More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4504 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4504  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 
338 aa  668    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.372283  normal  0.089603 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  80.12 
 
 
334 aa  538  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3306  2-nitropropane dioxygenase, NPD  76.13 
 
 
342 aa  510  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.152065  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.25 
 
 
345 aa  455  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0744  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.54 
 
 
354 aa  450  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.620911  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1170  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  62.65 
 
 
342 aa  434  1e-120  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0133  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.06 
 
 
352 aa  423  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.899957  normal  0.134277 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3574  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.14 
 
 
331 aa  364  1e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129826  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0152  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.79 
 
 
345 aa  363  3e-99  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.174988  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0544  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  56.37 
 
 
326 aa  358  9.999999999999999e-98  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0974  trans-2-enoyl-ACP reductase II  55.79 
 
 
348 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  39.51 
 
 
321 aa  209  6e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.96 
 
 
326 aa  204  1e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.9 
 
 
316 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.17 
 
 
315 aa  202  6e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.93 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.92 
 
 
319 aa  199  5e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.24 
 
 
316 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  38.02 
 
 
317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.76 
 
 
316 aa  194  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.39 
 
 
323 aa  192  9e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.96 
 
 
314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.96 
 
 
314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  37.06 
 
 
321 aa  182  7e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.45 
 
 
320 aa  182  9.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.3 
 
 
309 aa  176  6e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  35.62 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.53 
 
 
313 aa  172  5.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.46 
 
 
315 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  35.85 
 
 
314 aa  159  9e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.37 
 
 
325 aa  157  3e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.33 
 
 
317 aa  156  6e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1416  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.57 
 
 
313 aa  155  1e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.578712 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  36.39 
 
 
323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.08 
 
 
313 aa  141  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  30.56 
 
 
314 aa  140  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1961  dioxygenase  30.23 
 
 
281 aa  135  9.999999999999999e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.19 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.4 
 
 
328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.43 
 
 
323 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.5 
 
 
311 aa  132  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.16 
 
 
335 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.93 
 
 
331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.64 
 
 
332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.69 
 
 
319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.61 
 
 
338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5434  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.74 
 
 
323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295794  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.1 
 
 
328 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.43 
 
 
324 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0738  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.47 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4576  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.79 
 
 
330 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.403113  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.87 
 
 
312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.88 
 
 
324 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.09 
 
 
386 aa  125  8.000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.34 
 
 
328 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.86 
 
 
324 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.02 
 
 
331 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.02 
 
 
332 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.59 
 
 
324 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.73 
 
 
360 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1855  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.04 
 
 
327 aa  122  6e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.798128  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2390  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.3 
 
 
314 aa  122  9e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0521943  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.46 
 
 
325 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.58 
 
 
319 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.38 
 
 
319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  29.85 
 
 
311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.02 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.73 
 
 
323 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.15 
 
 
325 aa  120  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5146  putative 2-nitropropane dioxygenase  32.83 
 
 
334 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199752  normal  0.0588296 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  30.46 
 
 
355 aa  119  6e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1435  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.27 
 
 
362 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212936  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.52 
 
 
330 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.259631  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.5 
 
 
324 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2031  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.56 
 
 
342 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.79 
 
 
328 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.55 
 
 
329 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4296  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.32 
 
 
332 aa  113  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4142  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.32 
 
 
332 aa  113  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480237  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4067  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.32 
 
 
332 aa  113  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4772  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.49 
 
 
356 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.829067  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4686  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.49 
 
 
356 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5071  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.49 
 
 
356 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615847  normal  0.587247 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  29.18 
 
 
324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.84 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  28.21 
 
 
361 aa  110  4.0000000000000004e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4367  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.65 
 
 
325 aa  109  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3984  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.17 
 
 
361 aa  109  7.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.45 
 
 
356 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.353912 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1487  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.74 
 
 
356 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3844  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.32 
 
 
315 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3754  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.69 
 
 
354 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4138  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.15 
 
 
324 aa  107  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3987  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.51 
 
 
369 aa  105  8e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0898704  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.67 
 
 
326 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397206  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0800  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.29 
 
 
325 aa  104  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.19 
 
 
321 aa  103  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.72 
 
 
354 aa  103  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1248  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.38 
 
 
326 aa  102  7e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.955135  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3599  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30 
 
 
334 aa  102  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.465464 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>