 
124 aa  103  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1524  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.52 
 
 
141 aa  102  1e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000359719  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2561  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.8 
 
 
140 aa  102  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2062  DNA mismatch endonuclease vsr  43.2 
 
 
154 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023533 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3854  DNA mismatch endonuclease vsr  45.54 
 
 
165 aa  100  8e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151081  normal  0.0341159 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0546  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.67 
 
 
141 aa  99.8  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0146  hypothetical protein  42.86 
 
 
141 aa  98.2  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3762  T/G mismatch-specific endonuclease  40 
 
 
142 aa  97.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00377311  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3075  DNA mismatch endonuclease vsr  42.48 
 
 
152 aa  97.4  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0572  DNA mismatch endonuclease vsr  41.88 
 
 
157 aa  97.4  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.529151  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1412  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.71 
 
 
153 aa  95.9  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.961068  normal  0.106603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1490  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.08 
 
 
144 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1715  DNA mismatch endonuclease vsr  40.46 
 
 
137 aa  94.4  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301273  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0925  very short patch repair protein  40.17 
 
 
156 aa  92  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.896374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0930  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.29 
 
 
140 aa  92  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.202867  hitchhiker  0.0000000000699744 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0761  DNA mismatch endonuclease Vsr  34.68 
 
 
137 aa  91.3  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0528  DNA mismatch endonuclease Vsr  36 
 
 
138 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.027881  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1846  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.02 
 
 
131 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.682693  normal  0.535542 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1080  hypothetical protein  38.53 
 
 
151 aa  90.5  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2550  T/G mismatch-specific endonuclease  39.32 
 
 
163 aa  90.5  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242916  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3924  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.87 
 
 
152 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2154  very short patch repair protein  38.46 
 
 
156 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.646058  normal  0.0336526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2207  very short patch repair protein  38.46 
 
 
156 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.579149 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2150  very short patch repair protein  38.46 
 
 
156 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.304903 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1128  very short patch repair protein  38.46 
 
 
156 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00164567  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1250  very short patch repair protein  38.46 
 
 
156 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.77058  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2736  very short patch repair protein  38.98 
 
 
156 aa  90.1  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.148066  normal  0.265119 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1689  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.32 
 
 
156 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0196387  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2062  very short patch repair protein  39.32 
 
 
156 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00234153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1683  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.32 
 
 
156 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0286378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1226  very short patch repair protein  39.32 
 
 
156 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.129783  normal  0.848224 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2191  very short patch repair protein  39.32 
 
 
156 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000114608  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1618  DNA mismatch endonuclease, vsr  40.48 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465937  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2536  T/G mismatch-specific endonuclease  38.58 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1128  T/G mismatch-specific endonuclease  36.8 
 
 
135 aa  87.8  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000897003  unclonable  0.00000721328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4747  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.82 
 
 
158 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal  0.973977 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0295  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.4 
 
 
154 aa  87  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0872  T/G mismatch-specific endonuclease  38.89 
 
 
139 aa  85.9  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7068  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.22 
 
 
137 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000952537  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08500  T/G mismatch-specific endonuclease  42.24 
 
 
146 aa  84.3  5e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.119138 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1812  T/G mismatch-specific endonuclease  37.59 
 
 
137 aa  83.6  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0390542  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3056  T/G mismatch-specific endonuclease  38.93 
 
 
168 aa  83.2  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0413  DNA mismatch endonuclease vsr  38.46 
 
 
167 aa  83.6  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23201  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3582  DNA mismatch endonuclease vsr  41.96 
 
 
154 aa  83.2  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.684164  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02370  DNA mismatch endonuclease Vsr, putative  41.59 
 
 
163 aa  80.5  0.000000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2284  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.58 
 
 
147 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2372  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.45 
 
 
137 aa  80.5  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000182127 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2141  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.21 
 
 
148 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.396801  hitchhiker  0.000491126 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1534  T/G mismatch-specific endonuclease  36.61 
 
 
150 aa  79  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.899719  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2144  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.74 
 
 
190 aa  78.6  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384099  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0981  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.6 
 
 
144 aa  76.6  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00168911 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0451  DNA mismatch endonuclease Vsr  35.61 
 
 
138 aa  76.3  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000180735  decreased coverage  0.00102916 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3371  T/G mismatch-specific endonuclease  36.36 
 
 
148 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000111019  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_255  Vsr domain protein T:G mismatch repair endonuclease  39.29 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0112407  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0758  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.14 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00181018  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1142  DNA mismatch endonuclease Vsr  35.11 
 
 
148 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0270  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.74 
 
 
130 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4864  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.98 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0234649  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3575  DNA mismatch endonuclease Vsr  35.4 
 
 
141 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.0000168268  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0282  putative DNA mismatch endonuclease protein  34.43 
 
 
161 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0082  T/G mismatch-specific endonuclease  36.7 
 
 
176 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.199273  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1536  DNA mismatch endonuclease Vsr  31.3 
 
 
150 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000110853 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0533  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.21 
 
 
155 aa  67  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2315  T/G mismatch-specific endonuclease  32.14 
 
 
144 aa  67.4  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4307  DNA mismatch endonuclease vsr  40.43 
 
 
105 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.545239  normal  0.0670699 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2197  putative very short patch repair protein  37.5 
 
 
152 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0715413  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4450  putative very short patch repair protein  33.6 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0000172417  hitchhiker  0.000789657 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0348  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.09 
 
 
161 aa  63.2  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1051  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.82 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.080129  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1616  DNA mismatch endonuclease Vsr  35.78 
 
 
165 aa  62  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000954953 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0566  DNA mismatch endonuclease vsr  37.01 
 
 
177 aa  61.2  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892788  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>