68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4411 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4411  transport-associated  100 
 
 		 244 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.128668  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3903  transport-associated  71.9 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0263909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2676  hypothetical protein  68.52 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.462534  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1333  transport-associated  68.52 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1214  transport-associated  68.52 
 
 		 315 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0393886  normal  0.108337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3315  transport-associated  58.52 
 
 		 301 aa  132  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4733  transport-associated  54.03 
 
 		 326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3206  transport-associated  46.98 
 
 		 313 aa  112  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.396268 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0141  transport-associated  58.75 
 
 		 309 aa  97.1  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6031  transport-associated  41.78 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.237369 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1714  transport-associated  49.4 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6440  transport-associated  43.75 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.661052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1389  transport-associated  43.75 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0291894  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6404  transport-associated  42.27 
 
 		 286 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0981375  normal  0.190645 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5656  transport-associated  44.83 
 
 		 288 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.22123  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1995  hypothetical protein  46.51 
 
 		 355 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1393  hypothetical protein  46.51 
 
 		 448 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1687  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4223  transport-associated protein  45 
 
 		 178 aa  75.1  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2281  hypothetical protein  46.51 
 
 		 521 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3144  transport-associated  46.81 
 
 		 174 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5436  transport-associated protein  43.42 
 
 		 397 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0448845 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1305  hypothetical protein  47.06 
 
 		 544 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1017  hypothetical protein  47.06 
 
 		 544 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3175  phospholipid-binding domain-containing protein  46.51 
 
 		 604 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3047  phospholipid-binding domain-containing protein  46.51 
 
 		 584 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4381  transport-associated protein  47.44 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.946547  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3339  transport-associated  41.49 
 
 		 198 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1236  transport-associated protein  42.86 
 
 		 170 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4238  transport-associated protein  40 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.248738  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3822  transport-associated  35.45 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.139226  hitchhiker  0.00915179 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4375  transport-associated protein  44.44 
 
 		 372 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.291836  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2979  transport-associated protein  38.24 
 
 		 140 aa  54.7  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.484552  normal  0.323205 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1715  transport-associated  34.44 
 
 		 90 aa  52  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.487712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1220  transport-associated protein  44.29 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7765  Smc22-1 ( osmotically inducible sensory protein)  47.06 
 
 		 217 aa  49.7  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.17558 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2574  transport-associated protein  35.71 
 
 		 179 aa  48.5  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.155982  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3008  transport-associated  32.91 
 
 		 106 aa  46.6  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.845377  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2741  transport-associated protein  38.57 
 
 		 140 aa  45.8  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4728  transport-associated  37.1 
 
 		 165 aa  45.4  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.874851  hitchhiker  0.00809324 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4562  transport-associated  41.18 
 
 		 215 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.266043 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4429  transport-associated  41.18 
 
 		 215 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3022  transport-associated  39.44 
 
 		 158 aa  45.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  0.200341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6174  CBS domain containing membrane protein  34.15 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1600  transport-associated  44.44 
 
 		 150 aa  44.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2274  transport-associated  44.44 
 
 		 150 aa  44.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.431584  normal  0.766565 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6056  transport-associated  32.88 
 
 		 226 aa  44.3  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.822447  hitchhiker  0.00012166 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2909  putative lipoprotein  34.18 
 
 		 104 aa  43.9  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.434819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2047  transport-associated protein  35.82 
 
 		 104 aa  44.3  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4236  transport-associated protein  40 
 
 		 175 aa  43.9  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1151  transport-associated protein  36.76 
 
 		 141 aa  43.9  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3867  transport-associated  35.29 
 
 		 104 aa  43.9  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5544  transport-associated  35.82 
 
 		 216 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.078197  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6692  transport-associated  37.68 
 
 		 543 aa  43.5  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2175  osmotically inducible periplasmic protein  38.03 
 
 		 166 aa  43.9  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.17152  normal  0.224433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2881  transport-associated  40.3 
 
 		 216 aa  43.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  40.43 
 
 		 204 aa  43.1  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0139  transport-associated protein  39.71 
 
 		 223 aa  43.1  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  38.24 
 
 		 204 aa  42.7  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6897  transport-associated  33.77 
 
 		 217 aa  42.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  38.24 
 
 		 204 aa  42.7  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  38.24 
 
 		 204 aa  42.7  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0916  transport-associated  32.91 
 
 		 104 aa  42.4  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0874  transport-associated  33.33 
 
 		 163 aa  42.4  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0875  transport-associated  34.18 
 
 		 104 aa  42.4  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.647487  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01237  putative hyperosmotically inducible periplasmic protein  40.74 
 
 		 175 aa  41.6  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.315155  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0189  hypothetical protein  38.24 
 
 		 215 aa  41.6  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.193269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2837  transport-associated  33.82 
 
 		 104 aa  42  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.47962  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3514  transport-associated  33.82 
 
 		 104 aa  41.6  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>