More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0644 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0644  L-alanine dehydrogenase  100 
 
 		 360 aa  710    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0163918  normal  0.784685 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1368  alanine dehydrogenase  54.29 
 
 		 372 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3222  L-alanine dehydrogenase  55.12 
 
 		 372 aa  359  5e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0766245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2966  L-alanine dehydrogenase  56.18 
 
 		 371 aa  358  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2462  alanine dehydrogenase  52.56 
 
 		 376 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000220592  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1635  alanine dehydrogenase  52.29 
 
 		 363 aa  355  6.999999999999999e-97  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.348616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1609  alanine dehydrogenase  52.29 
 
 		 363 aa  355  6.999999999999999e-97  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0666  alanine dehydrogenase  50.57 
 
 		 372 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0986  hypothetical protein  54.14 
 
 		 373 aa  353  4e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4054  alanine dehydrogenase  53.19 
 
 		 371 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2698  alanine dehydrogenase  51.4 
 
 		 373 aa  351  1e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0955  hypothetical protein  53.87 
 
 		 373 aa  350  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2145  L-alanine dehydrogenase  53.82 
 
 		 371 aa  350  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.147893 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1068  alanine dehydrogenase  50.28 
 
 		 371 aa  349  3e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5016  alanine dehydrogenase  51.52 
 
 		 372 aa  349  4e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0921868 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1570  alanine dehydrogenase  54.14 
 
 		 373 aa  348  9e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.59479  normal  0.391065 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1428  L-alanine dehydrogenase  52.35 
 
 		 371 aa  347  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.524498  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1155  alanine dehydrogenase  49.86 
 
 		 373 aa  347  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0320425  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0663  alanine dehydrogenase and pyridine nucleotide transhydrogenase  52.35 
 
 		 367 aa  346  3e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0662308 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3512  alanine dehydrogenase  52.07 
 
 		 377 aa  347  3e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0543  alanine dehydrogenase  55.52 
 
 		 371 aa  346  4e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1177  alanine dehydrogenase  53.43 
 
 		 362 aa  345  7e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2109  L-alanine dehydrogenase  54.39 
 
 		 370 aa  343  2e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0765  alanine dehydrogenase  51.4 
 
 		 372 aa  343  2e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1770  alanine dehydrogenase  52.57 
 
 		 370 aa  343  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000379801  normal  0.0234483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2217  alanine dehydrogenase  50.83 
 
 		 371 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174643  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1760  L-alanine dehydrogenase  52.82 
 
 		 363 aa  341  1e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2189  alanine dehydrogenase  51.25 
 
 		 371 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000553576  normal  0.0277936 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1557  alanine dehydrogenase  51.38 
 
 		 372 aa  340  2e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0822  alanine dehydrogenase  55.18 
 
 		 371 aa  340  2e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.231531  normal  0.709879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2154  alanine dehydrogenase  50.83 
 
 		 371 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000415402  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1797  L-alanine dehydrogenase  53.74 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.297694 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2013  alanine dehydrogenase  50.28 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000175382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1847  alanine dehydrogenase  53.82 
 
 		 370 aa  339  5e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1961  L-alanine dehydrogenase  50.55 
 
 		 371 aa  339  5e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000331426  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2015  L-alanine dehydrogenase  50.55 
 
 		 371 aa  339  5e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000641536  normal  0.0233457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2048  L-alanine dehydrogenase  50.55 
 
 		 371 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000213241  hitchhiker  0.00195154 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2325  alanine dehydrogenase  50.83 
 
 		 371 aa  338  7e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3628  L-alanine dehydrogenase  52.21 
 
 		 374 aa  338  9e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.243923 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1216  alanine dehydrogenase  52.65 
 
 		 369 aa  338  9.999999999999999e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.605353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0416  alanine dehydrogenase  51.24 
 
 		 390 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.533057  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3686  L-alanine dehydrogenase  54.7 
 
 		 372 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1261  alanine dehydrogenase  52.37 
 
 		 369 aa  337  1.9999999999999998e-91  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4118  alanine dehydrogenase  53.46 
 
 		 371 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0906  L-alanine dehydrogenase  51.4 
 
 		 367 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1049  alanine dehydrogenase  50.41 
 
 		 374 aa  335  5e-91  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3605  alanine dehydrogenase  48.34 
 
 		 371 aa  335  5.999999999999999e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1670  L-alanine dehydrogenase  48.08 
 
 		 371 aa  335  7e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.379169  hitchhiker  0.00928718 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3297  alanine dehydrogenase  53.19 
 
 		 371 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4146  alanine dehydrogenase  53.19 
 
 		 371 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.110875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1767  alanine dehydrogenase  53.26 
 
