More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3311 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_1865  succinyl-CoA synthetase subunit beta  85.27 
 
 
387 aa  654    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0610709 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1341  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  89.66 
 
 
387 aa  667    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4327  succinyl-CoA synthetase subunit beta  88.63 
 
 
387 aa  679    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3311  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  100 
 
 
387 aa  768    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4413  succinyl-CoA synthetase subunit beta  88.63 
 
 
387 aa  679    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0284627  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4870  succinyl-CoA synthetase subunit beta  85.79 
 
 
387 aa  656    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.324541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4707  succinyl-CoA synthetase subunit beta  88.63 
 
 
387 aa  679    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10969  succinyl-CoA synthetase subunit beta  81.61 
 
 
387 aa  632  1e-180  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.333695 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04270  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.02 
 
 
389 aa  545  1e-154  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0815  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.06 
 
 
389 aa  543  1e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1265  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.03 
 
 
400 aa  539  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200943  normal  0.595801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6508  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.33 
 
 
389 aa  541  9.999999999999999e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28160  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  72.63 
 
 
390 aa  535  1e-151  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.76 
 
 
389 aa  535  1e-151  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04920  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.07 
 
 
389 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0727  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  69.33 
 
 
400 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.813583  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.22 
 
 
388 aa  518  1.0000000000000001e-145  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.131482 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3999  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.73 
 
 
411 aa  504  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00455857  normal  0.284515 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4424  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  69.87 
 
 
387 aa  504  9.999999999999999e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.780368  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2537  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  68.23 
 
 
393 aa  503  1e-141  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3017  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.37 
 
 
395 aa  499  1e-140  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0271447  normal  0.0121594 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09090  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.25 
 
 
389 aa  496  1e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0194467  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0651  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.53 
 
 
388 aa  496  1e-139  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.889445  normal  0.431206 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0060  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  67.89 
 
 
393 aa  490  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000156365 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4221  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  65.8 
 
 
396 aa  485  1e-136  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.687915  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7987  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.13 
 
 
392 aa  478  1e-134  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07730  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.1 
 
 
394 aa  475  1e-133  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.200324  normal  0.6485 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.23 
 
 
392 aa  472  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.71 
 
 
410 aa  471  1e-132  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0604  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.81 
 
 
392 aa  474  1e-132  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.575557  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0380  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.18 
 
 
392 aa  471  1e-132  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5980  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.73 
 
 
388 aa  467  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0440177  normal  0.150808 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3590  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.62 
 
 
386 aa  468  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.17 
 
 
392 aa  463  1e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1243  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  63.95 
 
 
393 aa  459  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.766366  hitchhiker  0.00547287 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4117  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  61.36 
 
 
395 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0654  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.74 
 
 
393 aa  451  1e-125  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  0.308517 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5543  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.22 
 
 
384 aa  362  8e-99  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.59554 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0456  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.48 
 
 
400 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00206405  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0319  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.73 
 
 
382 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1276  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  46.11 
 
 
383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.295759  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2178  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.61 
 
 
387 aa  318  1e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.84529  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1367  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.94 
 
 
378 aa  307  2.0000000000000002e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.913427 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2086  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.15 
 
 
382 aa  307  3e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4569  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.79 
 
 
378 aa  306  6e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0102197  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.6 
 
 
386 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.86 
 
 
386 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1088  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.48 
 
 
385 aa  303  3.0000000000000004e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.226622 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2207  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.36 
 
 
381 aa  302  6.000000000000001e-81  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.499624 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2062  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  47.06 
 
 
384 aa  302  7.000000000000001e-81  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.3 
 
 
379 aa  301  2e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.28 
 
 
389 aa  300  3e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1026  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.1 
 
 
382 aa  299  6e-80  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000227763  unclonable  8.1657e-23 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.86 
 
 
388 aa  296  3e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3930  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.2 
 
 
379 aa  296  5e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.742963  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1529  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.1 
 
 
382 aa  296  6e-79  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.36808  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  41.39 
 
 
391 aa  295  9e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.84 
 
 
386 aa  293  3e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  40.92 
 
 
384 aa  293  4e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.85 
 
 
382 aa  293  5e-78  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.231909 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0737  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  44.22 
 
 
385 aa  292  5e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2714  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.34 
 
 
382 aa  288  8e-77  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0773834 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.09 
 
 
388 aa  288  9e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.09 
 
 
388 aa  288  9e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.07 
 
 
386 aa  288  1e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.07 
 
 
386 aa  288  1e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.07 
 
 
386 aa  288  2e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.07 
 
 
386 aa  288  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.07 
 
 
386 aa  288  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.07 
 
 
386 aa  288  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0289  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  41.86 
 
 
382 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.48 
 
 
382 aa  286  5e-76  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.82 
 
 
386 aa  286  5e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.51 
 
 
386 aa  286  5e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.82 
 
 
386 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.51 
 
 
386 aa  285  9e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1463  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.81 
 
 
379 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.59 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.41 
 
 
385 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.56 
 
 
386 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1058  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.57 
 
 
385 aa  281  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161245  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.63 
 
 
387 aa  281  2e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0438  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.57 
 
 
381 aa  278  9e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.179512  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.25 
 
 
391 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3998  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.64 
 
 
387 aa  277  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0030268  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  38.66 
 
 
389 aa  276  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.94 
 
 
392 aa  276  6e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.13 
 
 
391 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  41.78 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  40.36 
 
 
388 aa  273  4.0000000000000004e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  38.23 
 
 
389 aa  273  5.000000000000001e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  38.73 
 
 
390 aa  272  8.000000000000001e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.01 
 
 
388 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  38.73 
 
 
390 aa  271  2e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.03 
 
 
389 aa  271  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  41.18 
 
 
395 aa  270  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  38.58 
 
 
387 aa  269  5e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2736  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.46 
 
 
407 aa  269  5e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.217876  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  39.75 
 
 
392 aa  269  7e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0740  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.09 
 
 
388 aa  268  8e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>