More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3626 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3626  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 
354 aa  692    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.893392  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3754  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.51 
 
 
354 aa  486  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1435  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.21 
 
 
362 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212936  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1561  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.57 
 
 
360 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2607  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.58 
 
 
353 aa  282  8.000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.97 
 
 
386 aa  281  9e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2806  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.14 
 
 
353 aa  276  3e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.180087  decreased coverage  0.0002175 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2062  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.57 
 
 
369 aa  273  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  48.41 
 
 
355 aa  271  1e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3829  2-nitropropane dioxygenase NPD  51 
 
 
351 aa  271  2e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.609391  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.41 
 
 
356 aa  270  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.353912 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1487  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.55 
 
 
356 aa  266  4e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2157  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.05 
 
 
384 aa  263  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5071  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.87 
 
 
356 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615847  normal  0.587247 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4772  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.87 
 
 
356 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.829067  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4686  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.87 
 
 
356 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1378  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.86 
 
 
356 aa  259  5.0000000000000005e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.36272  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2746  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.85 
 
 
362 aa  251  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.881958  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3984  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.41 
 
 
361 aa  250  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4621  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.39 
 
 
358 aa  242  7.999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.66 
 
 
326 aa  192  9e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.29 
 
 
315 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.03 
 
 
316 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  39.06 
 
 
317 aa  176  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  39.34 
 
 
316 aa  176  7e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  33.93 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  33.24 
 
 
361 aa  172  6.999999999999999e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.28 
 
 
323 aa  172  9e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.72 
 
 
319 aa  169  5e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.59 
 
 
355 aa  169  9e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.33 
 
 
328 aa  166  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.44 
 
 
332 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.84 
 
 
328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.66 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.66 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.7 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.9 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.2 
 
 
325 aa  159  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  32.74 
 
 
321 aa  158  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.2 
 
 
316 aa  158  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.39 
 
 
316 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.61 
 
 
328 aa  157  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.69 
 
 
331 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.15 
 
 
325 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.32 
 
 
332 aa  155  9e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  32.46 
 
 
318 aa  155  1e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.77 
 
 
335 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  30.46 
 
 
315 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.43 
 
 
319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0738  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.94 
 
 
325 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.55 
 
 
323 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.87 
 
 
325 aa  151  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4367  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.83 
 
 
325 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2031  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.52 
 
 
342 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.43 
 
 
309 aa  149  5e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.86 
 
 
313 aa  150  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  33.04 
 
 
324 aa  149  6e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.98 
 
 
324 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.7 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.14 
 
 
328 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.48 
 
 
324 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.05 
 
 
324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.05 
 
 
324 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5146  putative 2-nitropropane dioxygenase  35.28 
 
 
334 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199752  normal  0.0588296 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.93 
 
 
317 aa  145  9e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.56 
 
 
331 aa  145  9e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4359  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.43 
 
 
328 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.3 
 
 
320 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5434  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.65 
 
 
323 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295794  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51080  putative dioxygenase  34.57 
 
 
328 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000609604 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  31.18 
 
 
314 aa  144  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.71 
 
 
329 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.24 
 
 
319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4576  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.28 
 
 
330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.403113  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  33.88 
 
 
323 aa  140  4.999999999999999e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4142  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.02 
 
 
332 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480237  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4067  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.02 
 
 
332 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4296  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.02 
 
 
332 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1170  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  29.26 
 
 
342 aa  138  1e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.68 
 
 
323 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1248  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.09 
 
 
326 aa  136  7.000000000000001e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.955135  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0974  trans-2-enoyl-ACP reductase II  29.36 
 
 
348 aa  135  9.999999999999999e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3574  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.1 
 
 
331 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129826  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.8 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397206  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.2 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0133  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.23 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.899957  normal  0.134277 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3073  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.29 
 
 
327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479839  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.25 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.3 
 
 
324 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4504  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.5 
 
 
338 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.372283  normal  0.089603 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.25 
 
 
363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  31.49 
 
 
363 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.72 
 
 
321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.76 
 
 
338 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4328  putative 2-nitropropane dioxygenase  33.33 
 
 
368 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.99 
 
 
363 aa  126  7e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0152  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.45 
 
 
345 aa  125  1e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.174988  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0800  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.18 
 
 
325 aa  125  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.19 
 
 
345 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1182  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.71 
 
 
322 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>