113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2315 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2315  T/G mismatch-specific endonuclease  100 
 
 		 144 aa  291  2e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1747  T/G mismatch-specific endonuclease  54.01 
 
 		 138 aa  144  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000813449  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0654  DNA mismatch endonuclease vsr  53.97 
 
 		 126 aa  139  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000000411075  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1536  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.55 
 
 		 150 aa  128  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000110853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4747  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.73 
 
 		 158 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal  0.973977 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1715  DNA mismatch endonuclease vsr  39.71 
 
 		 137 aa  113  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301273  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_255  Vsr domain protein T:G mismatch repair endonuclease  43.41 
 
 		 138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0112407  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3575  DNA mismatch endonuclease Vsr  41.48 
 
 		 141 aa  106  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.0000168268  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3762  T/G mismatch-specific endonuclease  44.17 
 
 		 142 aa  106  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00377311  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2284  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.1 
 
 		 147 aa  104  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0010  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.03 
 
 		 155 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2517  patch repair protein  37.23 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0753026  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4758  DNA mismatch endonuclease Vsr  35 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.145292 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2517  DNA mismatch endonuclease vsr  38.69 
 
 		 147 aa  102  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3439  patch repair protein  35.71 
 
 		 154 aa  101  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0930  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.14 
 
 		 140 aa  100  9e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.202867  hitchhiker  0.0000000000699744 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0413  DNA mismatch endonuclease vsr  39.5 
 
 		 167 aa  100  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23201  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2372  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.71 
 
 		 137 aa  99  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182127 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2283  T/G mismatch-specific endonuclease  36.23 
 
 		 153 aa  98.2  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3582  DNA mismatch endonuclease vsr  40 
 
 		 154 aa  97.8  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.684164  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1412  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.02 
 
 		 153 aa  97.4  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.961068  normal  0.106603 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3075  DNA mismatch endonuclease vsr  38.66 
 
 		 152 aa  96.7  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1812  T/G mismatch-specific endonuclease  40.5 
 
 		 137 aa  96.3  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0390542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0890  DNA mismatch endonuclease Vsr  39.17 
 
 		 154 aa  96.3  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0259609  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1387  DNA mismatch endonuclease vsr  37.82 
 
 		 136 aa  95.5  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1616  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.93 
 
 		 165 aa  95.5  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000954953 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0451  DNA mismatch endonuclease Vsr  44.54 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000180735  decreased coverage  0.00102916 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4111  DNA mismatch endonuclease vsr  37.82 
 
 		 136 aa  95.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02370  DNA mismatch endonuclease Vsr, putative  43.31 
 
 		 163 aa  95.1  3e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.225751  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1524  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.1 
 
 		 141 aa  95.1  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000359719  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1917  Very short patch repair (Vsr) endonuclease  38.4 
 
 		 144 aa  94  6e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.715559  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2798  DNA mismatch endonuclease vsr  38.89 
 
 		 129 aa  93.6  7e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0146615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3921  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.67 
 
 		 146 aa  93.6  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4985  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.67 
 
 		 146 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1156  T/G mismatch-specific endonuclease  37.5 
 
 		 147 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2561  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.52 
 
 		 140 aa  91.7  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2062  DNA mismatch endonuclease vsr  33.33 
 
 		 154 aa  91.3  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023533 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0566  DNA mismatch endonuclease vsr  31.75 
 
 		 177 aa  91.3  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0082  T/G mismatch-specific endonuclease  37.9 
 
 		 176 aa  90.5  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.199273  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7047  DNA mismatch endonuclease Vsr  34.17 
 
 		 146 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0959  DNA mismatch endonuclease Vsr  42.15 
 
 		 147 aa  90.1  8e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000487043  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3854  DNA mismatch endonuclease vsr  38.33 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151081  normal  0.0341159 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0546  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.05 
 
 		 141 aa  89.7  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2857  T/G mismatch-specific endonuclease  34.15 
 
 		 156 aa  89.4  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.744208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3385  DNA mismatch endonuclease vsr  33.57 
 
 		 144 aa  88.6  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.48656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0528  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.31 
 
 		 138 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.027881  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2197  putative very short patch repair protein  38.76 
 
 		 152 aa  87.8  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0715413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0758  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.38 
 
 		 136 aa  88.2  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00181018  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7068  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.71 
 
 		 137 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000952537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2656  DNA mismatch endonuclease Vsr  30.43 
 
 		 153 aa  87  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.902598  normal  0.103187 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0295  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.66 
 
