113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0348 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0348  DNA mismatch endonuclease Vsr  100 
 
 
161 aa  321  3e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1087  DNA mismatch endonuclease vsr  49.64 
 
 
164 aa  135  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.603393  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2197  putative very short patch repair protein  46.1 
 
 
152 aa  128  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0715413  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1051  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.89 
 
 
141 aa  127  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.080129  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8537  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.17 
 
 
131 aa  127  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00124177  hitchhiker  0.000481782 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0818  DNA mismatch endonuclease vsr  51.28 
 
 
133 aa  122  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.824711  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0834  DNA mismatch endonuclease vsr  51.28 
 
 
133 aa  122  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4450  putative very short patch repair protein  47.11 
 
 
138 aa  122  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0000172417  hitchhiker  0.000789657 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0823  DNA mismatch endonuclease vsr  46.56 
 
 
131 aa  122  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1415  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.76 
 
 
124 aa  121  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0184056  normal  0.0884677 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4414  DNA mismatch endonuclease vsr  52.99 
 
 
152 aa  118  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0927336  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2284  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.45 
 
 
147 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0758  DNA mismatch endonuclease Vsr  52.1 
 
 
136 aa  117  6e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00181018  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0533  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.72 
 
 
155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1616  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.27 
 
 
165 aa  114  7.999999999999999e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000954953 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1176  putative very short patch repair protein  40.56 
 
 
152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.411245  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4864  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.85 
 
 
167 aa  105  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0234649  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1452  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.6 
 
 
144 aa  104  6e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68518  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2144  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.91 
 
 
190 aa  102  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384099  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0566  DNA mismatch endonuclease vsr  46.09 
 
 
177 aa  100  6e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892788  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4111  DNA mismatch endonuclease vsr  40.88 
 
 
136 aa  97.1  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0930  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.69 
 
 
140 aa  94  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.202867  hitchhiker  0.0000000000699744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4747  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.05 
 
 
158 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal  0.973977 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3641  DNA mismatch endonuclease vsr  46.92 
 
 
143 aa  90.5  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2517  patch repair protein  41.1 
 
 
149 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0753026  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1387  DNA mismatch endonuclease vsr  41.18 
 
 
136 aa  89  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2283  T/G mismatch-specific endonuclease  38.19 
 
 
153 aa  88.2  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2517  DNA mismatch endonuclease vsr  43.64 
 
 
147 aa  87.4  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0010  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.61 
 
 
155 aa  87  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191415  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1715  DNA mismatch endonuclease vsr  44.35 
 
 
137 aa  85.5  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301273  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0413  DNA mismatch endonuclease vsr  45.28 
 
 
167 aa  85.5  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23201  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1156  T/G mismatch-specific endonuclease  41.88 
 
 
147 aa  85.5  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3075  DNA mismatch endonuclease vsr  43.97 
 
 
152 aa  85.1  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3854  DNA mismatch endonuclease vsr  40.62 
 
 
165 aa  85.1  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151081  normal  0.0341159 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1846  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.02 
 
 
131 aa  85.1  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.682693  normal  0.535542 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02370  DNA mismatch endonuclease Vsr, putative  29.45 
 
 
163 aa  84  7e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2857  T/G mismatch-specific endonuclease  36.24 
 
 
156 aa  84.3  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.744208  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4758  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.61 
 
 
157 aa  83.6  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.145292 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3762  T/G mismatch-specific endonuclease  37.88 
 
 
142 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00377311  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08500  T/G mismatch-specific endonuclease  33.33 
 
 
146 aa  82.4  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.119138 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2656  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.34 
 
 
153 aa  82  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.902598  normal  0.103187 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2741  DNA G:T-mismatch repair endonuclease  42.5 
 
 
124 aa  82  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2561  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.93 
 
 
140 aa  82  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3323  DNA mismatch endonuclease vsr  43.1 
 
 
140 aa  81.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.116572 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3921  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.09 
 
 
146 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3439  patch repair protein  38.79 
 
 
154 aa  81.3  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3575  DNA mismatch endonuclease Vsr  32.12 
 
 
141 aa  80.9  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.0000168268  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04271  hypothetical protein  35.61 
 
 
137 aa  80.5  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.300408  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2141  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.86 
 
