79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3238 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 145 aa  283  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18603  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3672  TonB system transport protein ExbD1  79.31 
 
 		 145 aa  231  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3341  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.03 
 
 		 145 aa  206  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00402112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0949  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.03 
 
 		 145 aa  206  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.543665  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1051  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.34 
 
 		 145 aa  203  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.59996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1018  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.34 
 
 		 145 aa  202  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.198442  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0963  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.9 
 
 		 145 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.1 
 
 		 137 aa  146  8e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.03 
 
 		 137 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0787  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.85 
 
 		 139 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425493  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1753  TonB system transport protein ExbD1  42.07 
 
 		 141 aa  108  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00438106  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001353  biopolymer transport protein ExbD1  46.72 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000434471  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0325  TonB system transport protein ExbD1  48.78 
 
 		 138 aa  103  6e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000982985  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05242  biopolymer transport protein  47.11 
 
 		 137 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  24.44 
 
 		 142 aa  53.5  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  28.83 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0896  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000238629  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.61 
 
 		 135 aa  48.1  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 		 133 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  27.59 
 
 		 134 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.1 
 
 		 136 aa  47  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  25.47 
 
 		 136 aa  45.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.71 
 
 		 145 aa  45.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 		 136 aa  44.7  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  22.76 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.77 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.95 
 
 		 146 aa  43.5  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  20.61 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  27.68 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  21.43 
 
 		 152 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  20.61 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.13 
 
 		 147 aa  42.7  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  20.61 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.61 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  24.26 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.4 
 
 		 136 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.37 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  20.14 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  20.14 
 
 		 149 aa  42  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  20.61 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.14 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.14 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.14 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  25.86 
 
 		 134 aa  42  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.37 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  20.14 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.17 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.13 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.66 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.4 
 
 		 136 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.1 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.6 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.14 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  20.14 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  19.01 
 
 		 139 aa  41.2  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  20.14 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.7 
 
 		 137 aa  41.2  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  20.14 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  20.14 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  20.14 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  20.14 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  20.14 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  25.58 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24 
 
 		 122 aa  40.8  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  24.37 
 
 		 133 aa  40.8  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  29.41 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  29.9 
 
 		 146 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  26.85 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.23 
 
 		 141 aa  40.4  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0812  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.29 
 
 		 137 aa  40.4  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  30.56 
 
 		 140 aa  40.4  0.008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  27.1 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  27.68 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.21 
 
 		 148 aa  40  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  26.96 
 
 		 134 aa  40  0.01  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.09 
 
 		 149 aa  40  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  18.57 
 
 		 150 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>