More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2492 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  100 
 
 
436 aa  903    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  53.66 
 
 
435 aa  473  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  47.93 
 
 
454 aa  457  1e-127  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.53 
 
 
450 aa  452  1.0000000000000001e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50 
 
 
450 aa  454  1.0000000000000001e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  50.83 
 
 
450 aa  451  1e-125  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  49.08 
 
 
434 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.93 
 
 
449 aa  442  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  50.12 
 
 
450 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  50.12 
 
 
450 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  49.88 
 
 
450 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  50.12 
 
 
450 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  50.12 
 
 
450 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  48.46 
 
 
449 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  49.88 
 
 
450 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  49.88 
 
 
450 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  49.52 
 
 
448 aa  436  1e-121  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  50 
 
 
448 aa  436  1e-121  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  50 
 
 
450 aa  437  1e-121  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  49.41 
 
 
451 aa  436  1e-121  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  50 
 
 
450 aa  437  1e-121  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  49.53 
 
 
450 aa  436  1e-121  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  50 
 
 
448 aa  436  1e-121  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  45.6 
 
 
434 aa  412  1e-114  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  50.98 
 
 
439 aa  414  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.99 
 
 
438 aa  399  9.999999999999999e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  48.37 
 
 
437 aa  387  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.21 
 
 
434 aa  388  1e-106  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.98 
 
 
434 aa  386  1e-106  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.28 
 
 
471 aa  384  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  45.1 
 
 
446 aa  379  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  42.99 
 
 
431 aa  358  9e-98  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.58 
 
 
429 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.86 
 
 
456 aa  352  8.999999999999999e-96  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.66 
 
 
429 aa  346  4e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.66 
 
 
432 aa  341  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.94 
 
 
466 aa  340  4e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.76 
 
 
417 aa  339  5e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.57 
 
 
444 aa  335  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.22 
 
 
430 aa  331  1e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.88 
 
 
431 aa  328  8e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.59 
 
 
427 aa  324  2e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.58 
 
 
438 aa  318  1e-85  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.32 
 
 
434 aa  317  2e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.84 
 
 
439 aa  318  2e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  39.62 
 
 
440 aa  317  4e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.28 
 
 
435 aa  314  1.9999999999999998e-84  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.73 
 
 
425 aa  311  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.6 
 
 
442 aa  311  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  36.64 
 
 
441 aa  310  2.9999999999999997e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1112  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  38.55 
 
 
444 aa  307  2.0000000000000002e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000242644  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40 
 
 
444 aa  307  2.0000000000000002e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  39.63 
 
 
458 aa  307  3e-82  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  36.71 
 
 
438 aa  301  1e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.24 
 
 
429 aa  300  4e-80  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.96 
 
 
449 aa  299  7e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0570  RNA modification enzyme, MiaB family  37.58 
 
 
447 aa  298  9e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.34 
 
 
441 aa  298  1e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  38.8 
 
 
451 aa  298  1e-79  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.35 
 
 
442 aa  295  8e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3801  RNA modification enzyme, MiaB family  37.92 
 
 
445 aa  294  2e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.920944  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11680  RNA modification enzyme, MiaB family  36.24 
 
 
450 aa  291  1e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0952269  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.02 
 
 
467 aa  290  3e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0549  RNA modification protein  36.09 
 
 
443 aa  290  5.0000000000000004e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1484  RNA modification enzyme, MiaB family  36.55 
 
 
497 aa  289  7e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.03 
 
 
495 aa  288  1e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  37.39 
 
 
446 aa  288  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.79 
 
 
434 aa  287  2e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2092  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  36.16 
 
 
531 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1610  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  36.43 
 
 
471 aa  286  4e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.34792  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  35 
 
 
440 aa  286  7e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1197  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  35.47 
 
 
523 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000761282  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.14 
 
 
434 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0783  RNA modification enzyme, MiaB family  37.16 
 
 
438 aa  282  8.000000000000001e-75  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0783  RNA modification protein  35.65 
 
 
480 aa  280  4e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.63 
 
 
416 aa  278  1e-73  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.99 
 
 
438 aa  278  1e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  37.7 
 
 
413 aa  278  2e-73  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0893  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  36.96 
 
 
474 aa  275  8e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.188426  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  35.83 
 
 
416 aa  273  5.000000000000001e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0651  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  35.44 
 
 
442 aa  272  7e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.5 
 
 
451 aa  272  8.000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0437  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  37.3 
 
 
477 aa  272  8.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.809757  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1495  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  35.24 
 
 
451 aa  272  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.421573  hitchhiker  0.000974888 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0697  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  34.99 
 
 
462 aa  271  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.224906 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  38.23 
 
 
436 aa  271  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1155  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  35.21 
 
 
474 aa  270  2.9999999999999997e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0394  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  36.28 
 
 
508 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.73924 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1889  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.41 
 
 
456 aa  270  4e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000213731  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0860  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.79 
 
 
514 aa  270  5e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.116218  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3037  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  35.96 
 
 
454 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3819  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.94 
 
 
509 aa  269  8e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3806  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.94 
 
 
509 aa  269  8e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2424  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.49 
 
 
509 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3784  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.94 
 
 
509 aa  268  1e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0126107 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3513  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.94 
 
 
509 aa  268  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.325275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3531  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.94 
 
 
509 aa  268  1e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3871  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.94 
 
 
509 aa  268  1e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2334  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  35.73 
 
 
459 aa  268  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2738  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.79 
 
 
447 aa  268  1e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000461297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>