More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1189 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1189  inner-membrane translocator  100 
 
 		 331 aa  648    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.227031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5156  inner-membrane translocator  69.03 
 
 		 330 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3605  monosaccharide-transporting ATPase  67.74 
 
 		 330 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3074  monosaccharide-transporting ATPase  66.15 
 
 		 329 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0371  inner-membrane translocator  65.16 
 
 		 338 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2265  Monosaccharide-transporting ATPase  48.6 
 
 		 328 aa  255  9e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267957  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2903  inner-membrane translocator  43.81 
 
 		 329 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0392  inner-membrane translocator  40.57 
 
 		 349 aa  205  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  38.74 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  39.02 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  38.74 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 		 835 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  34.44 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2853  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  37.62 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  39.37 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  39.58 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  34.82 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  34.82 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0835  monosaccharide-transporting ATPase  37 
 
 		 317 aa  182  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0812  monosaccharide-transporting ATPase  37 
 
 		 317 aa  182  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.213991  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  39.34 
 
 		 350 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3108  monosaccharide-transporting ATPase  36.68 
 
 		 313 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0985733  hitchhiker  0.000124889 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  36.84 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1602  monosaccharide-transporting ATPase  36.39 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3234  Monosaccharide-transporting ATPase  39.32 
 
 		 335 aa  176  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  35 
 
 		 328 aa  175  9e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4009  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 336 aa  175  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  37.85 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  36.79 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  36.79 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0974  monosaccharide-transporting ATPase  36.46 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416928  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  39.04 
 
 		 330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  39.04 
 
 		 330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  39.04 
 
 		 330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 309 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  37.67 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3217  ribose transport system permease protein RbsC  38.01 
 
 		 334 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.961558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  37.46 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  34.45 
 
 		 324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  36.15 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  38.13 
 
 		 324 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0165  monosaccharide-transporting ATPase  36.31 
 
 		 318 aa  172  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 		 342 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.81 
 
 		 345 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 345 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  37.07 
 
 		 322 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  37.67 
 
 		 342 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  37.5 
 
 		 327 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0275  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3002  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  37.54 
 
 		 327 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  36.84 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  36.89 
 
 		 345 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1666  Monosaccharide-transporting ATPase  37.2 
 
 		 327 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.42 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  36.07 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  36.07 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  37.76 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  35.71 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  36.88 
 
 		 347 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3181  monosaccharide-transporting ATPase  35.81 
 
 		 348 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0502  monosaccharide-transporting ATPase  38.31 
 
 		 333 aa  169  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475125 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 		 311 aa  169  9e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 336 aa  168  9e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  36.09 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0439  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450126  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  37.63 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  36.16 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1063  monosaccharide-transporting ATPase  39.35 
 
 		 365 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  34.97 
 
 		 341 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  35.51 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2045  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 342 aa  166  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  38 
 
 		 313 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3785  monosaccharide-transporting ATPase  38.18 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0107495 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1813  sugar ABC transporter, permease protein  34.11 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.429209  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0886  ABC sugar transporter, inner-membrane subunit  38.51 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0350071  normal  0.652921 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5465  monosaccharide-transporting ATPase  38.51 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.050328 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3549  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  36.91 
 
 		 342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  34.7 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4818  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414014  normal  0.232318 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0811  carbohydrate ABC transporter permease  34.11 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1102  carbohydrate ABC transporter permease  34.11 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2075  carbohydrate ABC transporter permease  34.11 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  34.8 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22090  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>