113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1051 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1051  DNA mismatch endonuclease Vsr  100 
 
 
141 aa  278  2e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.080129  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0818  DNA mismatch endonuclease vsr  64.96 
 
 
133 aa  159  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.824711  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0834  DNA mismatch endonuclease vsr  64.96 
 
 
133 aa  159  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0823  DNA mismatch endonuclease vsr  61.79 
 
 
131 aa  159  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2197  putative very short patch repair protein  54.48 
 
 
152 aa  154  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0715413  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1176  putative very short patch repair protein  53.73 
 
 
152 aa  147  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.411245  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1616  DNA mismatch endonuclease Vsr  54.35 
 
 
165 aa  147  6e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000954953 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1087  DNA mismatch endonuclease vsr  57.36 
 
 
164 aa  146  8e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.603393  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4450  putative very short patch repair protein  55.83 
 
 
138 aa  146  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0000172417  hitchhiker  0.000789657 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8537  DNA mismatch endonuclease Vsr  53.91 
 
 
131 aa  144  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00124177  hitchhiker  0.000481782 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1415  DNA mismatch endonuclease Vsr  54.31 
 
 
124 aa  133  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0184056  normal  0.0884677 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4414  DNA mismatch endonuclease vsr  58.27 
 
 
152 aa  128  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0927336  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0348  DNA mismatch endonuclease Vsr  48.89 
 
 
161 aa  127  4.0000000000000003e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0758  DNA mismatch endonuclease Vsr  53.04 
 
 
136 aa  117  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00181018  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0533  DNA mismatch endonuclease Vsr  50.86 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2284  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.07 
 
 
147 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0566  DNA mismatch endonuclease vsr  57.41 
 
 
177 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892788  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1452  DNA mismatch endonuclease Vsr  45.08 
 
 
144 aa  98.2  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68518  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4864  DNA mismatch endonuclease Vsr  46.77 
 
 
167 aa  97.1  7e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0234649  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2517  patch repair protein  44.72 
 
 
149 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0753026  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_255  Vsr domain protein T:G mismatch repair endonuclease  36.43 
 
 
138 aa  94  7e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0112407  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3385  DNA mismatch endonuclease vsr  43.28 
 
 
144 aa  93.2  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.48656  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02370  DNA mismatch endonuclease Vsr, putative  36 
 
 
163 aa  92.4  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3854  DNA mismatch endonuclease vsr  45.38 
 
 
165 aa  90.1  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151081  normal  0.0341159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1156  T/G mismatch-specific endonuclease  39.29 
 
 
147 aa  90.1  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1846  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.13 
 
 
131 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.682693  normal  0.535542 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3439  patch repair protein  37.68 
 
 
154 aa  89  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0546  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.06 
 
 
141 aa  89.4  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7047  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.73 
 
 
146 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0208  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.09 
 
 
131 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221365  decreased coverage  0.000000121793 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2656  DNA mismatch endonuclease Vsr  47.37 
 
 
153 aa  88.6  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.902598  normal  0.103187 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0372  T/G mismatch-specific endonuclease  37.27 
 
 
138 aa  86.7  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2517  DNA mismatch endonuclease vsr  41.23 
 
 
147 aa  86.7  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2536  T/G mismatch-specific endonuclease  35.66 
 
 
141 aa  86.3  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04271  hypothetical protein  35.29 
 
 
137 aa  85.5  2e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.300408  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7068  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.02 
 
 
137 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000952537  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1812  T/G mismatch-specific endonuclease  40.44 
 
 
137 aa  85.1  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0390542  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3921  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.58 
 
 
146 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0890  DNA mismatch endonuclease Vsr  35.04 
 
 
154 aa  85.1  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0259609  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3575  DNA mismatch endonuclease Vsr  31.58 
 
 
141 aa  84.7  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.0000168268  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3056  T/G mismatch-specific endonuclease  38.33 
 
 
168 aa  84.3  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04381  hypothetical protein  38.18 
 
 
141 aa  84  7e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0584444  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4985  DNA mismatch endonuclease Vsr  40 
 
 
146 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2062  DNA mismatch endonuclease vsr  45.37 
 
 
154 aa  82.8  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023533 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4758  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.24 
 
 
157 aa  83.2  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.145292 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1917  Very short patch repair (Vsr) endonuclease  44.17 
 
 
144 aa  83.2  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.715559  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3924  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.17 
 
 
152 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0959  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.44 
 
 
147 aa  83.2  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000487043  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3323  DNA mismatch endonuclease vsr  41.32 
 
