More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4435 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4435  hypothetical protein  100 
 
 
117 aa  240  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0246  endoribonuclease L-PSP  66.38 
 
 
116 aa  164  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6077  hypothetical protein  59.48 
 
 
117 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70010  hypothetical protein  59.48 
 
 
117 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0236  endoribonuclease L-PSP  55.17 
 
 
117 aa  140  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47970  Endoribonuclease L-PSP family protein  55.17 
 
 
117 aa  140  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0102  endoribonuclease L-PSP family protein  54.31 
 
 
117 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3317  hypothetical protein  53.91 
 
 
117 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4149  endoribonuclease L-PSP  52.14 
 
 
120 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3954  Endoribonuclease L-PSP  52.14 
 
 
117 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1560  endoribonuclease L-PSP  55.65 
 
 
117 aa  127  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0475  endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 
112 aa  127  7.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5525  endoribonuclease L-PSP  55.24 
 
 
106 aa  126  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2758  Endoribonuclease L-PSP  55.65 
 
 
117 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1369  hypothetical protein  55.65 
 
 
133 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2171  endoribonuclease L-PSP  53.51 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  0.0971944 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2598  L-PSP family endoribonuclease  54.78 
 
 
117 aa  124  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0413  endoribonuclease L-PSP  50.86 
 
 
117 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.343212  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1708  putative endoribonuclease L-PSP  53.91 
 
 
117 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4031  endoribonuclease L-PSP  51.28 
 
 
117 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0467  endoribonuclease L-PSP  53.04 
 
 
117 aa  123  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0342744  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1019  endoribonuclease L-PSP  51.33 
 
 
112 aa  123  8.000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.669958  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1886  L-PSP family endoribonuclease  53.04 
 
 
141 aa  123  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1781  endoribonuclease L-PSP  54.78 
 
 
140 aa  123  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316896  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5822  hypothetical protein  52.17 
 
 
116 aa  122  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1450  endoribonuclease L-PSP  54.78 
 
 
117 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000258277  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1397  endoribonuclease L-PSP  54.78 
 
 
117 aa  122  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0150121  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1732  putative endoribonuclease L-PSP  53.04 
 
 
117 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.125289  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1174  endoribonuclease L-PSP  53.91 
 
 
114 aa  122  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0990  endoribonuclease L-PSP  54.78 
 
 
117 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00403793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67140  hypothetical protein  52.17 
 
 
116 aa  122  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0926922  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1472  endoribonuclease L-PSP  54.78 
 
 
117 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.155856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4056  endoribonuclease L-PSP  50.43 
 
 
120 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1099  hypothetical protein  53.04 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130213  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0205  hypothetical protein  53.04 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0197898  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0959  putative endoribonuclease L-PSP  53.04 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0541904  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2268  endoribonuclease L-PSP  53.98 
 
 
117 aa  122  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1543  hypothetical protein  53.04 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3652  endoribonuclease L-PSP  50.43 
 
 
117 aa  121  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3771  Endoribonuclease L-PSP  51.72 
 
 
117 aa  121  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1158  endoribonuclease L-PSP  52.17 
 
 
120 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0195416  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1357  endoribonuclease L-PSP  53.91 
 
 
117 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3834  endoribonuclease L-PSP  50.43 
 
 
118 aa  121  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4613  endoribonuclease L-PSP  53.91 
 
 
117 aa  121  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00014505  normal  0.903485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4336  endoribonuclease L-PSP  46.96 
 
 
123 aa  120  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.597458  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3638  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
118 aa  120  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0306  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
118 aa  120  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4474  endoribonuclease L-PSP  48.7 
 
 
117 aa  120  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0337  translation initiation inhibitor  49.57 
 
 
118 aa  120  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2710  endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 
117 aa  120  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.813117 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0466  L-PSP family endoribonuclease  51.3 
 
 
117 aa  120  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1345  endoribonuclease  49.56 
 
 
112 aa  120  9e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0475282  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01561  translation initiation inhibitor  51.3 
 
 
118 aa  119  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4921  endoribonuclease L-PSP  53.04 
 
 
115 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4265  Endoribonuclease L-PSP  51.72 
 
 
116 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7057  endoribonuclease L-PSP  49.11 
 
 
117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.945657  normal  0.394054 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4426  endoribonuclease L-PSP  55.08 
 
 
122 aa  118  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0537399  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4503  endoribonuclease L-PSP  50.43 
 
 
118 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259077  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0334  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
114 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1889  Endoribonuclease L-PSP  46.43 
 
 
117 aa  117  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.121968  normal  0.445975 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2297  endoribonuclease L-PSP  53.91 
 
 
113 aa  117  7e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.718844  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2759  hypothetical protein  50.83 
 
 
119 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4397  endoribonuclease L-PSP  50.85 
 
 
120 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.455291 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6007  endoribonuclease L-PSP  46.9 
 
 
118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4240  L-PSP family endoribonuclease  51.33 
 
 
115 aa  115  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.562901  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0002  putative endoribonuclease L-PSP  49.56 
 
 
115 aa  114  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.149481  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2646  endoribonuclease L-PSP  47.79 
 
 
116 aa  114  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0288  endoribonuclease L-PSP  50.88 
 
 
116 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00205912  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2329  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 
127 aa  113  7.999999999999999e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4413  endoribonuclease L-PSP  44.25 
 
 
122 aa  113  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.333895  normal  0.375148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4948  Endoribonuclease L-PSP  50.86 
 
 
115 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6378  Endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 
114 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0807375  normal  0.458934 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2376  endoribonuclease L-PSP  50.43 
 
 
114 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337804  normal  0.72291 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3910  endoribonuclease L-PSP  49.56 
 
 
116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119462  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3455  endoribonuclease L-PSP  46.55 
 
 
117 aa  111  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1273  endoribonuclease L-PSP  48.7 
 
 
120 aa  110  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1242  hypothetical protein  47.37 
 
 
114 aa  110  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1150  endoribonuclease L-PSP  47.37 
 
 
114 aa  110  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.710558  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2407  hypothetical protein  47.41 
 
 
114 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000841178  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2129  endoribonuclease L-PSP  47.41 
 
 
114 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2762  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
121 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2018  endoribonuclease L-PSP  47.41 
 
 
114 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.711263  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0936  endoribonuclease L-PSP  49.14 
 
 
118 aa  108  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2026  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
118 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.232751  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2936  hypothetical protein  48.28 
 
 
113 aa  107  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3761  hypothetical protein  43.48 
 
 
117 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1575  hypothetical protein  47.37 
 
 
131 aa  107  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2469  endoribonuclease L-PSP  45.69 
 
 
121 aa  107  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.301714  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01779  hypothetical protein  48.28 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.893197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1834  Endoribonuclease L-PSP  48.28 
 
 
115 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00508894  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1379  endoribonuclease L-PSP family protein  48.28 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.618035  normal  0.177039 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0992  hypothetical protein  45.61 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01767  hypothetical protein  48.28 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.712473  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2069  endoribonuclease L-PSP family protein  48.28 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2536  endoribonuclease L-PSP family protein  48.28 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0868618  normal  0.902173 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1897  endoribonuclease L-PSP family protein  48.28 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2036  endoribonuclease L-PSP family protein  48.28 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.818249  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1824  endoribonuclease L-PSP  48.28 
 
 
115 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.387771 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0934  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 
139 aa  106  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.989038  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4372  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  106  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>