More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4027 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
315 aa  622  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.640342  normal  0.816795 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.23 
 
 
305 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.52 
 
 
307 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.3 
 
 
311 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0483162  hitchhiker  0.00242915 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.17 
 
 
306 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.635306 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.37 
 
 
329 aa  278  7e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.366376 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
305 aa  278  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.68 
 
 
334 aa  269  4e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0513762 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.57 
 
 
310 aa  235  9e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.27 
 
 
317 aa  219  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0612254  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
313 aa  199  7e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
312 aa  195  7e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
359 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  36.33 
 
 
867 aa  191  2e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
310 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  35.49 
 
 
301 aa  186  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
322 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
293 aa  183  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
304 aa  183  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
293 aa  182  6e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
308 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.22 
 
 
308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
295 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
284 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
310 aa  176  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1080  peptide ABC transporter, permease protein  40.89 
 
 
281 aa  176  5e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0826305  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  38.29 
 
 
303 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  37.59 
 
 
303 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.69 
 
 
282 aa  176  6e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6674  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
282 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0258683  normal  0.60671 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
296 aa  175  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  35.37 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  35.37 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  41.85 
 
 
288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
274 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.9 
 
 
301 aa  172  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34 
 
 
295 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.59 
 
 
303 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  32.78 
 
 
321 aa  171  1e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
285 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
292 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
308 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  34.59 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  34.59 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
300 aa  170  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.59 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.59 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
308 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.76 
 
 
292 aa  169  4e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.4 
 
 
300 aa  170  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
308 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.45 
 
 
305 aa  169  5e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.64 
 
 
300 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.64 
 
 
300 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
307 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
319 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
280 aa  169  7e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
302 aa  169  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
307 aa  168  9e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
283 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  hitchhiker  0.000000145682 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.25 
 
 
298 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.59 
 
 
298 aa  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
300 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
300 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
287 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
294 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
301 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
296 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
300 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
294 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
280 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.25 
 
 
298 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  37.39 
 
 
479 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  33.67 
 
 
308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  40.09 
 
 
303 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
299 aa  165  8e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
496 aa  165  8e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.27 
 
 
294 aa  165  8e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
304 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  34.96 
 
 
300 aa  165  9e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.01 
 
 
284 aa  165  9e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
278 aa  165  9e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
494 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  33 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  32.89 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>