284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0559 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0559  4-carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
134 aa  278  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0388292  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  75 
 
 
128 aa  200  5e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3492  4-carboxymuconolactone decarboxylase  66.43 
 
 
143 aa  197  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196165  normal  0.332328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.67 
 
 
124 aa  185  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.441447 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  65.6 
 
 
134 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  60.63 
 
 
134 aa  168  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0644  4-carboxymuconolactone decarboxylase  59.09 
 
 
138 aa  167  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0606  4-carboxymuconolactone decarboxylase  59.09 
 
 
138 aa  167  4e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6127  4-carboxymuconolactone decarboxylase  66.38 
 
 
136 aa  167  6e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3726  4-carboxymuconolactone decarboxylase  60.63 
 
 
135 aa  166  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2049  4-carboxymuconolactone decarboxylase  59.4 
 
 
133 aa  165  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0437123  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  55.81 
 
 
135 aa  155  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2687  4-carboxymuconolactone decarboxylase  60.83 
 
 
140 aa  149  8.999999999999999e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.22317 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 
132 aa  134  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 
132 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2692  4-carboxymuconolactone decarboxylase  60.33 
 
 
133 aa  132  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00273056  normal  0.231258 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  48.78 
 
 
131 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2190  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.12 
 
 
133 aa  127  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.18 
 
 
134 aa  125  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.18 
 
 
402 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0302  carboxymuconolactone decarboxylase  49.56 
 
 
389 aa  123  8.000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0830882  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  44.63 
 
 
392 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  50 
 
 
393 aa  120  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3004  3-oxoadipate enol-lactonase  48.76 
 
 
390 aa  119  9e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.26 
 
 
128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
161 aa  118  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45 
 
 
128 aa  118  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.26 
 
 
128 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.26 
 
 
128 aa  118  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0618  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.96 
 
 
400 aa  118  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02910  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.7 
 
 
137 aa  118  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  42.4 
 
 
133 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.26 
 
 
128 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.26 
 
 
128 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4074  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
154 aa  117  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.17 
 
 
128 aa  117  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  42.4 
 
 
396 aa  117  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.8 
 
 
128 aa  117  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  43.8 
 
 
129 aa  116  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.8 
 
 
129 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.8 
 
 
129 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4461  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.9 
 
 
128 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.273934 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.17 
 
 
128 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
393 aa  116  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.17 
 
 
128 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1679  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
393 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.412767  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1729  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
393 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  40.8 
 
 
129 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1701  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
393 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186237  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.44 
 
 
128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0527  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
393 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.556905  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  40.8 
 
 
129 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1745  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 
393 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  39.68 
 
 
129 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
129 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48 
 
 
132 aa  114  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2388  3-oxoadipate enol-lactonase  54.55 
 
 
386 aa  114  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.62 
 
 
129 aa  114  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  40.48 
 
 
133 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0647  4-carboxymuconolactone decarboxylase (PcaC)  42.98 
 
 
130 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.153527 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.98 
 
 
131 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.25 
 
 
129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.68 
 
 
132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
130 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  45.53 
 
 
391 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  38.58 
 
 
132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.2 
 
 
130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.84 
 
 
130 aa  110  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.71 
 
 
130 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1912  carboxymuconolactone decarboxylase  42.15 
 
 
126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955365  normal  0.169242 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.69 
 
 
128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.4 
 
 
130 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.7 
 
 
125 aa  108  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3646  carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
128 aa  107  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.9 
 
 
132 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.22 
 
 
122 aa  107  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 
126 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3442  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.6 
 
 
127 aa  105  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222691  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.83 
 
 
127 aa  105  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1070  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  41.67 
 
 
397 aa  103  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0857204 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  44.25 
 
 
373 aa  103  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.72 
 
 
129 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2282  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.85 
 
 
114 aa  102  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.175309  normal  0.232521 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  37.61 
 
 
126 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0673  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.02 
 
 
128 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0681  carboxymuconolactone decarboxylase  38.02 
 
 
128 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  43.1 
 
 
124 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.51 
 
 
134 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  41.03 
 
 
128 aa  100  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.51 
 
 
134 aa  100  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3703  carboxymuconolactone decarboxylase  38.02 
 
 
128 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.51 
 
 
134 aa  100  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.35 
 
 
123 aa  100  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1326  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.52 
 
 
129 aa  100  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.171416  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  38.02 
 
 
129 aa  100  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  38.02 
 
 
126 aa  99.4  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1965  carboxymuconolactone decarboxylase  35.54 
 
 
137 aa  99  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0644561  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  35.9 
 
 
126 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4655  3-oxoadipate enol-lactonase  41.23 
 
 
393 aa  99  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32763  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58220  hypothetical protein  42.73 
 
 
128 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.876359  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>