More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4118 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_4385  alanine dehydrogenase  92.45 
 
 
371 aa  644    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3297  alanine dehydrogenase  93.53 
 
 
371 aa  670    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4118  alanine dehydrogenase  100 
 
 
371 aa  739    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1797  L-alanine dehydrogenase  94.61 
 
 
371 aa  677    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.297694 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4146  alanine dehydrogenase  93.53 
 
 
371 aa  670    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.110875  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3643  alanine dehydrogenase  98.92 
 
 
371 aa  732    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4220  alanine dehydrogenase  93.26 
 
 
371 aa  669    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.757032  normal  0.167036 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0039  alanine dehydrogenase  84.05 
 
 
371 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1449  alanine dehydrogenase  84.05 
 
 
371 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.283276  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1536  alanine dehydrogenase  84.05 
 
 
371 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4054  alanine dehydrogenase  77.09 
 
 
371 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0922  alanine dehydrogenase  83.51 
 
 
371 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5117  alanine dehydrogenase  72.8 
 
 
374 aa  522  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.564204  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0666  alanine dehydrogenase  63.78 
 
 
372 aa  482  1e-135  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1557  alanine dehydrogenase  66.31 
 
 
372 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1168  L-alanine dehydrogenase  70 
 
 
371 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3222  L-alanine dehydrogenase  64.42 
 
 
372 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0766245  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2462  alanine dehydrogenase  63.06 
 
 
376 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000220592  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1770  alanine dehydrogenase  63.78 
 
 
370 aa  463  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000379801  normal  0.0234483 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3605  alanine dehydrogenase  61.19 
 
 
371 aa  454  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2217  alanine dehydrogenase  62.26 
 
 
371 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174643  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1961  L-alanine dehydrogenase  62.8 
 
 
371 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000331426  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2015  L-alanine dehydrogenase  62.8 
 
 
371 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000641536  normal  0.0233457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2048  L-alanine dehydrogenase  62.8 
 
 
371 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000213241  hitchhiker  0.00195154 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2013  alanine dehydrogenase  63.09 
 
 
371 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000175382  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2154  alanine dehydrogenase  62.26 
 
 
371 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000415402  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1368  alanine dehydrogenase  64.44 
 
 
372 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5016  alanine dehydrogenase  64.9 
 
 
372 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0921868 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2189  alanine dehydrogenase  62.26 
 
 
371 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000553576  normal  0.0277936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2325  alanine dehydrogenase  62.26 
 
 
371 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2761  alanine dehydrogenase  65.66 
 
 
372 aa  449  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.952299  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0986  hypothetical protein  63.07 
 
 
373 aa  449  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0558  alanine dehydrogenase  66.76 
 
 
371 aa  450  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.87759  normal  0.209047 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0955  hypothetical protein  62.8 
 
 
373 aa  446  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2145  L-alanine dehydrogenase  62.8 
 
 
371 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.147893 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5878  L-alanine dehydrogenase  64.15 
 
 
372 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0421773  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0543  alanine dehydrogenase  65.77 
 
 
371 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2026  alanine dehydrogenase  62.26 
 
 
371 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  unclonable  0.00000166199 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2125  alanine dehydrogenase  61.81 
 
 
371 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000258427  normal  0.0430396 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01795  alanine dehydrogenase  64.42 
 
 
374 aa  434  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2235  alanine dehydrogenase  61.26 
 
 
371 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000122217  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1682  L-alanine dehydrogenase  67.39 
 
 
371 aa  436  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1741  alanine dehydrogenase  61.62 
 
 
371 aa  437  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000121779  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2485  alanine dehydrogenase  60.65 
 
 
371 aa  434  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000102544  unclonable  0.0000000221603 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1793  alanine dehydrogenase  61.46 
 
 
378 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000626319  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1495  alanine dehydrogenase  64.01 
 
 
374 aa  432  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000156892  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1428  L-alanine dehydrogenase  62.26 
 
 
371 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.524498  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003881  alanine dehydrogenase  65.11 
 
