More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1643 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  93.01 
 
 		 429 aa  824    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 429 aa  882    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  62.65 
 
 		 444 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.9 
 
 		 434 aa  502  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  61.15 
 
 		 431 aa  489  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.23 
 
 		 442 aa  427  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.81 
 
 		 432 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  51.4 
 
 		 427 aa  413  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  43.58 
 
 		 436 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  40.1 
 
 		 454 aa  348  1e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  40.18 
 
 		 434 aa  346  5e-94  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  40.71 
 
 		 450 aa  342  5e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  40.71 
 
 		 450 aa  343  5e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  40.71 
 
 		 450 aa  343  5e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  40.71 
 
 		 450 aa  342  5e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  40.71 
 
 		 450 aa  342  7e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  40.47 
 
 		 450 aa  340  2e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  40.47 
 
 		 450 aa  340  2e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  40.47 
 
 		 450 aa  341  2e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  40.27 
 
 		 450 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  40.47 
 
 		 450 aa  340  4e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  40.47 
 
 		 450 aa  340  4e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  40.92 
 
 		 451 aa  339  5.9999999999999996e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.79 
 
 		 449 aa  335  9e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.73 
 
 		 438 aa  335  9e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  41.98 
 
 		 435 aa  334  2e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  39.95 
 
 		 449 aa  334  2e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  42.82 
 
 		 437 aa  333  2e-90  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.36 
 
 		 450 aa  327  2.0000000000000001e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  39.19 
 
 		 448 aa  324  2e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  39.19 
 
 		 448 aa  324  2e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  39.57 
 
 		 448 aa  323  3e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  40.36 
 
 		 440 aa  323  4e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.48 
 
 		 435 aa  322  8e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.41 
 
 		 471 aa  320  1.9999999999999998e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.94 
 
 		 439 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  36.19 
 
 		 441 aa  320  3e-86  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  41.77 
 
 		 439 aa  319  5e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.68 
 
 		 449 aa  319  7e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  36.81 
 
 		 431 aa  318  1e-85  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.95 
 
 		 425 aa  317  2e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.91 
 
 		 434 aa  315  9.999999999999999e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  37.67 
 
 		 458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.91 
 
 		 434 aa  314  1.9999999999999998e-84  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.37 
 
 		 495 aa  313  2.9999999999999996e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.43 
 
 		 438 aa  313  3.9999999999999997e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  37.32 
 
 		 438 aa  311  2e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  34.26 
 
 		 434 aa  308  9e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.44 
 
 		 442 aa  307  3e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  39.6 
 
 		 446 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.29 
 
 		 444 aa  302  6.000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.26 
 
 		 450 aa  301  1e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.05 
 
 		 441 aa  295  8e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.94 
 
 		 456 aa  290  3e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.71 
 
 		 430 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.8 
 
 		 451 aa  286  5e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.89 
 
 		 451 aa  286  5.999999999999999e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2350  RNA modification protein  40.42 
 
 		 450 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.787285  normal  0.113226 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.46 
 
 		 467 aa  284  2.0000000000000002e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.39 
 
 		 438 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.25 
 
 		 466 aa  283  6.000000000000001e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.96 
 
 		 417 aa  279  6e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  37.83 
 
 		 458 aa  279  8e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  34.48 
 
 		 446 aa  278  1e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.5 
 
 		 411 aa  278  1e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.32 
 
 		 420 aa  278  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  37.07 
 
 		 452 aa  278  2e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.3 
 
 		 429 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.48 
 
 		 453 aa  273  5.000000000000001e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  36.49 
 
 		 470 aa  271  1e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.01 
 
 		 434 aa  272  1e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  37.47 
 
 		 436 aa  271  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.62 
 
 		 434 aa  271  2e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.73 
 
 		 444 aa  267  2.9999999999999995e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.32 
 
 		 427 aa  266  4e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.31 
 
 		 420 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.23 
 
 		 444 aa  263  4e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  36.15 
 
 		 427 aa  261  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  36.15 
 
 		 427 aa  261  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.53 
 
 		 421 aa  261  1e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0795  RNA modification enzyme, MiaB family  37.87 
 
 		 423 aa  261  2e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.134555  normal  0.773593 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.19 
 
 		 421 aa  261  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.6 
 
 		 441 aa  260  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  34.57 
 
 		 427 aa  260  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.39 
 
 		 416 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  40.75 
 
 		 435 aa  259  6e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.14 
 
 		 422 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  39.11 
 
 		 462 aa  257  3e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.62 
 
 		 424 aa  257  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.38 
 
 		 420 aa  256  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1849  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.28 
 
 		 433 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.922054 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  35.59 
 
 		 458 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.35 
 
 		 408 aa  254  2.0000000000000002e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.73 
 
 		 435 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4070  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.3 
 
 		 424 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  36.15 
 
 		 416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.03 
 
 		 424 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.852601 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0412  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.91 
 
 		 437 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.908018  normal  0.498454 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  36.09 
 
 		 422 aa  250  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  31.99 
 
 		 412 aa  250  4e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>