52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1521 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1521  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  100 
 
 		 312 aa  636    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0196  transcriptional regulator, PaaX family  48.37 
 
 		 319 aa  294  2e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2623  PaaX family transcriptional regulator  48 
 
 		 334 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3103  PaaX family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000661945  decreased coverage  0.0000397547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2610  PaaX family transcriptional regulator  47 
 
 		 334 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.218497  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3286  PaaX family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.17765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2473  PaaX family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 334 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.303711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3734  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  42.53 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0386  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  41.02 
 
 		 352 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000187716  normal  0.0170462 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3083  PaaX family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 312 aa  215  8e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.415086 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1514  transcriptional regulator, PaaX family  41.87 
 
 		 316 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139923  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2256  PaaX family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 316 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.203735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1486  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  38.44 
 
 		 316 aa  210  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1585  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  38.11 
 
 		 316 aa  209  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2246  transcriptional regulator, PaaX family  37.46 
 
 		 316 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.218129  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0216  PaaX family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0165647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0692  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  35.74 
 
 		 287 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.717402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2859  transcriptional regulator, PaaX family  34.63 
 
 		 285 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2864  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein paaX  36.06 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00499823  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7200  transcriptional regulator, PaaX family  34.98 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.803046  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0895  PaaX family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.947925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0661  PaaX domain-containing protein, C- domain  28.98 
 
 		 285 aa  149  7e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4146  PaaX family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85173 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2835  transcriptional regulator, PaaX family  26.79 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3357  transcriptional regulator, PaaX family  30.8 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0094  PaaX family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4812  PaaX domain-containing protein  31.79 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.33483 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0980  transcriptional regulator, PaaX family  29.39 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.148761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2009  transcriptional regulator, PaaX family  29.67 
 
 		 281 aa  106  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2629  PaaX family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 259 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.495501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8420  putative transcriptional regulator, PaaX family  29.03 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0655  PaaX family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0748596  hitchhiker  0.00291671 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0708  PaaX family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 272 aa  99.8  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.719013  normal  0.640912 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6455  transcriptional regulator, PaaX family  29.88 
 
 		 260 aa  99  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0703  transcriptional regulator, PaaX family  27.87 
 
 		 259 aa  95.1  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0787  transcriptional regulator, PaaX family  27.97 
 
 		 268 aa  92.4  9e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19070  phenylacetic acid-responsive transcriptional repressor  29.66 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0202563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0588  transcriptional regulator, PaaX family  29.03 
 
 		 276 aa  88.2  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2150  transcriptional regulator, PaaX family  25.67 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.933136  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1206  PaaX domain-containing protein, C- domain  26.75 
 
 		 258 aa  86.3  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0436  PaaX-like  28.69 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.581976 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0294  transcriptional regulator, PaaX family  26.98 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0429653  hitchhiker  0.0000864342 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1609  PaaX family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1685  PaaX family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0710641  normal  0.260669 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0309  transcriptional regulator, PaaX family  24.08 
 
 		 302 aa  67  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4899  transcriptional regulator, PaaX family  24.4 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.425131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5523  transcriptional regulator, PaaX family  26.97 
 
 		 267 aa  61.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.543092 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3828  PaaX family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648927  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2025  transcriptional regulator, PaaX family  23.27 
 
 		 306 aa  50.8  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5085  PaaX domain-containing protein, C- domain  26.11 
 
 		 244 aa  45.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.706044 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0659  PaaX-like  29.21 
 
 		 265 aa  43.1  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.702789  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0289  transcriptional regulator, PaaX family  22.35 
 
 		 280 aa  42.4  0.01  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.010887  hitchhiker  0.0000784974 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>