More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1401 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1401  RNA modification enzyme, MiaB family  100 
 
 		 506 aa  1038    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  45.99 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  46.02 
 
 		 458 aa  388  1e-106  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  42.43 
 
 		 435 aa  345  2e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  40.43 
 
 		 431 aa  324  3e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2898  RNA modification enzyme, MiaB family  49.53 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  31.41 
 
 		 450 aa  226  8e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  31.28 
 
 		 450 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  31.28 
 
 		 450 aa  224  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  31.28 
 
 		 450 aa  224  4e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  31.28 
 
 		 450 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  30.95 
 
 		 450 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  30.95 
 
 		 450 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  30.94 
 
 		 450 aa  223  6e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  30.94 
 
 		 450 aa  223  6e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  30.94 
 
 		 450 aa  223  6e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  30.7 
 
 		 450 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.48 
 
 		 429 aa  221  3e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.99 
 
 		 471 aa  219  8.999999999999998e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  32.13 
 
 		 449 aa  219  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  31.62 
 
 		 451 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  32.68 
 
 		 448 aa  218  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  32.68 
 
 		 448 aa  218  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.74 
 
 		 438 aa  217  4e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  32.21 
 
 		 448 aa  216  9.999999999999999e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.4 
 
 		 495 aa  216  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.27 
 
 		 450 aa  215  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.11 
 
 		 467 aa  213  5.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.42 
 
 		 421 aa  212  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.3 
 
 		 429 aa  211  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.19 
 
 		 449 aa  209  8e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.81 
 
 		 420 aa  208  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  28.24 
 
 		 431 aa  209  1e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  31.57 
 
 		 439 aa  208  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  35.59 
 
 		 427 aa  206  7e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  35.59 
 
 		 427 aa  206  7e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.88 
 
 		 427 aa  206  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.47 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.73 
 
 		 442 aa  204  4e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.95 
 
 		 425 aa  203  5e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.33 
 
 		 431 aa  203  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.48 
 
 		 439 aa  202  9e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.93 
 
 		 434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.33 
 
 		 421 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.14 
 
 		 427 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  28.95 
 
 		 434 aa  201  3e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.12 
 
 		 456 aa  199  9e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  32.12 
 
 		 435 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  27.29 
 
 		 435 aa  197  3e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.55 
 
 		 429 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.41 
 
 		 449 aa  197  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.02 
 
 		 434 aa  196  8.000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  28.34 
 
 		 441 aa  196  1e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  29.03 
 
 		 434 aa  195  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  33.81 
 
 		 440 aa  195  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  34.35 
 
 		 436 aa  193  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.72 
 
 		 434 aa  192  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  28.47 
 
 		 458 aa  192  8e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.58 
 
 		 438 aa  192  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.59 
 
 		 419 aa  192  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.87 
 
 		 425 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.36 
 
 		 449 aa  191  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0396  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.86 
 
 		 420 aa  191  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.342498  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.44 
 
 		 441 aa  191  4e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  30.66 
 
 		 427 aa  191  4e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.8 
 
 		 416 aa  190  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  27.98 
 
 		 444 aa  189  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  26.24 
 
 		 466 aa  189  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.5 
 
 		 423 aa  188  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  28.77 
 
 		 438 aa  188  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.78 
 
 		 434 aa  188  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.78 
 
 		 434 aa  188  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.42 
 
 		 420 aa  187  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.16 
 
 		 451 aa  187  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3390  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.35 
 
 		 426 aa  187  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  33.41 
 
 		 425 aa  187  5e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.17 
 
 		 425 aa  187  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1645  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.44 
 
 		 410 aa  186  7e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.447021  hitchhiker  0.00298865 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.35 
 
 		 423 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2731  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.48 
 
 		 441 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.549128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  30.34 
 
 		 452 aa  184  3e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2721  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.07 
 
 		 410 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2948  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.91 
 
 		 410 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.736746  hitchhiker  0.001764 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2843  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34 
 
 		 410 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  41.63 
 
 		 437 aa  181  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.88 
 
 		 438 aa  181  2e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1849  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.35 
 
 		 433 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.922054 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  26.28 
 
 		 408 aa  180  4.999999999999999e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0373  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.5 
 
 		 434 aa  180  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215959  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.02 
 
 		 444 aa  179  7e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  29.02 
 
 		 436 aa  179  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.31 
 
 		 424 aa  179  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.852601 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  30.21 
 
 		 458 aa  179  1e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1495  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  27.12 
 
 		 451 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.421573  hitchhiker  0.000974888 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3655  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.34 
 
 		 423 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0378988  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.1 
 
 		 449 aa  177  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.21 
 
 		 442 aa  177  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.89 
 
 		 435 aa  177  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4197  hypothetical protein  32.36 
 
 		 424 aa  177  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>