More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3638 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3638  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 
118 aa  244  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0306  endoribonuclease L-PSP  98.31 
 
 
118 aa  241  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3834  endoribonuclease L-PSP  97.46 
 
 
118 aa  238  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0337  translation initiation inhibitor  95.76 
 
 
118 aa  236  6.999999999999999e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3652  endoribonuclease L-PSP  96.52 
 
 
117 aa  231  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4031  endoribonuclease L-PSP  93.91 
 
 
117 aa  226  7e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4056  endoribonuclease L-PSP  93.91 
 
 
120 aa  226  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3954  Endoribonuclease L-PSP  92.17 
 
 
117 aa  222  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4149  endoribonuclease L-PSP  92.17 
 
 
120 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0413  endoribonuclease L-PSP  81.03 
 
 
117 aa  203  8e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.343212  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3317  hypothetical protein  83.33 
 
 
117 aa  202  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0288  endoribonuclease L-PSP  78.76 
 
 
116 aa  185  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00205912  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2268  endoribonuclease L-PSP  69.91 
 
 
117 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4503  endoribonuclease L-PSP  69.3 
 
 
118 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259077  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0467  endoribonuclease L-PSP  67.54 
 
 
117 aa  166  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0342744  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0466  L-PSP family endoribonuclease  67.54 
 
 
117 aa  165  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2171  endoribonuclease L-PSP  64.04 
 
 
117 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  0.0971944 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0002  putative endoribonuclease L-PSP  64.29 
 
 
115 aa  155  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.149481  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4240  L-PSP family endoribonuclease  64.29 
 
 
115 aa  153  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.562901  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01561  translation initiation inhibitor  61.4 
 
 
118 aa  151  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2646  endoribonuclease L-PSP  61.95 
 
 
116 aa  143  7.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4948  Endoribonuclease L-PSP  59.65 
 
 
115 aa  142  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4921  endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 
115 aa  135  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1708  putative endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 
117 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1886  L-PSP family endoribonuclease  54.39 
 
 
141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1732  putative endoribonuclease L-PSP  54.39 
 
 
117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.125289  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2297  endoribonuclease L-PSP  59.29 
 
 
113 aa  129  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.718844  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2762  endoribonuclease L-PSP  56.41 
 
 
121 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2759  hypothetical protein  51.26 
 
 
119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2329  endoribonuclease L-PSP  51.72 
 
 
127 aa  127  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1099  hypothetical protein  53.51 
 
 
117 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130213  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0205  hypothetical protein  53.51 
 
 
117 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0197898  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1543  hypothetical protein  53.51 
 
 
117 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2598  L-PSP family endoribonuclease  52.63 
 
 
117 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0959  putative endoribonuclease L-PSP  53.51 
 
 
117 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0541904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0246  endoribonuclease L-PSP  54.31 
 
 
116 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01773  endoribonuclease L-PSP family  50.89 
 
 
115 aa  125  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.719379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0236  endoribonuclease L-PSP  50.86 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3455  endoribonuclease L-PSP  55.08 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47970  Endoribonuclease L-PSP family protein  55.17 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4474  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  125  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0334  endoribonuclease L-PSP  53.04 
 
 
114 aa  125  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0809  endoribonuclease L-PSP  53.51 
 
 
115 aa  124  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6077  hypothetical protein  50.86 
 
 
117 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70010  hypothetical protein  50.86 
 
 
117 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1365  endoribonuclease L-PSP  54.78 
 
 
114 aa  124  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.798025  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0102  endoribonuclease L-PSP family protein  50.86 
 
 
117 aa  124  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1781  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
140 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316896  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4613  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  123  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00014505  normal  0.903485 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1369  hypothetical protein  50 
 
 
133 aa  122  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3201  putative endoribonuclease L-PSP family protein  52.68 
 
 
113 aa  122  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0954576  normal  0.771156 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2758  Endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1397  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0150121  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1242  hypothetical protein  48.67 
 
 
114 aa  122  2e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1450  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000258277  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1150  endoribonuclease L-PSP  48.67 
 
 
114 aa  122  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.710558  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0990  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00403793  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1357  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1472  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.155856  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3910  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
116 aa  122  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119462  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3771  Endoribonuclease L-PSP  51.33 
 
 
117 aa  121  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2065  endoribonuclease L-PSP  53.85 
 
 
116 aa  121  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.383791  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4435  hypothetical protein  50 
 
 
117 aa  120  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2672  hypothetical protein  51.3 
 
 
116 aa  120  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.35779  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1560  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2376  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
114 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337804  normal  0.72291 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3393  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 
116 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.308192 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000040  endoribonuclease L-PSP family protein  52.34 
 
 
117 aa  117  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4265  Endoribonuclease L-PSP  46.96 
 
 
116 aa  117  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1174  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
114 aa  117  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6409  endoribonuclease L-PSP  46.43 
 
 
131 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6642  endoribonuclease L-PSP  46.43 
 
 
131 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6240  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 
116 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0475  endoribonuclease L-PSP  52.25 
 
 
112 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1019  hypothetical protein  49.57 
 
 
114 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0961  hypothetical protein  49.57 
 
 
114 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1345  endoribonuclease  48.21 
 
 
112 aa  115  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0475282  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3823  Endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 
118 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4900  Endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 
118 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.432991  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0063  endoribonuclease L-PSP  49.55 
 
 
117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.819868  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5525  endoribonuclease L-PSP  51.43 
 
 
106 aa  114  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2936  hypothetical protein  48.7 
 
 
113 aa  114  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2886  Endoribonuclease L-PSP  47.83 
 
 
114 aa  114  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1775  endoribonuclease L-PSP  52.21 
 
 
115 aa  114  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.634582  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1019  endoribonuclease L-PSP  48.21 
 
 
112 aa  114  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.669958  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4389  Endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
119 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.276873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4020  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
119 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620706  normal  0.517505 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1395  endoribonuclease L-PSP  50.45 
 
 
115 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4397  endoribonuclease L-PSP  49.57 
 
 
120 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.455291 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2929  Endoribonuclease L-PSP  46.02 
 
 
115 aa  112  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15841  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1889  Endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 
117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.121968  normal  0.445975 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6007  endoribonuclease L-PSP  46.02 
 
 
118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5822  hypothetical protein  47.83 
 
 
116 aa  110  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1834  Endoribonuclease L-PSP  45.22 
 
 
115 aa  110  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00508894  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1897  endoribonuclease L-PSP family protein  45.22 
 
 
114 aa  110  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2737  putative ssRNA endoribonuclease L-PSP  49.55 
 
 
115 aa  110  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1824  endoribonuclease L-PSP  45.22 
 
 
115 aa  110  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.387771 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2069  endoribonuclease L-PSP family protein  45.22 
 
 
114 aa  110  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1379  endoribonuclease L-PSP family protein  45.22 
 
 
114 aa  110  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.618035  normal  0.177039 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2036  endoribonuclease L-PSP family protein  45.22 
 
 
114 aa  110  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.818249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>