 		 370 aa  334  1e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5117  alanine dehydrogenase  51.66 
 
 		 374 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.564204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4220  alanine dehydrogenase  53.19 
 
 		 371 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.757032  normal  0.167036 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3643  alanine dehydrogenase  53.19 
 
 		 371 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1520  alanine dehydrogenase  51.65 
 
 		 371 aa  333  4e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0484059  hitchhiker  0.000320344 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2026  alanine dehydrogenase  51.38 
 
 		 371 aa  332  5e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  unclonable  0.00000166199 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4159  alanine dehydrogenase  52.08 
 
 		 372 aa  332  6e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1288  L-alanine dehydrogenase  54.29 
 
 		 372 aa  332  9e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.109562  normal  0.0699401 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2170  alanine dehydrogenase  51.8 
 
 		 369 aa  331  1e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.443019  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7155  alanine dehydrogenase  52.29 
 
 		 372 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.301485 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0622  alanine dehydrogenase  51.4 
 
 		 373 aa  331  1e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1800  alanine dehydrogenase  48.6 
 
 		 372 aa  330  2e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2104  L-alanine dehydrogenase  49.86 
 
 		 371 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.364817  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3804  alanine dehydrogenase  48.6 
 
 		 366 aa  330  2e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2442  alanine dehydrogenase  54.97 
 
 		 372 aa  331  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.4786 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1765  alanine dehydrogenase  48.6 
 
 		 372 aa  330  2e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2150  L-alanine dehydrogenase  49.86 
 
 		 371 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.093949 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1168  L-alanine dehydrogenase  54.21 
 
 		 371 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1793  alanine dehydrogenase  50.83 
 
 		 378 aa  329  4e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000626319  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2087  L-alanine dehydrogenase  49.86 
 
 		 371 aa  329  4e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.193129 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3380  alanine dehydrogenase  50.55 
 
 		 377 aa  328  6e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.748696  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1743  alanine dehydrogenase  50.99 
 
 		 371 aa  328  7e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.359397  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0723  L-alanine dehydrogenase  55.8 
 
 		 372 aa  328  7e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0558  alanine dehydrogenase  54.7 
 
 		 371 aa  328  9e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.87759  normal  0.209047 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2355  alanine dehydrogenase  49.58 
 
 		 371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470205 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2378  alanine dehydrogenase  55.8 
 
 		 372 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.661312 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3174  L-alanine dehydrogenase  49.01 
 
 		 361 aa  327  2.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.18262  normal  0.22537 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1058  L-alanine dehydrogenase  49.31 
 
 		 371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0315596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2125  alanine dehydrogenase  50 
 
 		 371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000258427  normal  0.0430396 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2761  alanine dehydrogenase  51.66 
 
 		 372 aa  326  4.0000000000000003e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.952299  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4385  alanine dehydrogenase  54.29 
 
 		 371 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2565  Alanine dehydrogenase  49.72 
 
 		 371 aa  326  5e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.502023 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1131  alanine dehydrogenase  49.86 
 
 		 370 aa  325  6e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1923  alanine dehydrogenase  52.25 
 
 		 371 aa  325  9e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.156676 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0039  alanine dehydrogenase  55.12 
 
 		 371 aa  325  9e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1536  alanine dehydrogenase  55.12 
 
 		 371 aa  325  9e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390556  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1449  alanine dehydrogenase  55.12 
 
 		 371 aa  325  9e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.283276  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2235  alanine dehydrogenase  50.28 
 
 		 371 aa  324  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000122217  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3131  alanine dehydrogenase  51.69 
 
 		 371 aa  323  2e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0048846  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3106  alanine dehydrogenase  49.43 
 
 		 373 aa  323  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.625905 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0961  L-alanine dehydrogenase  53.93 
 
 		 373 aa  323  3e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1495  alanine dehydrogenase  51.93 
 
 		 374 aa  323  3e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000156892  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0176  L-alanine dehydrogenase  51.85 
 
 		 362 aa  323  4e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000378959  normal  0.0330908 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1729  alanine dehydrogenase  55.43 
 
 		 372 aa  323  4e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.144319  normal  0.127678 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3584  alanine dehydrogenase  51.85 
 
 		 363 aa  322  5e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.426528  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05750  alanine dehydrogenase  52.81 
 
 		 373 aa  322  7e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.747804  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0922  alanine dehydrogenase  54.57 
 
 		 371 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2485  alanine dehydrogenase  49.72 
 
 		 371 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000102544  unclonable  0.0000000221603 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6248  alanine dehydrogenase  52.94 
 
 		 368 aa  320  1.9999999999999998e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.504475  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3009  alanine dehydrogenase  53.11 
 
 		 368 aa  320  1.9999999999999998e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.40821  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>