More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_04920 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_04920  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
389 aa  764    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6508  succinyl-CoA synthetase subunit beta  79.52 
 
 
389 aa  593  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04270  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75.32 
 
 
389 aa  570  1e-161  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3999  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75.58 
 
 
411 aa  561  1.0000000000000001e-159  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00455857  normal  0.284515 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4870  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.81 
 
 
387 aa  563  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.324541 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10969  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.9 
 
 
387 aa  560  1e-158  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.333695 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28160  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  73.2 
 
 
390 aa  553  1e-156  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1865  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.73 
 
 
387 aa  550  1e-155  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0610709 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1341  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  73.58 
 
 
387 aa  550  1e-155  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.61 
 
 
389 aa  549  1e-155  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0815  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.87 
 
 
389 aa  547  1e-155  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.13 
 
 
388 aa  546  1e-154  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.131482 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0727  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  72.49 
 
 
400 aa  546  1e-154  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.813583  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4707  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.21 
 
 
387 aa  543  1e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3311  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  73.25 
 
 
387 aa  543  1e-153  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4327  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.21 
 
 
387 aa  543  1e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4413  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.21 
 
 
387 aa  543  1e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0284627  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1265  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.73 
 
 
400 aa  539  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200943  normal  0.595801 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4424  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  73.87 
 
 
387 aa  535  1e-151  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.780368  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0651  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.27 
 
 
388 aa  527  1e-148  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.889445  normal  0.431206 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09090  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.54 
 
 
389 aa  521  1e-147  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0194467  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2537  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  71.17 
 
 
393 aa  522  1e-147  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7987  succinyl-CoA synthetase subunit beta  69.31 
 
 
392 aa  523  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3017  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.22 
 
 
395 aa  511  1e-144  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0271447  normal  0.0121594 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5980  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.8 
 
 
388 aa  508  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0440177  normal  0.150808 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07730  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.34 
 
 
394 aa  507  9.999999999999999e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.200324  normal  0.6485 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.85 
 
 
410 aa  501  1e-141  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0060  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  69.11 
 
 
393 aa  503  1e-141  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000156365 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.46 
 
 
392 aa  503  1e-141  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.4 
 
 
392 aa  496  1e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4221  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  67.8 
 
 
396 aa  494  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.687915  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0604  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.78 
 
 
392 aa  496  1e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.575557  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0654  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.45 
 
 
393 aa  495  1e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  0.308517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1243  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  67.02 
 
 
393 aa  489  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.766366  hitchhiker  0.00547287 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3590  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.44 
 
 
386 aa  490  1e-137  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4117  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  65.54 
 
 
395 aa  483  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0380  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.15 
 
 
392 aa  478  1e-134  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5543  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.8 
 
 
384 aa  370  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.59554 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0456  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.48 
 
 
400 aa  358  9e-98  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00206405  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2178  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.49 
 
 
387 aa  350  2e-95  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.84529  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1367  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.38 
 
 
378 aa  346  5e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.913427 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1276  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  49.74 
 
 
383 aa  340  2e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.295759  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.55 
 
 
384 aa  332  5e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0319  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.44 
 
 
382 aa  332  8e-90  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.76 
 
 
386 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.76 
 
 
386 aa  328  9e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4569  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.41 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0102197  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1088  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.41 
 
 
385 aa  322  5e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.226622 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1026  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.68 
 
 
382 aa  319  6e-86  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000227763  unclonable  8.1657e-23 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.43 
 
 
382 aa  318  1e-85  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.231909 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.89 
 
 
391 aa  316  4e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.27 
 
 
382 aa  315  6e-85  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.51 
 
 
387 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.8 
 
 
379 aa  314  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0289  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.78 
 
 
382 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.13 
 
 
386 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1529  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.45 
 
 
382 aa  312  4.999999999999999e-84  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.36808  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3998  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.05 
 
 
387 aa  310  2e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0030268  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3930  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.13 
 
 
379 aa  310  2.9999999999999997e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.742963  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1463  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.9 
 
 
379 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1058  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.86 
 
 
385 aa  310  4e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161245  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.58 
 
 
385 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.11 
 
 
386 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.26 
 
 
389 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.74 
 
 
388 aa  305  7e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.74 
 
 
388 aa  305  7e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.74 
 
 
388 aa  305  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3257  malate--CoA ligase subunit beta  44.53 
 
 
389 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2062  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.85 
 
 
384 aa  300  2e-80  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.46 
 
 
392 aa  301  2e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.6 
 
 
386 aa  299  5e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  299  5e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  299  6e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  299  7e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  299  7e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.42 
 
 
390 aa  298  8e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  298  1e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  298  1e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  298  1e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.36 
 
 
391 aa  298  1e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  298  1e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.38 
 
 
387 aa  297  2e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.09 
 
 
386 aa  297  2e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.03 
 
 
390 aa  297  2e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.12 
 
 
387 aa  296  3e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  43.04 
 
 
395 aa  297  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.85 
 
 
392 aa  296  4e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  42.2 
 
 
392 aa  296  5e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1740  succinyl-CoA synthase, beta subunit  42.48 
 
 
389 aa  295  6e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0062076  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.9 
 
 
389 aa  294  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.47 
 
 
391 aa  295  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.75 
 
 
383 aa  293  2e-78  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0737  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.74 
 
 
385 aa  294  2e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  42.93 
 
 
388 aa  294  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.46 
 
 
389 aa  293  4e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0438  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
381 aa  292  7e-78  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.179512  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  41.69 
 
 
392 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1751  malate--CoA ligase subunit beta  42.97 
 
 
390 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1694  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.4 
 
 
395 aa  290  2e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2086  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.26 
 
 
382 aa  290  3e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>