 		 154 aa  86.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04271  hypothetical protein  38.6 
 
 		 137 aa  86.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.300408  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04381  hypothetical protein  38.6 
 
 		 141 aa  86.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0584444  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0572  DNA mismatch endonuclease vsr  34.07 
 
 		 157 aa  86.3  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.529151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2741  DNA G:T-mismatch repair endonuclease  37.19 
 
 		 124 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1142  DNA mismatch endonuclease Vsr  30.56 
 
 		 148 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4864  DNA mismatch endonuclease Vsr  43.48 
 
 		 167 aa  85.9  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0234649  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0208  DNA mismatch endonuclease Vsr  35.11 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221365  decreased coverage  0.000000121793 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3056  T/G mismatch-specific endonuclease  34.11 
 
 		 168 aa  84.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2536  T/G mismatch-specific endonuclease  33.58 
 
 		 141 aa  84.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1080  hypothetical protein  40 
 
 		 151 aa  84.3  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1490  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.14 
 
 		 144 aa  84  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3371  T/G mismatch-specific endonuclease  32 
 
 		 148 aa  83.6  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000111019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1846  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.11 
 
 		 131 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.682693  normal  0.535542 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2550  T/G mismatch-specific endonuclease  36.07 
 
 		 163 aa  83.6  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242916  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1618  DNA mismatch endonuclease, vsr  37.19 
 
 		 141 aa  83.2  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465937  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0372  T/G mismatch-specific endonuclease  35.65 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1452  DNA mismatch endonuclease Vsr  38.33 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68518  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1176  putative very short patch repair protein  35.71 
 
 		 152 aa  82.4  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.411245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3323  DNA mismatch endonuclease vsr  39.29 
 
 		 140 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.116572 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0872  T/G mismatch-specific endonuclease  34.53 
 
 		 139 aa  82  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1180  T/G mismatch-specific endonuclease  35.48 
 
 		 151 aa  81.6  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.209463  normal  0.125774 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2141  DNA mismatch endonuclease Vsr  32 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.396801  hitchhiker  0.000491126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3924  DNA mismatch endonuclease Vsr  31.08 
 
 		 152 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1415  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.93 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0184056  normal  0.0884677 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8537  DNA mismatch endonuclease Vsr  31.62 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00124177  hitchhiker  0.000481782 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0761  DNA mismatch endonuclease Vsr  35.34 
 
 		 137 aa  80.5  0.000000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0146  hypothetical protein  36.13 
 
 		 141 aa  80.1  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1128  T/G mismatch-specific endonuclease  33.87 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000897003  unclonable  0.00000721328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4450  putative very short patch repair protein  32.31 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0000172417  hitchhiker  0.000789657 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0282  putative DNA mismatch endonuclease protein  36.97 
 
 		 161 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0348  DNA mismatch endonuclease Vsr  33.08 
 
 		 161 aa  79  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0981  DNA mismatch endonuclease Vsr  36.59 
 
 		 144 aa  79  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00168911 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1087  DNA mismatch endonuclease vsr  33.09 
 
 		 164 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.603393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0823  DNA mismatch endonuclease vsr  35.51 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0533  DNA mismatch endonuclease Vsr  37.17 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08500  T/G mismatch-specific endonuclease  38.53 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.119138 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0818  DNA mismatch endonuclease vsr  37.07 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.824711  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0834  DNA mismatch endonuclease vsr  37.07 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1534  T/G mismatch-specific endonuclease  34.68 
 
 		 150 aa  75.1  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.899719  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0683  DNA mismatch endonuclease Vsr  30.3 
 
 		 167 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000492028 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1051  DNA mismatch endonuclease Vsr  31.54 
 
 		 141 aa  75.1  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.080129  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2144  DNA mismatch endonuclease Vsr  33.33 
 
 		 190 aa  74.7  0.0000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2062  very short patch repair protein  34.45 
 
 		 156 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00234153  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1689  DNA mismatch endonuclease Vsr  34.45 
 
 		 156 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0196387  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1683  DNA mismatch endonuclease Vsr  34.45 
 
 		 156 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0286378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1226  very short patch repair protein  34.45 
 
 		 156 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.129783  normal  0.848224 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2154  very short patch repair protein  32.59 
 
 		 156 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.646058  normal  0.0336526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2207  very short patch repair protein  32.59 
 
 		 156 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.579149 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2736  very short patch repair protein  34.45 
 
 		 156 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.148066  normal  0.265119 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>