More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0812 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0812  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
142 aa  287  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1936  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.94 
 
 
142 aa  155  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.211581 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3232  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.17 
 
 
146 aa  150  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1714  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.61 
 
 
143 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6364  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.61 
 
 
143 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00896769  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2090  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.57 
 
 
144 aa  142  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0249583  normal  0.766976 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.29 
 
 
142 aa  140  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.970491  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1443  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.29 
 
 
142 aa  140  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1729  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.9 
 
 
143 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344819  normal  0.411773 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.05 
 
 
142 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5005  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.19 
 
 
143 aa  138  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.106171 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0690  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.86 
 
 
139 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4693  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.65 
 
 
142 aa  128  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0384  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.06 
 
 
143 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.127436 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1757  biopolymer transport ExbD protein  51.75 
 
 
145 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7323  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.52 
 
 
143 aa  123  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0805  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.68 
 
 
141 aa  122  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251807 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 
143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 
142 aa  117  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.86 
 
 
141 aa  114  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.80542 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.22 
 
 
142 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 
140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0120  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.45 
 
 
142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0436048  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3233  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.48 
 
 
142 aa  110  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  39.44 
 
 
142 aa  110  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 
140 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 
140 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  39.44 
 
 
142 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  39.44 
 
 
142 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.44 
 
 
142 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.44 
 
 
142 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.44 
 
 
142 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.44 
 
 
142 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 
140 aa  110  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.34 
 
 
136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1965  biopolymer transport transmembrane protein  44.36 
 
 
137 aa  108  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 
136 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 
136 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  38.57 
 
 
140 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.23 
 
 
143 aa  106  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.302049  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  42.02 
 
 
140 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2279  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.61 
 
 
137 aa  105  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.079959  normal  0.0276297 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4353  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.06 
 
 
142 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 
138 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.48 
 
 
140 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.61 
 
 
137 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1756  biopolymer transport ExbD protein  40 
 
 
143 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.76 
 
 
140 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 
141 aa  100  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
140 aa  100  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
140 aa  100  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.57 
 
 
141 aa  100  9e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0440021  normal  0.632014 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
158 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
140 aa  100  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
137 aa  99  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.74 
 
 
141 aa  99  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
140 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0813  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 
136 aa  98.6  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0383  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
141 aa  97.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0787741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  40.68 
 
 
139 aa  97.4  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.97 
 
 
176 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.97 
 
 
176 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.97 
 
 
176 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.97 
 
 
176 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 
137 aa  96.7  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.33 
 
 
139 aa  95.9  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.3 
 
 
141 aa  95.9  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1119  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
144 aa  95.9  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.24 
 
 
176 aa  94.7  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.83 
 
 
143 aa  94  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2237  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.85 
 
 
137 aa  94  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0014  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
146 aa  94  7e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.85 
 
 
136 aa  93.6  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.07 
 
 
141 aa  92.8  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
136 aa  92.8  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 
140 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 
140 aa  92.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 
135 aa  91.3  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 
143 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4354  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1947  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.83 
 
 
139 aa  90.9  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2118  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.34 
 
 
136 aa  90.5  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0526178  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1794  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.34 
 
 
136 aa  90.5  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal  0.726356 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3451  ExbD/TolR family transport energizing protein  36.3 
 
 
176 aa  87.8  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141094  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.37 
 
 
139 aa  88.2  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
139 aa  87.8  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.218457 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3416  ExbD/TolR family transport energizing protein  36.3 
 
 
172 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1809  biopolymer transport protein-like protein  49.53 
 
 
120 aa  87.4  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11173  normal  0.880311 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
139 aa  87.4  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.38 
 
 
138 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.67 
 
 
153 aa  85.9  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1210  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.81 
 
 
178 aa  85.5  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
140 aa  84  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
140 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0878  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.15 
 
 
141 aa  82  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0295235  normal  0.0766117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1022  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.15 
 
 
141 aa  82  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0335138  normal  0.0307792 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0620  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.83 
 
 
151 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0548  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.83 
 
 
151 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268527  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0170  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.83 
 
 
151 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0653  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.83 
 
 
151 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>