More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1574 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 456 aa  936    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  43.02 
 
 		 450 aa  370  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  41.86 
 
 		 436 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  42.56 
 
 		 450 aa  363  3e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  42.56 
 
 		 450 aa  363  3e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  42.86 
 
 		 450 aa  363  4e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  42.86 
 
 		 450 aa  363  4e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  42.56 
 
 		 450 aa  362  8e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  42.56 
 
 		 450 aa  362  8e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  42.56 
 
 		 450 aa  362  8e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  42.56 
 
 		 451 aa  362  1e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  42.09 
 
 		 450 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  42.09 
 
 		 450 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  41.82 
 
 		 449 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  41.63 
 
 		 450 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.15 
 
 		 450 aa  357  2.9999999999999997e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.77 
 
 		 449 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.02 
 
 		 450 aa  353  5e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.57 
 
 		 471 aa  344  1e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  39 
 
 		 448 aa  341  1e-92  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  41.96 
 
 		 435 aa  341  2e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  41.69 
 
 		 434 aa  340  2e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.66 
 
 		 432 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  40 
 
 		 446 aa  336  5e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  39.09 
 
 		 448 aa  335  9e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  39.09 
 
 		 448 aa  335  9e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  38.41 
 
 		 454 aa  332  9e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.14 
 
 		 434 aa  326  7e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.14 
 
 		 434 aa  325  2e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  42.35 
 
 		 439 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  42.02 
 
 		 437 aa  317  3e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  40.4 
 
 		 431 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  36.9 
 
 		 434 aa  311  1e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.96 
 
 		 438 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.54 
 
 		 442 aa  309  6.999999999999999e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.94 
 
 		 429 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  37.2 
 
 		 441 aa  304  2.0000000000000002e-81  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.9 
 
 		 429 aa  302  9e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.24 
 
 		 430 aa  301  1e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.99 
 
 		 438 aa  301  1e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.69 
 
 		 435 aa  301  1e-80  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.08 
 
 		 431 aa  299  7e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.56 
 
 		 466 aa  299  8e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.37 
 
 		 439 aa  297  3e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.61 
 
 		 427 aa  296  4e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.35 
 
 		 444 aa  296  6e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.17 
 
 		 441 aa  293  4e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  38.7 
 
 		 446 aa  293  5e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  37.59 
 
 		 438 aa  291  2e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.5 
 
 		 417 aa  290  3e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.73 
 
 		 434 aa  288  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.08 
 
 		 449 aa  288  1e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.52 
 
 		 425 aa  288  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  39.72 
 
 		 440 aa  287  2.9999999999999996e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.28 
 
 		 442 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  35.51 
 
 		 458 aa  276  5e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.92 
 
 		 444 aa  275  8e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.45 
 
 		 451 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.37 
 
 		 409 aa  270  2.9999999999999997e-71  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.97 
 
 		 429 aa  267  2e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.19 
 
 		 495 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.03 
 
 		 438 aa  263  4e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  37.9 
 
 		 435 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.68 
 
 		 453 aa  259  9e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.54 
 
 		 444 aa  258  2e-67  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  34.1 
 
 		 451 aa  256  4e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  36.9 
 
 		 452 aa  255  1.0000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.04 
 
 		 416 aa  252  9.000000000000001e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.45 
 
 		 411 aa  250  4e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  34.98 
 
 		 436 aa  249  9e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  37.53 
 
 		 413 aa  248  2e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.48 
 
 		 451 aa  247  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2445  RNA modification enzyme, MiaB family  33.5 
 
 		 417 aa  246  4.9999999999999997e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.839572  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  36.42 
 
 		 458 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  36.86 
 
 		 416 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.25 
 
 		 434 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2350  RNA modification protein  38.95 
 
 		 450 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.787285  normal  0.113226 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.04 
 
 		 467 aa  244  3e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.52 
 
 		 434 aa  238  1e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.71 
 
 		 443 aa  239  1e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  35.84 
 
 		 462 aa  237  3e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  35.7 
 
 		 431 aa  236  6e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  34.67 
 
 		 470 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  33.8 
 
 		 458 aa  234  3e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0570  RNA modification enzyme, MiaB family  35.31 
 
 		 447 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  34.18 
 
 		 440 aa  232  8.000000000000001e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1889  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  35.64 
 
 		 456 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000213731  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.25 
 
 		 421 aa  231  2e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2123  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  34.85 
 
 		 451 aa  229  6e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000417118  normal  0.0490217 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.96 
 
 		 441 aa  226  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11680  RNA modification enzyme, MiaB family  33.58 
 
 		 450 aa  226  7e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0952269  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1495  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  33.41 
 
 		 451 aa  226  8e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.421573  hitchhiker  0.000974888 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.96 
 
 		 420 aa  226  9e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10340  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.26 
 
 		 409 aa  224  2e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0729922  unclonable  0.00000000167703 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.68 
 
 		 449 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1645  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.47 
 
 		 410 aa  224  2e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.447021  hitchhiker  0.00298865 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0783  RNA modification protein  31.08 
 
 		 480 aa  224  2e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1484  RNA modification enzyme, MiaB family  35.14 
 
 		 497 aa  223  4e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1349  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.87 
 
 		 447 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1156  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.87 
 
 		 447 aa  223  6e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.516492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>