 
374 aa  432  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00759267  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1261  alanine dehydrogenase  59.45 
 
 
369 aa  429  1e-119  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1216  alanine dehydrogenase  59.73 
 
 
369 aa  430  1e-119  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.605353  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3686  L-alanine dehydrogenase  64.05 
 
 
372 aa  426  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3628  L-alanine dehydrogenase  63.43 
 
 
374 aa  425  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.243923 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1839  alanine dehydrogenase  62.97 
 
 
372 aa  424  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4159  alanine dehydrogenase  61.62 
 
 
372 aa  419  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3512  alanine dehydrogenase  57.95 
 
 
377 aa  420  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0022  alanine dehydrogenase  55.65 
 
 
372 aa  421  1e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2902  alanine dehydrogenase  54.59 
 
 
376 aa  415  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.877105  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1058  L-alanine dehydrogenase  59.62 
 
 
371 aa  416  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0315596  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05750  alanine dehydrogenase  61.46 
 
 
373 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.747804  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1570  alanine dehydrogenase  61.83 
 
 
373 aa  413  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.59479  normal  0.391065 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2966  L-alanine dehydrogenase  60.11 
 
 
371 aa  410  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7155  alanine dehydrogenase  58.22 
 
 
372 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.301485 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4758  alanine dehydrogenase  55.53 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4521  alanine dehydrogenase  55.53 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.693738  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4357  alanine dehydrogenase  55.53 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4368  alanine dehydrogenase  55.53 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.103175  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4453  alanine dehydrogenase  54.99 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0857625  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4752  alanine dehydrogenase  55.53 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000212885  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0104  alanine dehydrogenase  54.47 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4873  alanine dehydrogenase  55.53 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1670  L-alanine dehydrogenase  53.64 
 
 
371 aa  405  1.0000000000000001e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.379169  hitchhiker  0.00928718 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1520  alanine dehydrogenase  58.22 
 
 
371 aa  408  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0484059  hitchhiker  0.000320344 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2698  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4741  alanine dehydrogenase  55.53 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3299  alanine dehydrogenase  54.45 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0504  alanine dehydrogenase  55.26 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0203  alanine dehydrogenase  54.05 
 
 
370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.193787  normal  0.15922 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0822  alanine dehydrogenase  59.03 
 
 
371 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.231531  normal  0.709879 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2565  Alanine dehydrogenase  55.26 
 
 
371 aa  405  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.502023 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4731  alanine dehydrogenase  55.26 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3380  alanine dehydrogenase  56.87 
 
 
377 aa  402  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.748696  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0622  alanine dehydrogenase  56.76 
 
 
373 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02114  Alanine dehydrogenase A  64.78 
 
 
323 aa  403  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000532758  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0509  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
377 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.153171  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2109  L-alanine dehydrogenase  57.84 
 
 
370 aa  399  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2866  alanine dehydrogenase  58.74 
 
 
374 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.245615  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1131  alanine dehydrogenase  55.95 
 
 
370 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1847  alanine dehydrogenase  57.57 
 
 
370 aa  396  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0659  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
377 aa  395  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0561  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
377 aa  395  1e-109  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0503  alanine dehydrogenase (L-alanine dehydrogenase) (NAD-linked alanine dehydrogenase)  53.91 
 
 
377 aa  395  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0505  alanine dehydrogenase (L-alanine dehydrogenase) (NAD-linked alanine dehydrogenase)  53.91 
 
 
377 aa  395  1e-109  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0484986  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0649  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
377 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000197457 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0592  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
377 aa  395  1e-109  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2154  alanine dehydrogenase  58.38 
 
 
371 aa  395  1e-109  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4707  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
377 aa  395  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.394656 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0720  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
377 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0506  alanine dehydrogenase  53.37 
 
 
377 aa  392  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0458  L-alanine dehydrogenase  63.43 
 
 
372 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0630  alanine dehydrogenase  53.91 
 
 
377 aa  393  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.936299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>