34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3058 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3058  nucleotide-binding protein  100 
 
 		 313 aa  653    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000916186  decreased coverage  0.00191889 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1916  nucleic acid-binding protein  60 
 
 		 277 aa  185  8e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0239115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2305  nucleic acid-binding protein  52.05 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.529702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0715  nucleotide-binding protein  49.7 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.896502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0138  hypothetical protein  51.39 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2553  hypothetical protein  56.76 
 
 		 268 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000243914  unclonable  0.00000000000814228 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3111  nucleotide-binding protein  50 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.539326  normal  0.0149562 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6984  Nucleotide-binding protein, predicted, TIR-like protein  48.03 
 
 		 151 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4421  Nucleotide-binding protein, predicted, TIR-like protein  48.3 
 
 		 596 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0118398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4952  nucleotide-binding protein  48.57 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2763  hypothetical protein  50 
 
 		 271 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3313  hypothetical protein  41.98 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0138766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4098  hypothetical protein  42.76 
 
 		 273 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3810  hypothetical protein  42.76 
 
 		 273 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166718  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1741  nucleotide-binding protein  39.08 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0620  nucleotide-binding protein containing TIR -like protein domain-like protein  37.43 
 
 		 507 aa  123  5e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2614  hypothetical protein  43.31 
 
 		 233 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1614  hypothetical protein  40.69 
 
 		 234 aa  99.8  5e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6597  nucleotide-binding protein  46.43 
 
 		 127 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.434952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3059  hypothetical protein  49.32 
 
 		 253 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.828132  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5329  hypothetical protein  34.48 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1271  hypothetical protein  46.97 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2712  hypothetical protein  28.33 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0816  hypothetical protein  28.77 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3694  hypothetical protein  30.56 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000233767 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1435  hypothetical protein  40.35 
 
 		 433 aa  55.8  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.224548 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0462  hypothetical protein  46.43 
 
 		 56 aa  49.7  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0444  tetratricopeptide domain-containing protein  30.88 
 
 		 481 aa  48.5  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.317749  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0038  hypothetical protein  28.85 
 
 		 303 aa  46.2  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1559  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  33.33 
 
 		 263 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000157971  normal  0.15339 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1366  nucleotide-binding protein containing TIR -like domain-like protein  27.64 
 
 		 306 aa  43.9  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.243127  normal  0.0934242 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6138  cyclic nucleotide-binding  32.1 
 
 		 303 aa  43.1  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2709  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 500 aa  42.7  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678086  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1798  hypothetical protein  32.81 
 
 		 289 aa  42.4  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>