60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2009 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2009  transcriptional regulator, PaaX family  100 
 
 		 281 aa  552  1e-156  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2859  transcriptional regulator, PaaX family  32.23 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2835  transcriptional regulator, PaaX family  31.6 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2150  transcriptional regulator, PaaX family  37.92 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.933136  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6455  transcriptional regulator, PaaX family  40.25 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19070  phenylacetic acid-responsive transcriptional repressor  35.77 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0202563  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0294  transcriptional regulator, PaaX family  38.17 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0429653  hitchhiker  0.0000864342 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0588  transcriptional regulator, PaaX family  36.7 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2610  PaaX family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 334 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.218497  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0980  transcriptional regulator, PaaX family  34.52 
 
 		 259 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.148761 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2473  PaaX family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.303711  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3286  PaaX family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.17765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2623  PaaX family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1609  PaaX family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 258 aa  132  6e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2629  PaaX family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.495501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4899  transcriptional regulator, PaaX family  33.07 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.425131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0708  PaaX family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 272 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.719013  normal  0.640912 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0655  PaaX family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0748596  hitchhiker  0.00291671 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1685  PaaX family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 333 aa  125  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0710641  normal  0.260669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3103  PaaX family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000661945  decreased coverage  0.0000397547 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3734  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  30 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0289  transcriptional regulator, PaaX family  34.77 
 
 		 280 aa  115  6e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.010887  hitchhiker  0.0000784974 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0386  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  30.86 
 
 		 352 aa  112  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000187716  normal  0.0170462 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5523  transcriptional regulator, PaaX family  35.34 
 
 		 267 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.543092 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0309  transcriptional regulator, PaaX family  30.08 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2246  transcriptional regulator, PaaX family  30.65 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.218129  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1521  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  29.67 
 
 		 312 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2256  PaaX family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.203735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1486  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  31.05 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3083  PaaX family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 312 aa  105  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.415086 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1585  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  30.24 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0895  PaaX family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.947925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0661  PaaX domain-containing protein, C- domain  25.76 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8420  putative transcriptional regulator, PaaX family  33.2 
 
 		 260 aa  99.8  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0787  transcriptional regulator, PaaX family  33.33 
 
 		 268 aa  99  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0196  transcriptional regulator, PaaX family  29.69 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1514  transcriptional regulator, PaaX family  30.08 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0216  PaaX family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 311 aa  95.9  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0165647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2864  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein paaX  27.34 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00499823  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2025  transcriptional regulator, PaaX family  30.57 
 
 		 306 aa  94  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0094  PaaX family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 289 aa  89.7  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7200  transcriptional regulator, PaaX family  31.01 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.803046  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0692  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  26.64 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.717402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0703  transcriptional regulator, PaaX family  31.58 
 
 		 259 aa  85.5  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3357  transcriptional regulator, PaaX family  28.25 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1206  PaaX domain-containing protein, C- domain  29.75 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4146  PaaX family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85173 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1864  PaaX family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4812  PaaX domain-containing protein  25.84 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.33483 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10688  hypothetical protein  31.87 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3828  PaaX family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 264 aa  53.1  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0436  PaaX-like  25.83 
 
 		 301 aa  50.8  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.581976 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0977  PaaX-like protein  27.44 
 
 		 243 aa  49.7  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1005  PaaX domain-containing protein, C- domain  27.44 
 
 		 243 aa  49.7  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.457167 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0995  PaaX domain-containing protein, C- domain  27.44 
 
 		 243 aa  49.7  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4285  PaaX domain protein protein domain protein  27.56 
 
 		 244 aa  48.5  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.246767  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4282  putative transcriptional regulator, PaaX family  28.8 
 
 		 254 aa  46.6  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.399485  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1271  PaaX domain-containing protein, C- domain  27.8 
 
 		 237 aa  45.8  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00141132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5085  PaaX domain-containing protein, C- domain  25.68 
 
 		 244 aa  45.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.706044 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0391  putative transcriptional regulator, PaaX family  50 
 
 		 154 aa  42  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>