17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2709 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2709  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 500 aa  1028    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678086  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0444  tetratricopeptide domain-containing protein  36.53 
 
 		 481 aa  292  1e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.317749  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2866  hypothetical protein  48.03 
 
 		 280 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.756263  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3082  hypothetical protein  45.75 
 
 		 283 aa  152  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6138  cyclic nucleotide-binding  45.33 
 
 		 303 aa  120  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1366  nucleotide-binding protein containing TIR -like domain-like protein  40.65 
 
 		 306 aa  99.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.243127  normal  0.0934242 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5650  cyclic nucleotide-binding  32.24 
 
 		 300 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2407  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 404 aa  60.1  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.17617  normal  0.530152 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2553  hypothetical protein  39.02 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000243914  unclonable  0.00000000000814228 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4952  nucleotide-binding protein  36.56 
 
 		 301 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2712  hypothetical protein  38.55 
 
 		 256 aa  46.2  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0138  hypothetical protein  37.04 
 
 		 299 aa  45.8  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6984  Nucleotide-binding protein, predicted, TIR-like protein  31.46 
 
 		 151 aa  45.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4421  Nucleotide-binding protein, predicted, TIR-like protein  40.62 
 
 		 596 aa  45.8  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0118398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0715  nucleotide-binding protein  34.15 
 
 		 287 aa  45.4  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.896502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6597  nucleotide-binding protein  36.92 
 
 		 127 aa  44.3  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.434952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 824 aa  43.9  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>