 
148 aa  80.5  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.396801  hitchhiker  0.000491126 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0372  T/G mismatch-specific endonuclease  35.82 
 
 
138 aa  80.1  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4265  T/G mismatch-specific endonuclease  45.37 
 
 
144 aa  80.5  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2062  DNA mismatch endonuclease vsr  41.94 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023533 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0959  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.17 
 
 
147 aa  80.1  0.00000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000487043  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4985  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.11 
 
 
146 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7047  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.09 
 
 
146 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0208  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.91 
 
 
131 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221365  decreased coverage  0.000000121793 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04381  hypothetical protein  36.57 
 
 
141 aa  78.6  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0584444  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2315  T/G mismatch-specific endonuclease  33.08 
 
 
144 aa  79  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0528  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.7 
 
 
138 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.027881  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7068  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.07 
 
 
137 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000952537  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0295  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.39 
 
 
154 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1412  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.5 
 
 
153 aa  77.4  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.961068  normal  0.106603 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0146  hypothetical protein  41.23 
 
 
141 aa  75.9  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1534  T/G mismatch-specific endonuclease  31.94 
 
 
150 aa  75.5  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.899719  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_255  Vsr domain protein T:G mismatch repair endonuclease  38.52 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0112407  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3924  DNA mismatch endonuclease Vsr  40 
 
 
152 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3385  DNA mismatch endonuclease vsr  36.36 
 
 
144 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.48656  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0890  DNA mismatch endonuclease Vsr  31.67 
 
 
154 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0259609  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2536  T/G mismatch-specific endonuclease  41.07 
 
 
141 aa  73.9  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2372  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.51 
 
 
137 aa  73.9  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000182127 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1180  T/G mismatch-specific endonuclease  36.51 
 
 
151 aa  73.9  0.0000000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.209463  normal  0.125774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1490  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.24 
 
 
144 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2798  DNA mismatch endonuclease vsr  36.36 
 
 
129 aa  73.2  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0146615  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0451  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.21 
 
 
138 aa  72.8  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000180735  decreased coverage  0.00102916 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0981  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.09 
 
 
144 aa  72.8  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00168911 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0082  T/G mismatch-specific endonuclease  37.61 
 
 
176 aa  72  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.199273  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0546  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.39 
 
 
141 aa  72  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0683  DNA mismatch endonuclease Vsr  33.57 
 
 
167 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000492028 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0872  T/G mismatch-specific endonuclease  38.18 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1917  Very short patch repair (Vsr) endonuclease  39.02 
 
 
144 aa  70.9  0.000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.715559  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3056  T/G mismatch-specific endonuclease  33.58 
 
 
168 aa  70.5  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1524  DNA mismatch endonuclease Vsr  31.97 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000359719  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1812  T/G mismatch-specific endonuclease  35.25 
 
 
137 aa  69.3  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0390542  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3443  T/G mismatch-specific endonuclease  38.52 
 
 
148 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4307  DNA mismatch endonuclease vsr  40.82 
 
 
105 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.545239  normal  0.0670699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3371  T/G mismatch-specific endonuclease  35.38 
 
 
148 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000111019  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0761  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.7 
 
 
137 aa  69.3  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1536  DNA mismatch endonuclease Vsr  33.33 
 
 
150 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000110853 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0353  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.75 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1080  hypothetical protein  31.13 
 
 
151 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1128  T/G mismatch-specific endonuclease  36.51 
 
 
135 aa  68.2  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000897003  unclonable  0.00000721328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1142  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.61 
 
 
148 aa  68.2  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0572  DNA mismatch endonuclease vsr  34.21 
 
 
157 aa  67  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.529151  normal 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3582  DNA mismatch endonuclease vsr  35.46 
 
 
154 aa  66.2  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.684164  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0282  putative DNA mismatch endonuclease protein  33.93 
 
 
161 aa  63.2  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1618  DNA mismatch endonuclease, vsr  35.34 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465937  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0471  putative patch repair protein  39.09 
 
 
139 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797287  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0270  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.67 
 
 
130 aa  63.2  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2062  very short patch repair protein  33.62 
 
 
156 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00234153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1683  DNA mismatch endonuclease Vsr  33.62 
 
 
156 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0286378 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>