More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1402 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  100 
 
 		 462 aa  913    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  61.8 
 
 		 458 aa  539  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  60.53 
 
 		 435 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  50.22 
 
 		 431 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2898  RNA modification enzyme, MiaB family  52.4 
 
 		 429 aa  410  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1401  RNA modification enzyme, MiaB family  45.99 
 
 		 506 aa  411  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  38.63 
 
 		 450 aa  262  1e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  39.04 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  39.04 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  39.04 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  39.04 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  39.04 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  39.04 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  39.04 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  39.04 
 
 		 450 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  39.04 
 
 		 450 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.85 
 
 		 429 aa  259  7e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  38.9 
 
 		 451 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  38.63 
 
 		 450 aa  257  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  37.44 
 
 		 448 aa  257  3e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  37.44 
 
 		 448 aa  257  3e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  36.17 
 
 		 448 aa  255  1.0000000000000001e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.54 
 
 		 442 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.24 
 
 		 420 aa  254  3e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  38.63 
 
 		 449 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.93 
 
 		 429 aa  253  7e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.28 
 
 		 427 aa  249  7e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.1 
 
 		 435 aa  247  3e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.34 
 
 		 495 aa  247  3e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.57 
 
 		 471 aa  244  3e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.88 
 
 		 430 aa  243  5e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0396  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.81 
 
 		 420 aa  243  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.342498  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.38 
 
 		 444 aa  241  2e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.93 
 
 		 431 aa  241  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.45 
 
 		 416 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.26 
 
 		 421 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.17 
 
 		 408 aa  240  4e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  40.35 
 
 		 425 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.1 
 
 		 425 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.58 
 
 		 432 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  33.42 
 
 		 431 aa  237  4e-61  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.32 
 
 		 456 aa  236  6e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.84 
 
 		 422 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  34.34 
 
 		 454 aa  235  2.0000000000000002e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  39.15 
 
 		 422 aa  234  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.98 
 
 		 444 aa  234  3e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.1 
 
 		 450 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  32.69 
 
 		 458 aa  233  4.0000000000000004e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.86 
 
 		 423 aa  233  5e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.42 
 
 		 449 aa  233  6e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.94 
 
 		 450 aa  232  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.65 
 
 		 425 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  32.13 
 
 		 441 aa  231  2e-59  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.33 
 
 		 425 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  33.6 
 
 		 434 aa  229  5e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.97 
 
 		 434 aa  229  7e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.82 
 
 		 438 aa  229  9e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.52 
 
 		 434 aa  228  1e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.52 
 
 		 434 aa  229  1e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  34.23 
 
 		 434 aa  228  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.19 
 
 		 441 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  32.14 
 
 		 438 aa  226  6e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  34.13 
 
 		 427 aa  226  9e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  32.66 
 
 		 411 aa  224  3e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.64 
 
 		 427 aa  224  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.72 
 
 		 421 aa  224  4e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.18 
 
 		 444 aa  224  4e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  36.19 
 
 		 435 aa  223  6e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4070  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.73 
 
 		 424 aa  223  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.87 
 
 		 424 aa  223  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.47 
 
 		 419 aa  222  9e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  36.48 
 
 		 439 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  36.1 
 
 		 440 aa  221  1.9999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.06 
 
 		 423 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  33.88 
 
 		 429 aa  221  1.9999999999999999e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.82 
 
 		 420 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.15 
 
 		 420 aa  221  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  35.4 
 
 		 427 aa  220  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.7 
 
 		 438 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  35.4 
 
 		 427 aa  220  3.9999999999999997e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  36.99 
 
 		 452 aa  220  3.9999999999999997e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2843  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.06 
 
 		 410 aa  220  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.66 
 
 		 443 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.37 
 
 		 424 aa  219  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.852601 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4197  hypothetical protein  37.15 
 
 		 424 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  35.07 
 
 		 440 aa  218  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.26 
 
 		 466 aa  217  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  33.01 
 
 		 446 aa  216  5e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0184  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.78 
 
 		 412 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.6 
 
 		 435 aa  216  5.9999999999999996e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  38.83 
 
 		 437 aa  216  7e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.8 
 
 		 438 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.79 
 
 		 467 aa  215  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.68 
 
 		 449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.58 
 
 		 434 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5336  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.98 
 
 		 408 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.41 
 
 		 451 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2948  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.29 
 
 		 410 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.736746  hitchhiker  0.001764 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.9 
 
 		 439 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.79 
 
 		 411 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>