More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1401 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1401  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 398 aa  795    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.14892  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.54 
 
 		 427 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  46.02 
 
 		 427 aa  379  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  48.43 
 
 		 427 aa  378  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  48.43 
 
 		 427 aa  378  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.32 
 
 		 444 aa  368  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.14 
 
 		 420 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2721  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.33 
 
 		 410 aa  363  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2948  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.09 
 
 		 410 aa  363  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.736746  hitchhiker  0.001764 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.21 
 
 		 449 aa  361  1e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2843  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.58 
 
 		 410 aa  361  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2929  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.3 
 
 		 419 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.301495 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.38 
 
 		 420 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.04 
 
 		 441 aa  354  1e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49 
 
 		 422 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.43 
 
 		 416 aa  354  2e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0184  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.08 
 
 		 412 aa  354  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0396  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.14 
 
 		 420 aa  353  2.9999999999999997e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.342498  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3390  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.41 
 
 		 426 aa  352  5.9999999999999994e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.88 
 
 		 425 aa  352  7e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.65 
 
 		 421 aa  352  7e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  47.64 
 
 		 425 aa  349  5e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.37 
 
 		 423 aa  349  5e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5336  MiaB-like tRNA modifying enzyme  53.88 
 
 		 408 aa  348  1e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.48 
 
 		 435 aa  347  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.83 
 
 		 424 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.25 
 
 		 424 aa  345  6e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.852601 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.56 
 
 		 425 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.66 
 
 		 419 aa  343  2.9999999999999997e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.4 
 
 		 420 aa  343  4e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4070  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.58 
 
 		 424 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1849  MiaB-like tRNA modifying enzyme  51.15 
 
 		 433 aa  341  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.922054 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.22 
 
 		 443 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4197  hypothetical protein  48.28 
 
 		 424 aa  338  7e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.89 
 
 		 423 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  49.28 
 
 		 422 aa  333  3e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0412  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.02 
 
 		 437 aa  333  3e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.908018  normal  0.498454 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0373  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.67 
 
 		 434 aa  332  8e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215959  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2731  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.76 
 
 		 441 aa  332  9e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.549128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.71 
 
 		 408 aa  325  8.000000000000001e-88  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3655  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.24 
 
 		 423 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0378988  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.38 
 
 		 411 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  40.1 
 
 		 412 aa  309  5e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  39.36 
 
 		 411 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  38.19 
 
 		 429 aa  293  3e-78  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.58 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.66 
 
 		 429 aa  228  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.06 
 
 		 429 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.41 
 
 		 434 aa  217  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  39.1 
 
 		 436 aa  218  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  34.88 
 
 		 437 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.19 
 
 		 444 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.92 
 
 		 427 aa  209  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.64 
 
 		 438 aa  209  1e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.68 
 
 		 411 aa  207  3e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.96 
 
 		 467 aa  205  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  34.07 
 
 		 439 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  29.89 
 
 		 431 aa  202  8e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.4 
 
 		 409 aa  202  9.999999999999999e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.15 
 
 		 431 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2898  RNA modification enzyme, MiaB family  35.27 
 
 		 429 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0626  RNA modification enzyme, MiaB family  35.9 
 
 		 439 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.196268  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.19 
 
 		 450 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  35.04 
 
 		 440 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.35 
 
 		 438 aa  196  6e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  33.75 
 
 		 435 aa  196  9e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.07 
 
 		 435 aa  195  9e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  35.25 
 
 		 431 aa  195  1e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  33.97 
 
 		 462 aa  195  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.76 
 
 		 450 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  36.89 
 
 		 435 aa  194  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.66 
 
 		 449 aa  194  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.01 
 
 		 495 aa  194  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.44 
 
 		 471 aa  193  4e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10340  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.08 
 
 		 409 aa  192  6e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0729922  unclonable  0.00000000167703 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.2 
 
 		 429 aa  193  6e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  30.5 
 
 		 446 aa  192  6e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  32.92 
 
 		 436 aa  192  9e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1645  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.93 
 
 		 410 aa  192  1e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.447021  hitchhiker  0.00298865 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  34.07 
 
 		 458 aa  190  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.32 
 
 		 443 aa  189  5e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.07 
 
 		 442 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.39 
 
 		 434 aa  189  8e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.81 
 
 		 417 aa  188  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.82 
 
 		 441 aa  189  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.74 
 
 		 409 aa  188  2e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  27.86 
 
 		 430 aa  186  6e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  31.12 
 
 		 441 aa  186  8e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  33.6 
 
 		 416 aa  186  9e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  28.19 
 
 		 434 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  30.98 
 
 		 470 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.69 
 
 		 434 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.53 
 
 		 434 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  30.02 
 
 		 454 aa  182  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.53 
 
 		 434 aa  182  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  32.85 
 
 		 413 aa  180  4.999999999999999e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.18 
 
 		 438 aa  180  4.999999999999999e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0982  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  31.75 
 
 		 443 aa  179  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.423682  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2066  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  31.11 
 
 		 467 aa  179  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0928241  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1401  RNA modification enzyme, MiaB family  31.74 
 
 		 506 aa  178  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>