56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4146 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4146  PaaX family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  607  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85173 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3357  transcriptional regulator, PaaX family  49.14 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4812  PaaX domain-containing protein  43.53 
 
 		 284 aa  162  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.33483 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2864  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein paaX  38.65 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00499823  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3103  PaaX family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000661945  decreased coverage  0.0000397547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2623  PaaX family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2610  PaaX family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 334 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.218497  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3286  PaaX family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.17765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2473  PaaX family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.303711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0692  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  36.86 
 
 		 287 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.717402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0895  PaaX family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.947925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1521  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  33.89 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0094  PaaX family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7200  transcriptional regulator, PaaX family  39.29 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.803046  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3083  PaaX family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.415086 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0386  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  29.97 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000187716  normal  0.0170462 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0196  transcriptional regulator, PaaX family  32.52 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3734  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  32.88 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0216  PaaX family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0165647 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1585  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  32.57 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2246  transcriptional regulator, PaaX family  30.95 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.218129  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2256  PaaX family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.203735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1486  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  30.61 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2859  transcriptional regulator, PaaX family  29.62 
 
 		 285 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1514  transcriptional regulator, PaaX family  30.58 
 
 		 316 aa  108  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139923  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0661  PaaX domain-containing protein, C- domain  26.37 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2835  transcriptional regulator, PaaX family  25.46 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0309  transcriptional regulator, PaaX family  28.78 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0294  transcriptional regulator, PaaX family  29.5 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0429653  hitchhiker  0.0000864342 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0708  PaaX family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 272 aa  77  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.719013  normal  0.640912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8420  putative transcriptional regulator, PaaX family  31.4 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19070  phenylacetic acid-responsive transcriptional repressor  27 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0202563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0655  PaaX family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0748596  hitchhiker  0.00291671 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2009  transcriptional regulator, PaaX family  26.61 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0787  transcriptional regulator, PaaX family  31.44 
 
 		 268 aa  72  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2629  PaaX family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.495501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2150  transcriptional regulator, PaaX family  27.24 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.933136  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0980  transcriptional regulator, PaaX family  26.67 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.148761 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0588  transcriptional regulator, PaaX family  29.15 
 
 		 276 aa  65.5  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1206  PaaX domain-containing protein, C- domain  29.24 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4899  transcriptional regulator, PaaX family  28.85 
 
 		 276 aa  62.4  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.425131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0436  PaaX-like  27.78 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.581976 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1609  PaaX family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3828  PaaX family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0703  transcriptional regulator, PaaX family  26.72 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1685  PaaX family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0710641  normal  0.260669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6455  transcriptional regulator, PaaX family  29.96 
 
 		 260 aa  58.9  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2025  transcriptional regulator, PaaX family  27.84 
 
 		 306 aa  58.9  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10688  hypothetical protein  30.39 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1005  PaaX domain-containing protein, C- domain  28.91 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.457167 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0995  PaaX domain-containing protein, C- domain  28.91 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0977  PaaX-like protein  28.91 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0659  PaaX-like  29.45 
 
 		 265 aa  48.5  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.702789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5085  PaaX domain-containing protein, C- domain  27.01 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.706044 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6140  putative transcriptional regulator, PaaX family  27.57 
 
 		 251 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.353105  normal  0.192867 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1271  PaaX domain-containing protein, C- domain  28.78 
 
 		 237 aa  43.5  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00141132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>