More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0396 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  80.77 
 
 		 425 aa  684    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  76.56 
 
 		 419 aa  651    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  83.61 
 
 		 416 aa  704    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  76.92 
 
 		 421 aa  654    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  81.25 
 
 		 425 aa  690    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0396  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 420 aa  854    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.342498  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  81.25 
 
 		 425 aa  687    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3390  MiaB-like tRNA modifying enzyme  69.4 
 
 		 426 aa  544  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  65.38 
 
 		 427 aa  537  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  65.22 
 
 		 427 aa  534  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  65.38 
 
 		 427 aa  537  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  67.3 
 
 		 443 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  64.3 
 
 		 420 aa  526  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  63.27 
 
 		 422 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  63.75 
 
 		 444 aa  518  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  63.92 
 
 		 449 aa  520  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  65.31 
 
 		 423 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  62.89 
 
 		 420 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  64.59 
 
 		 423 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  56.97 
 
 		 427 aa  488  1e-137  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  65.3 
 
 		 422 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme  61.65 
 
 		 424 aa  476  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.852601 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.6 
 
 		 441 aa  476  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4070  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.73 
 
 		 424 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0373  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  62.77 
 
 		 434 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215959  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60 
 
 		 424 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2721  MiaB-like tRNA modifying enzyme  59.12 
 
 		 410 aa  442  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4197  hypothetical protein  57.52 
 
 		 424 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0412  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.88 
 
 		 437 aa  442  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.908018  normal  0.498454 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2948  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.54 
 
 		 410 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.736746  hitchhiker  0.001764 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.29 
 
 		 435 aa  438  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.05 
 
 		 411 aa  437  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2843  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.64 
 
 		 410 aa  432  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1849  MiaB-like tRNA modifying enzyme  57.42 
 
 		 433 aa  431  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.922054 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  55.61 
 
 		 420 aa  425  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5336  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.49 
 
 		 408 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0184  MiaB-like tRNA modifying enzyme  59.12 
 
 		 412 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.77 
 
 		 408 aa  392  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3655  MiaB-like tRNA modifying enzyme  56.14 
 
 		 423 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0378988  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2929  MiaB-like tRNA modifying enzyme  54.31 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.301495 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  42.58 
 
 		 412 aa  362  7.0000000000000005e-99  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  42.34 
 
 		 411 aa  356  5e-97  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1401  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.14 
 
 		 398 aa  341  2e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.14892  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  43.3 
 
 		 429 aa  332  7.000000000000001e-90  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2731  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.76 
 
 		 441 aa  299  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.549128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.57 
 
 		 432 aa  278  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.18 
 
 		 467 aa  265  8e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.53 
 
 		 449 aa  247  3e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  35.86 
 
 		 436 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.4 
 
 		 438 aa  246  4e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.9 
 
 		 438 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  39.19 
 
 		 437 aa  245  9.999999999999999e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  39.3 
 
 		 440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  36.73 
 
 		 435 aa  242  7e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.76 
 
 		 434 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.41 
 
 		 450 aa  237  3e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.84 
 
 		 429 aa  237  4e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  39.27 
 
 		 462 aa  236  6e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.88 
 
 		 471 aa  236  7e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.48 
 
 		 450 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.44 
 
 		 431 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.75 
 
 		 444 aa  234  3e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  35.64 
 
 		 434 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  35.9 
 
 		 451 aa  232  8.000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.1 
 
 		 429 aa  232  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.11 
 
 		 466 aa  231  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  35.51 
 
 		 450 aa  230  3e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.18 
 
 		 427 aa  231  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  38.15 
 
 		 435 aa  230  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.08 
 
 		 430 aa  229  6e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  33.02 
 
 		 454 aa  228  2e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  34.76 
 
 		 446 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  33.84 
 
 		 441 aa  226  6e-58  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  33.09 
 
 		 431 aa  226  7e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  34.14 
 
 		 450 aa  225  9e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  34.14 
 
 		 450 aa  225  9e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  34.14 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  34.14 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  34.14 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.8 
 
 		 434 aa  225  1e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  33.74 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  34.14 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  34.14 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  33.74 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  33.5 
 
 		 450 aa  224  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.08 
 
 		 495 aa  224  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  34.23 
 
 		 449 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  31.27 
 
 		 434 aa  224  3e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  37.38 
 
 		 458 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.41 
 
 		 434 aa  222  8e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  40.23 
 
 		 436 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.66 
 
 		 435 aa  221  1.9999999999999999e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.08 
 
 		 411 aa  221  1.9999999999999999e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.33 
 
 		 441 aa  221  3e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  33.98 
 
 		 448 aa  220  3.9999999999999997e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  33.98 
 
 		 448 aa  220  3.9999999999999997e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.82 
 
 		 417 aa  216  4e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.63 
 
 		 434 aa  217  4e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  33.87 
 
 		 439 aa  216  9e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.07 
 
 		 442 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>