More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0413 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0413  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 117 aa  243  8e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.343212  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4031  endoribonuclease L-PSP  82.61 
 
 		 117 aa  207  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4056  endoribonuclease L-PSP  81.74 
 
 		 120 aa  206  9e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3652  endoribonuclease L-PSP  81.74 
 
 		 117 aa  206  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3954  Endoribonuclease L-PSP  80.87 
 
 		 117 aa  204  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4149  endoribonuclease L-PSP  80.87 
 
 		 120 aa  203  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0306  endoribonuclease L-PSP  81.03 
 
 		 118 aa  203  6e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3638  endoribonuclease L-PSP  81.03 
 
 		 118 aa  203  8e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0337  translation initiation inhibitor  80.87 
 
 		 118 aa  202  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3834  endoribonuclease L-PSP  80.87 
 
 		 118 aa  202  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3317  hypothetical protein  78.07 
 
 		 117 aa  196  7.999999999999999e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0288  endoribonuclease L-PSP  76.11 
 
 		 116 aa  180  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00205912  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2171  endoribonuclease L-PSP  64.04 
 
 		 117 aa  159  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  0.0971944 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2268  endoribonuclease L-PSP  64.6 
 
 		 117 aa  156  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4503  endoribonuclease L-PSP  63.16 
 
 		 118 aa  154  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0467  endoribonuclease L-PSP  63.16 
 
 		 117 aa  152  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0342744  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0466  L-PSP family endoribonuclease  62.28 
 
 		 117 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01561  translation initiation inhibitor  58.12 
 
 		 118 aa  144  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4240  L-PSP family endoribonuclease  60.71 
 
 		 115 aa  142  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.562901  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0002  putative endoribonuclease L-PSP  58.93 
 
 		 115 aa  142  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.149481  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2646  endoribonuclease L-PSP  60.18 
 
 		 116 aa  137  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4948  Endoribonuclease L-PSP  56.14 
 
 		 115 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4921  endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 		 115 aa  136  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70010  hypothetical protein  54.31 
 
 		 117 aa  131  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6077  hypothetical protein  54.31 
 
 		 117 aa  131  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0236  endoribonuclease L-PSP  54.31 
 
 		 117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0102  endoribonuclease L-PSP family protein  54.31 
 
 		 117 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0475  endoribonuclease L-PSP  55.75 
 
 		 112 aa  128  3e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1345  endoribonuclease  52.68 
 
 		 112 aa  127  7.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0475282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1019  endoribonuclease L-PSP  52.68 
 
 		 112 aa  126  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.669958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0334  endoribonuclease L-PSP  52.17 
 
 		 114 aa  125  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2329  endoribonuclease L-PSP  51.3 
 
 		 127 aa  125  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4435  hypothetical protein  50.86 
 
 		 117 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0246  endoribonuclease L-PSP  52.59 
 
 		 116 aa  123  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0809  endoribonuclease L-PSP  52.63 
 
 		 115 aa  123  9e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4474  endoribonuclease L-PSP  47.37 
 
 		 117 aa  122  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000040  endoribonuclease L-PSP family protein  53.27 
 
 		 117 aa  122  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2762  endoribonuclease L-PSP  52.14 
 
 		 121 aa  122  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2759  hypothetical protein  47.06 
 
 		 119 aa  121  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47970  Endoribonuclease L-PSP family protein  50.86 
 
 		 117 aa  121  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1708  putative endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 		 117 aa  120  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2297  endoribonuclease L-PSP  52.21 
 
 		 113 aa  120  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.718844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3455  endoribonuclease L-PSP  52.17 
 
 		 117 aa  120  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1886  L-PSP family endoribonuclease  48.25 
 
 		 141 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1732  putative endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 		 117 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.125289  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1099  hypothetical protein  48.25 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130213  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1543  hypothetical protein  48.25 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0959  putative endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0541904  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0205  hypothetical protein  48.25 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0197898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5822  hypothetical protein  51.3 
 
 		 116 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2598  L-PSP family endoribonuclease  46.49 
 
 		 117 aa  118  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4265  Endoribonuclease L-PSP  47.83 
 
 		 116 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3910  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 116 aa  117  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2376  endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 		 114 aa  117  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337804  normal  0.72291 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01773  endoribonuclease L-PSP family  47.32 
 
 		 115 aa  116  7.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.719379  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1781  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5525  endoribonuclease L-PSP  54.29 
 
 		 106 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67140  hypothetical protein  50.43 
 
 		 116 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0926922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4613  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 117 aa  114  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00014505  normal  0.903485 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2065  endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 		 116 aa  114  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.383791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1450  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000258277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1397  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0150121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0990  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00403793  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1357  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1472  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.155856  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4020  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 		 119 aa  114  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620706  normal  0.517505 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1365  endoribonuclease L-PSP  48.7 
 
 		 114 aa  114  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.798025  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4389  Endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 		 119 aa  114  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.276873 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1174  endoribonuclease L-PSP  47.37 
 
 		 114 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3771  Endoribonuclease L-PSP  47.79 
 
 		 117 aa  113  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6007  endoribonuclease L-PSP  44.25 
 
 		 118 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1369  hypothetical protein  44.74 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2672  hypothetical protein  46.96 
 
 		 116 aa  111  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.35779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1889  Endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 117 aa  111  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.121968  normal  0.445975 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2036  endoribonuclease L-PSP family protein  46.09 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.818249  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01779  hypothetical protein  46.09 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.893197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1834  Endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 115 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00508894  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2069  endoribonuclease L-PSP family protein  46.09 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1379  endoribonuclease L-PSP family protein  46.09 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.618035  normal  0.177039 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01767  hypothetical protein  46.09 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.712473  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2758  Endoribonuclease L-PSP  44.74 
 
 		 117 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1897  endoribonuclease L-PSP family protein  46.09 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1824  endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 115 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.387771 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2536  endoribonuclease L-PSP family protein  46.09 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0868618  normal  0.902173 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0936  endoribonuclease L-PSP  48.7 
 
 		 118 aa  110  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1019  hypothetical protein  47.83 
 
 		 114 aa  110  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4502  Endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 		 119 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.654756 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0961  hypothetical protein  47.83 
 
 		 114 aa  110  7.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2929  Endoribonuclease L-PSP  45.13 
 
 		 115 aa  110  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3761  hypothetical protein  44.74 
 
 		 117 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2886  Endoribonuclease L-PSP  46.96 
 
 		 114 aa  110  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2710  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 117 aa  110  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.813117 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2469  endoribonuclease L-PSP  45.22 
 
 		 121 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.301714  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0063  endoribonuclease L-PSP  45.95 
 
 		 117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.819868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3201  putative endoribonuclease L-PSP family protein  45.54 
 
 		 113 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0954576  normal  0.771156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4397  endoribonuclease L-PSP  48.72 
 
 		 120 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.455291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2379  endoribonuclease L-PSP  45.22 
 
 		 114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0725  Endoribonuclease L-PSP  45.13 
 
 		 116 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.799959  normal  0.37819 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3393  endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 116 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.308192 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44200  hypothetical protein  44.74 
 
 		 117 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000922317  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>