More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3813 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_3813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
392 aa  775    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  96.17 
 
 
392 aa  730    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0604  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.25 
 
 
392 aa  573  1.0000000000000001e-162  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.575557  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7987  succinyl-CoA synthetase subunit beta  69.47 
 
 
392 aa  530  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4424  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  72.82 
 
 
387 aa  530  1e-149  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.780368  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6508  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.63 
 
 
389 aa  526  1e-148  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04270  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.78 
 
 
389 aa  516  1.0000000000000001e-145  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28160  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  67.68 
 
 
390 aa  509  1e-143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3999  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.88 
 
 
411 aa  506  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00455857  normal  0.284515 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.36 
 
 
410 aa  501  1e-141  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.73 
 
 
388 aa  502  1e-141  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.131482 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0727  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  65.31 
 
 
400 aa  498  1e-140  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.813583  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0651  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.55 
 
 
388 aa  500  1e-140  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.889445  normal  0.431206 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.67 
 
 
389 aa  501  1e-140  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4221  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  67.02 
 
 
396 aa  498  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.687915  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0815  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.15 
 
 
389 aa  495  1e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2537  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  66.84 
 
 
393 aa  496  1e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1265  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.21 
 
 
400 aa  485  1e-136  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200943  normal  0.595801 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0060  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  66.06 
 
 
393 aa  487  1e-136  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000156365 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0654  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.6 
 
 
393 aa  486  1e-136  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  0.308517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1243  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  67.02 
 
 
393 aa  484  1e-135  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.766366  hitchhiker  0.00547287 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04920  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.4 
 
 
389 aa  483  1e-135  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4870  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.89 
 
 
387 aa  483  1e-135  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.324541 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10969  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.56 
 
 
387 aa  478  1e-134  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.333695 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4707  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.37 
 
 
387 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4327  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.37 
 
 
387 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4413  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.37 
 
 
387 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0284627  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1341  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  63.5 
 
 
387 aa  477  1e-133  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09090  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.26 
 
 
389 aa  477  1e-133  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0194467  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1865  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.82 
 
 
387 aa  473  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0610709 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3311  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  62.11 
 
 
387 aa  473  1e-132  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0380  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.31 
 
 
392 aa  471  1e-132  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3017  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.14 
 
 
395 aa  469  1.0000000000000001e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0271447  normal  0.0121594 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4117  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  63.28 
 
 
395 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5980  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.7 
 
 
388 aa  468  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0440177  normal  0.150808 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07730  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.16 
 
 
394 aa  460  9.999999999999999e-129  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.200324  normal  0.6485 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3590  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.05 
 
 
386 aa  444  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5543  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.26 
 
 
384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.59554 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0456  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.96 
 
 
400 aa  347  3e-94  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00206405  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1276  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  49.62 
 
 
383 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.295759  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0319  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.74 
 
 
382 aa  323  4e-87  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.35 
 
 
379 aa  321  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3930  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.95 
 
 
379 aa  315  9.999999999999999e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.742963  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2086  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.18 
 
 
382 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1088  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.23 
 
 
385 aa  313  2.9999999999999996e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.226622 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1529  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.69 
 
 
382 aa  313  4.999999999999999e-84  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.36808  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1026  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.88 
 
 
382 aa  312  5.999999999999999e-84  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000227763  unclonable  8.1657e-23 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2178  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.3 
 
 
387 aa  311  2e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.84529  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.9 
 
 
382 aa  309  5e-83  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.231909 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.15 
 
 
391 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1367  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.23 
 
 
378 aa  303  4.0000000000000003e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.913427 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0289  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.19 
 
 
382 aa  300  2e-80  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.03 
 
 
382 aa  298  1e-79  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.32 
 
 
386 aa  298  1e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  41.37 
 
 
384 aa  297  2e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.94 
 
 
388 aa  298  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  41.43 
 
 
389 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.53 
 
 
386 aa  297  3e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.95 
 
 
386 aa  295  1e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4569  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.76 
 
 
378 aa  294  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0102197  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.53 
 
 
386 aa  294  2e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.15 
 
 
389 aa  293  3e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.5 
 
 
387 aa  293  5e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.7 
 
 
386 aa  292  6e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.01 
 
 
388 aa  292  7e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.27 
 
 
386 aa  290  2e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.39 
 
 
385 aa  290  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.27 
 
 
386 aa  290  4e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.33 
 
 
389 aa  289  7e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.01 
 
 
386 aa  289  8e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.01 
 
 
386 aa  289  8e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.01 
 
 
386 aa  288  9e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.01 
 
 
386 aa  288  9e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.01 
 
 
386 aa  288  9e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.01 
 
 
386 aa  288  9e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1058  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.03 
 
 
385 aa  288  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161245  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.01 
 
 
386 aa  288  2e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1463  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.08 
 
 
379 aa  286  5.999999999999999e-76  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.05 
 
 
388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.42 
 
 
388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.05 
 
 
388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.69 
 
 
399 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.55 
 
 
392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.42 
 
 
388 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  42.42 
 
 
388 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3998  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.73 
 
 
387 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0030268  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.03 
 
 
399 aa  283  5.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0558  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.52 
 
 
387 aa  282  6.000000000000001e-75  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.679932  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.15 
 
 
389 aa  282  8.000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.52 
 
 
387 aa  281  1e-74  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.46 
 
 
387 aa  281  1e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.91 
 
 
387 aa  280  2e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.46 
 
 
391 aa  281  2e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1220  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.18 
 
 
409 aa  280  3e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  40.61 
 
 
392 aa  280  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2207  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.49 
 
 
381 aa  280  4e-74  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.499624 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.66 
 
 
387 aa  280  5e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.65 
 
 
392 aa  279  5e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.57 
 
 
387 aa  279  6e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.55 
 
 
391 aa  278  8e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>