More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5146 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5146  putative 2-nitropropane dioxygenase  100 
 
 
334 aa  678    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199752  normal  0.0588296 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  83.69 
 
 
328 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  81.79 
 
 
328 aa  564  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  80.62 
 
 
328 aa  556  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  79.14 
 
 
335 aa  548  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  78.02 
 
 
325 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  74.61 
 
 
324 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  74.61 
 
 
324 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  75.16 
 
 
324 aa  509  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  74.61 
 
 
324 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.92 
 
 
325 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.31 
 
 
332 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.61 
 
 
331 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.01 
 
 
331 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0738  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.1 
 
 
325 aa  382  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  57.94 
 
 
324 aa  382  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4142  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.41 
 
 
332 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480237  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4296  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.41 
 
 
332 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4067  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.41 
 
 
332 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4367  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.26 
 
 
325 aa  381  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.7 
 
 
332 aa  373  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.88 
 
 
323 aa  371  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4576  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.56 
 
 
330 aa  373  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.403113  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.26 
 
 
329 aa  369  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2031  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.97 
 
 
342 aa  366  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.2 
 
 
323 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3073  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.08 
 
 
327 aa  356  3.9999999999999996e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479839  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3599  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.88 
 
 
334 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.465464 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.17 
 
 
330 aa  352  5e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.259631  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1248  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.63 
 
 
326 aa  351  1e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.955135  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0800  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.28 
 
 
325 aa  350  2e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.32 
 
 
326 aa  349  4e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397206  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.91 
 
 
324 aa  348  6e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.13 
 
 
323 aa  344  1e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5434  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.01 
 
 
323 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295794  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4359  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.96 
 
 
328 aa  342  7e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51080  putative dioxygenase  55.83 
 
 
328 aa  342  8e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000609604 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.35 
 
 
328 aa  322  5e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4180  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.04 
 
 
339 aa  322  7e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.25904 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1855  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.65 
 
 
327 aa  315  5e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.798128  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4138  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.92 
 
 
324 aa  310  2e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_29975  predicted protein  49.69 
 
 
346 aa  265  5.999999999999999e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.448266  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1182  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.59 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.82 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG03300  2-nitropropane dioxygenase, putative  43.68 
 
 
340 aa  242  7e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.97 
 
 
319 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08801  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G09600)  50.58 
 
 
269 aa  239  5.999999999999999e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.196554  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  40.39 
 
 
314 aa  217  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.94 
 
 
313 aa  211  2e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.19 
 
 
315 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.32 
 
 
316 aa  208  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  39.74 
 
 
326 aa  206  6e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.34 
 
 
316 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.21 
 
 
323 aa  204  2e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.74 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.5 
 
 
309 aa  200  3e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.87 
 
 
313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.05 
 
 
311 aa  196  6e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  38.26 
 
 
317 aa  195  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  37.99 
 
 
321 aa  192  5e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  38.92 
 
 
321 aa  192  9e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.85 
 
 
319 aa  188  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04811  conserved hypothetical protein  38.54 
 
 
278 aa  186  6e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.336266  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.42 
 
 
386 aa  184  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.25 
 
 
317 aa  183  4.0000000000000006e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.74 
 
 
325 aa  181  2e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.02 
 
 
315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  35.35 
 
 
311 aa  177  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.92 
 
 
314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.92 
 
 
314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1416  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.83 
 
 
313 aa  171  1e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.578712 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.75 
 
 
320 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2390  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.42 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0521943  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2806  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.14 
 
 
353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.180087  decreased coverage  0.0002175 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.09 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.925622 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.4 
 
 
313 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5586  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.02 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658342  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.15 
 
 
316 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.38 
 
 
312 aa  162  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  35.71 
 
 
323 aa  161  1e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2607  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.57 
 
 
353 aa  160  4e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3754  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.96 
 
 
354 aa  158  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.12 
 
 
355 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2062  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.52 
 
 
369 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  34.41 
 
 
318 aa  157  3e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.12 
 
 
338 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2605  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.16 
 
 
342 aa  155  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152274  normal  0.24366 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  34.19 
 
 
314 aa  155  1e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6837  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.4 
 
 
330 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.87 
 
 
311 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  34.86 
 
 
355 aa  150  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3829  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.71 
 
 
351 aa  149  6e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.609391  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.06 
 
 
331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1665  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.23 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1612  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.54 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.135465  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.46 
 
 
321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2734  putative 2-nitropropane dioxygenase  32.81 
 
 
319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1487  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.86 
 
 
356 aa  145  9e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1729  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.92 
 
 
326 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>