More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1088 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1088  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
385 aa  775    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.226622 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2178  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  63.1 
 
 
387 aa  471  1.0000000000000001e-131  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.84529  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1367  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.3 
 
 
378 aa  468  9.999999999999999e-131  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.913427 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1463  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.64 
 
 
379 aa  342  9e-93  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1026  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.57 
 
 
382 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000227763  unclonable  8.1657e-23 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4569  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.81 
 
 
378 aa  333  4e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0102197  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.98 
 
 
386 aa  332  5e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1529  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.53 
 
 
382 aa  331  1e-89  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.36808  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3930  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.56 
 
 
379 aa  330  2e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.742963  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.7 
 
 
386 aa  330  3e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.67 
 
 
392 aa  330  3e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6508  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.94 
 
 
389 aa  330  3e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.23 
 
 
382 aa  328  7e-89  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.231909 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2086  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.74 
 
 
382 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.91 
 
 
379 aa  327  3e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.85 
 
 
388 aa  325  6e-88  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0651  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.38 
 
 
388 aa  325  7e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.889445  normal  0.431206 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1276  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  46.19 
 
 
383 aa  325  1e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.295759  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.3 
 
 
386 aa  324  2e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.65 
 
 
389 aa  323  2e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3998  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.58 
 
 
387 aa  324  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0030268  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4707  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.8 
 
 
387 aa  323  3e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4327  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.8 
 
 
387 aa  323  3e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.6 
 
 
392 aa  323  3e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4413  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.8 
 
 
387 aa  323  3e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0284627  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.76 
 
 
386 aa  323  4e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1865  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.8 
 
 
387 aa  322  7e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0610709 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0604  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.02 
 
 
392 aa  322  9.000000000000001e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.575557  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1058  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.78 
 
 
385 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161245  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0815  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.39 
 
 
389 aa  321  9.999999999999999e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  45.43 
 
 
388 aa  321  9.999999999999999e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5543  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.99 
 
 
384 aa  321  9.999999999999999e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.59554 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4870  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.06 
 
 
387 aa  320  3e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.324541 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.07 
 
 
392 aa  320  3.9999999999999996e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.28 
 
 
388 aa  319  5e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.28 
 
 
388 aa  319  5e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0289  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.19 
 
 
382 aa  319  5e-86  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.01 
 
 
391 aa  319  6e-86  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04270  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.18 
 
 
389 aa  319  7e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1341  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  47.04 
 
 
387 aa  318  7.999999999999999e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.27 
 
 
390 aa  318  1e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10969  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.92 
 
 
387 aa  318  1e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.333695 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.13 
 
 
391 aa  317  2e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.47 
 
 
390 aa  317  3e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.78 
 
 
385 aa  317  3e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.29 
 
 
388 aa  317  3e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.131482 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0319  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.93 
 
 
382 aa  316  4e-85  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1694  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.24 
 
 
395 aa  315  6e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.23 
 
 
387 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.33 
 
 
389 aa  315  9.999999999999999e-85  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.23 
 
 
392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.23 
 
 
392 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.99 
 
 
386 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3311  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.5 
 
 
387 aa  312  5.999999999999999e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5980  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.92 
 
 
388 aa  312  6.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0440177  normal  0.150808 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04920  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.41 
 
 
389 aa  311  7.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
386 aa  311  1e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
386 aa  311  1e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
386 aa  311  1e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3999  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.31 
 
 
411 aa  311  1e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00455857  normal  0.284515 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
386 aa  311  1e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
386 aa  311  1e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
386 aa  311  1e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  42.86 
 
 
384 aa  311  1e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28160  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  46.29 
 
 
390 aa  310  2e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.75 
 
 
386 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.75 
 
 
386 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1740  succinyl-CoA synthase, beta subunit  46.11 
 
 
389 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0062076  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.99 
 
 
386 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.77 
 
 
410 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2207  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.53 
 
 
381 aa  307  2.0000000000000002e-82  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.499624 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.86 
 
 
382 aa  306  5.0000000000000004e-82  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.76 
 
 
386 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1265  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.5 
 
 
400 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200943  normal  0.595801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.76 
 
 
386 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0438  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.49 
 
 
381 aa  301  1e-80  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.179512  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0654  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.26 
 
 
393 aa  300  2e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  0.308517 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  45.21 
 
 
387 aa  300  3e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.53 
 
 
386 aa  300  3e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7987  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.39 
 
 
392 aa  299  4e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  42.05 
 
 
391 aa  299  5e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4424  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.3 
 
 
387 aa  299  5e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.780368  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  45.21 
 
 
386 aa  299  6e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3017  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.6 
 
 
395 aa  298  9e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0271447  normal  0.0121594 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07730  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.17 
 
 
394 aa  298  9e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.200324  normal  0.6485 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.93 
 
 
403 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  42.74 
 
 
389 aa  297  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3724  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.13 
 
 
392 aa  296  3e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637154  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.78 
 
 
386 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09090  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.41 
 
 
389 aa  296  4e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0194467  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0727  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  44.9 
 
 
400 aa  296  5e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.813583  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0919  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.53 
 
 
386 aa  296  5e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5147  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.62 
 
 
390 aa  295  8e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.710728  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.04 
 
 
386 aa  294  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0646  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.97 
 
 
388 aa  293  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017874  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2736  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.37 
 
 
407 aa  293  4e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.217876  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.7 
 
 
388 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  44.38 
 
 
389 aa  293  5e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0247  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  41.26 
 
 
388 aa  292  6e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3292  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.55 
 
 
389 aa  292  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251012  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>