24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2712 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2712  hypothetical protein  100 
 
 		 256 aa  531  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0816  hypothetical protein  51.32 
 
 		 261 aa  261  8e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0138  hypothetical protein  34.15 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1741  nucleotide-binding protein  30 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4952  nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0715  nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.896502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6984  Nucleotide-binding protein, predicted, TIR-like protein  30.89 
 
 		 151 aa  75.1  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3111  nucleotide-binding protein  29.05 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.539326  normal  0.0149562 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2553  hypothetical protein  32.26 
 
 		 268 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000243914  unclonable  0.00000000000814228 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3313  hypothetical protein  32.89 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0138766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1916  nucleic acid-binding protein  32.59 
 
 		 277 aa  67  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0239115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4098  hypothetical protein  27.67 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3810  hypothetical protein  27.67 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166718  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4421  Nucleotide-binding protein, predicted, TIR-like protein  31.03 
 
 		 596 aa  61.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0118398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0620  nucleotide-binding protein containing TIR -like protein domain-like protein  27.35 
 
 		 507 aa  60.8  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3058  nucleotide-binding protein  28.33 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000916186  decreased coverage  0.00191889 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6597  nucleotide-binding protein  36.47 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.434952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2763  hypothetical protein  26.58 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0038  hypothetical protein  32.22 
 
 		 303 aa  54.7  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2614  hypothetical protein  30.6 
 
 		 233 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6138  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 		 303 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2305  nucleic acid-binding protein  32.76 
 
 		 291 aa  48.5  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.529702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1614  hypothetical protein  28.93 
 
 		 234 aa  46.2  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2709  TPR repeat-containing protein  37.21 
 
 		 500 aa  45.8  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678086  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>