113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2741 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2741  DNA G:T-mismatch repair endonuclease  100 
 
 		 124 aa  259  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3385  DNA mismatch endonuclease vsr  64.55 
 
 		 144 aa  157  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.48656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0208  DNA mismatch endonuclease Vsr  56.9 
 
 		 131 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221365  decreased coverage  0.000000121793 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2517  patch repair protein  58.49 
 
 		 149 aa  152  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0753026  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1156  T/G mismatch-specific endonuclease  58.56 
 
 		 147 aa  150  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2656  DNA mismatch endonuclease Vsr  60.38 
 
 		 153 aa  148  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.902598  normal  0.103187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2517  DNA mismatch endonuclease vsr  60.19 
 
 		 147 aa  148  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04271  hypothetical protein  50 
 
 		 137 aa  147  4e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.300408  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7047  DNA mismatch endonuclease Vsr  59.26 
 
 		 146 aa  147  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04381  hypothetical protein  50.89 
 
 		 141 aa  147  6e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0584444  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3921  DNA mismatch endonuclease Vsr  58.33 
 
 		 146 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4985  DNA mismatch endonuclease Vsr  58.33 
 
 		 146 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4265  T/G mismatch-specific endonuclease  62.04 
 
 		 144 aa  145  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0010  DNA mismatch endonuclease Vsr  53.7 
 
 		 155 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0372  T/G mismatch-specific endonuclease  46.72 
 
 		 138 aa  143  6e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0683  DNA mismatch endonuclease Vsr  52.8 
 
 		 167 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000492028 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3439  patch repair protein  55.05 
 
 		 154 aa  141  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1490  DNA mismatch endonuclease Vsr  64.15 
 
 		 144 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7068  DNA mismatch endonuclease Vsr  52 
 
 		 137 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000952537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3323  DNA mismatch endonuclease vsr  53.7 
 
 		 140 aa  137  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.116572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0890  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.67 
 
 		 154 aa  137  6e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0259609  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1715  DNA mismatch endonuclease vsr  51.64 
 
 		 137 aa  135  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301273  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1387  DNA mismatch endonuclease vsr  54.63 
 
 		 136 aa  136  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3075  DNA mismatch endonuclease vsr  53.7 
 
 		 152 aa  135  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2561  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.11 
 
 		 140 aa  134  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4111  DNA mismatch endonuclease vsr  52.78 
 
 		 136 aa  133  8e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2857  T/G mismatch-specific endonuclease  55.24 
 
 		 156 aa  133  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.744208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3854  DNA mismatch endonuclease vsr  51.22 
 
 		 165 aa  132  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151081  normal  0.0341159 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0930  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.54 
 
 		 140 aa  132  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.202867  hitchhiker  0.0000000000699744 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0959  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.74 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000487043  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0146  hypothetical protein  48.33 
 
 		 141 aa  130  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1412  DNA mismatch endonuclease Vsr  56.6 
 
 		 153 aa  131  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.961068  normal  0.106603 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2062  DNA mismatch endonuclease vsr  50 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023533 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2798  DNA mismatch endonuclease vsr  47.15 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0146615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0528  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.07 
 
 		 138 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.027881  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0761  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.9 
 
 		 137 aa  125  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2536  T/G mismatch-specific endonuclease  50.4 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1846  DNA mismatch endonuclease Vsr  52.73 
 
 		 131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.682693  normal  0.535542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4758  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.53 
 
 		 157 aa  124  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.145292 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0413  DNA mismatch endonuclease vsr  52.78 
 
 		 167 aa  121  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23201  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1128  T/G mismatch-specific endonuclease  50.45 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000897003  unclonable  0.00000721328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1142  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.93 
 
 		 148 aa  120  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3371  T/G mismatch-specific endonuclease  47.93 
 
 		 148 aa  120  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000111019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3443  T/G mismatch-specific endonuclease  48.31 
 
 		 148 aa  119  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3056  T/G mismatch-specific endonuclease  49.56 
 
 		 168 aa  119  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3924  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.07 
 
 		 152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08500  T/G mismatch-specific endonuclease  49.12 
 
 		 146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.119138 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1524  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.98 
 