 
140 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.116572 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1715  DNA mismatch endonuclease vsr  38.57 
 
 
137 aa  82  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301273  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0761  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.02 
 
 
137 aa  82.4  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2141  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.4 
 
 
148 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.396801  hitchhiker  0.000491126 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0930  DNA mismatch endonuclease Vsr  32.52 
 
 
140 aa  82.4  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.202867  hitchhiker  0.0000000000699744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0528  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.7 
 
 
138 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.027881  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2741  DNA G:T-mismatch repair endonuclease  43.52 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2857  T/G mismatch-specific endonuclease  40.74 
 
 
156 aa  80.9  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.744208  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0010  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.52 
 
 
155 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191415  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3443  T/G mismatch-specific endonuclease  42.98 
 
 
148 aa  80.5  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1536  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.84 
 
 
150 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000110853 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4265  T/G mismatch-specific endonuclease  42.59 
 
 
144 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2798  DNA mismatch endonuclease vsr  36.8 
 
 
129 aa  79  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0146615  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0082  T/G mismatch-specific endonuclease  42.06 
 
 
176 aa  78.6  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.199273  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0413  DNA mismatch endonuclease vsr  45.28 
 
 
167 aa  79  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23201  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4747  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.26 
 
 
158 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal  0.973977 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1490  DNA mismatch endonuclease Vsr  49.55 
 
 
144 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1534  T/G mismatch-specific endonuclease  34.78 
 
 
150 aa  77.8  0.00000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.899719  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2372  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.99 
 
 
137 aa  77.8  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000182127 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3762  T/G mismatch-specific endonuclease  37.7 
 
 
142 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00377311  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0295  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.74 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0872  T/G mismatch-specific endonuclease  39.66 
 
 
139 aa  75.5  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2283  T/G mismatch-specific endonuclease  39.53 
 
 
153 aa  75.9  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1387  DNA mismatch endonuclease vsr  34.96 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2315  T/G mismatch-specific endonuclease  31.54 
 
 
144 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0683  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.8 
 
 
167 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000492028 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4111  DNA mismatch endonuclease vsr  32.52 
 
 
136 aa  73.9  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0146  hypothetical protein  35.45 
 
 
141 aa  72.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3075  DNA mismatch endonuclease vsr  38.46 
 
 
152 aa  73.2  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3371  T/G mismatch-specific endonuclease  41.12 
 
 
148 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000111019  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1142  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.12 
 
 
148 aa  72  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1412  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.25 
 
 
153 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.961068  normal  0.106603 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1524  DNA mismatch endonuclease Vsr  32.84 
 
 
141 aa  71.6  0.000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000359719  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0451  DNA mismatch endonuclease Vsr  33.59 
 
 
138 aa  71.2  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000180735  decreased coverage  0.00102916 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0981  DNA mismatch endonuclease Vsr  40 
 
 
144 aa  70.9  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00168911 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0282  putative DNA mismatch endonuclease protein  35.59 
 
 
161 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3582  DNA mismatch endonuclease vsr  38.33 
 
 
154 aa  70.1  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.684164  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2561  DNA mismatch endonuclease Vsr  29.75 
 
 
140 aa  68.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3641  DNA mismatch endonuclease vsr  42.02 
 
 
143 aa  68.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2144  DNA mismatch endonuclease Vsr  35.9 
 
 
190 aa  68.6  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384099  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1180  T/G mismatch-specific endonuclease  35.77 
 
 
151 aa  67.4  0.00000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.209463  normal  0.125774 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08500  T/G mismatch-specific endonuclease  33.82 
 
 
146 aa  67  0.00000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.119138 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1128  T/G mismatch-specific endonuclease  35.25 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000897003  unclonable  0.00000721328 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1618  DNA mismatch endonuclease, vsr  34.53 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465937  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1080  hypothetical protein  31.13 
 
 
151 aa  65.1  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0270  DNA mismatch endonuclease Vsr  40.18 
 
 
130 aa  63.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0572  DNA mismatch endonuclease vsr  34.29 
 
 
157 aa  63.5  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.529151  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0471  putative patch repair protein  39.82 
 
 
139 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797287  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0353  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.14 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0654  DNA mismatch endonuclease vsr  30.4 
 
 
126 aa  62  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000000411075  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2550  T/G mismatch-specific endonuclease  31.25 
 
 
163 aa  60.5  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242916  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4307  DNA mismatch endonuclease vsr  36.84 
 
 
105 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.545239  normal  0.0670699 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>