 		 141 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000359719  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0282  putative DNA mismatch endonuclease protein  52.63 
 
 		 161 aa  117  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3582  DNA mismatch endonuclease vsr  49.54 
 
 		 154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.684164  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2141  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.96 
 
 		 148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.396801  hitchhiker  0.000491126 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1618  DNA mismatch endonuclease, vsr  52.73 
 
 		 141 aa  114  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465937  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1534  T/G mismatch-specific endonuclease  48.25 
 
 		 150 aa  115  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.899719  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0082  T/G mismatch-specific endonuclease  46.83 
 
 		 176 aa  114  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.199273  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2144  DNA mismatch endonuclease Vsr  50 
 
 		 190 aa  114  5e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0546  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.07 
 
 		 141 aa  114  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0981  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.92 
 
 		 144 aa  112  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00168911 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4747  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.05 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal  0.973977 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0295  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.37 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1917  Very short patch repair (Vsr) endonuclease  46.28 
 
 		 144 aa  111  3e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.715559  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0270  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.72 
 
 		 130 aa  110  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0872  T/G mismatch-specific endonuclease  47.32 
 
 		 139 aa  110  7.000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3762  T/G mismatch-specific endonuclease  45.37 
 
 		 142 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00377311  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02370  DNA mismatch endonuclease Vsr, putative  48.11 
 
 		 163 aa  110  8.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2372  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.3 
 
 		 137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182127 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1180  T/G mismatch-specific endonuclease  46.23 
 
 		 151 aa  107  8.000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.209463  normal  0.125774 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0471  putative patch repair protein  45.45 
 
 		 139 aa  103  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0353  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.95 
 
 		 138 aa  103  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1812  T/G mismatch-specific endonuclease  44.14 
 
 		 137 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0390542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0572  DNA mismatch endonuclease vsr  43.52 
 
 		 157 aa  100  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.529151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2283  T/G mismatch-specific endonuclease  46.02 
 
 		 153 aa  98.6  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1080  hypothetical protein  36.89 
 
 		 151 aa  97.1  7e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4307  DNA mismatch endonuclease vsr  49.41 
 
 		 105 aa  97.1  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.545239  normal  0.0670699 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2284  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.62 
 
 		 147 aa  95.9  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2062  very short patch repair protein  41.67 
 
 		 156 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00234153  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0758  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.93 
 
 		 136 aa  91.7  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00181018  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1689  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.67 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0196387  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1683  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.67 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0286378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1226  very short patch repair protein  41.67 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.129783  normal  0.848224 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2736  very short patch repair protein  41.67 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.148066  normal  0.265119 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0925  very short patch repair protein  40.74 
 
 		 156 aa  89.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.896374  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4450  putative very short patch repair protein  42.99 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0000172417  hitchhiker  0.000789657 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2191  very short patch repair protein  40.74 
 
 		 156 aa  88.2  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000114608  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_255  Vsr domain protein T:G mismatch repair endonuclease  42.2 
 
 		 138 aa  87.4  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0112407  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4864  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.95 
 
 		 167 aa  87.4  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0234649  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1087  DNA mismatch endonuclease vsr  45.87 
 
 		 164 aa  87  8e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.603393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2550  T/G mismatch-specific endonuclease  40 
 
 		 163 aa  87  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242916  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2315  T/G mismatch-specific endonuclease  37.19 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2154  very short patch repair protein  40.74 
 
 		 156 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.646058  normal  0.0336526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2207  very short patch repair protein  40.74 
 
 		 156 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.579149 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2150  very short patch repair protein  40.74 
 
 		 156 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.304903 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1128  very short patch repair protein  40.74 
 
 		 156 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00164567  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1250  very short patch repair protein  40.74 
 
 		 156 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.77058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1536  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.28 
 
 		 150 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000110853 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0533  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.93 
 
 		 155 aa  85.1  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1452  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.34 
 
 		 144 aa  84.7  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68518  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0818  DNA mismatch endonuclease vsr  42.59 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.824711  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0834  DNA mismatch endonuclease vsr  42.59 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0566  DNA mismatch endonuclease vsr  43.4 
 
 		 177 aa  82.8  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0348  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.5 
 
 		 161 aa  82  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>