More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2775 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  100 
 
 		 422 aa  845    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  77.91 
 
 		 422 aa  664    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  75.71 
 
 		 420 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  76.25 
 
 		 443 aa  640    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  86.02 
 
 		 423 aa  706    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  74.58 
 
 		 423 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0373  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  72.18 
 
 		 434 aa  588  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215959  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0396  MiaB-like tRNA modifying enzyme  65.3 
 
 		 420 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.342498  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3390  MiaB-like tRNA modifying enzyme  64.55 
 
 		 426 aa  518  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.71 
 
 		 427 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  60 
 
 		 427 aa  505  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  62.59 
 
 		 416 aa  507  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  60 
 
 		 427 aa  505  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.24 
 
 		 420 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  62.35 
 
 		 425 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.1 
 
 		 419 aa  500  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  61.39 
 
 		 425 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  62.35 
 
 		 425 aa  501  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  59.33 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.12 
 
 		 449 aa  481  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4197  hypothetical protein  58.71 
 
 		 424 aa  475  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  55.82 
 
 		 444 aa  475  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  57.42 
 
 		 424 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0412  MiaB-like tRNA modifying enzyme  59.62 
 
 		 437 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.908018  normal  0.498454 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4070  MiaB-like tRNA modifying enzyme  57.42 
 
 		 424 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.13 
 
 		 424 aa  464  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.852601 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  56.56 
 
 		 441 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  51.17 
 
 		 427 aa  463  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  55.16 
 
 		 420 aa  440  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2843  MiaB-like tRNA modifying enzyme  59.2 
 
 		 410 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2721  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.96 
 
 		 410 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2948  MiaB-like tRNA modifying enzyme  58.73 
 
 		 410 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.736746  hitchhiker  0.001764 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  56.26 
 
 		 411 aa  437  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  55.4 
 
 		 435 aa  434  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0184  MiaB-like tRNA modifying enzyme  59.43 
 
 		 412 aa  428  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5336  MiaB-like tRNA modifying enzyme  59.34 
 
 		 408 aa  424  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.24 
 
 		 408 aa  420  1e-116  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1849  MiaB-like tRNA modifying enzyme  55.31 
 
 		 433 aa  420  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.922054 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3655  MiaB-like tRNA modifying enzyme  56.84 
 
 		 423 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0378988  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  45.61 
 
 		 411 aa  387  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  45 
 
 		 412 aa  387  1e-106  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2929  MiaB-like tRNA modifying enzyme  53.22 
 
 		 419 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.301495 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  42.12 
 
 		 429 aa  348  7e-95  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1401  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.17 
 
 		 398 aa  346  4e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.14892  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2731  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.53 
 
 		 441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.549128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.05 
 
 		 432 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.35 
 
 		 467 aa  272  9e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.59 
 
 		 429 aa  258  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.81 
 
 		 438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.3 
 
 		 429 aa  253  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  35.9 
 
 		 437 aa  251  1e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.78 
 
 		 450 aa  243  6e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  37.11 
 
 		 449 aa  242  9e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.72 
 
 		 435 aa  241  1e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.35 
 
 		 425 aa  241  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.13 
 
 		 449 aa  238  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  32.04 
 
 		 431 aa  237  2e-61  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  37.08 
 
 		 462 aa  238  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.17 
 
 		 450 aa  237  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  37.12 
 
 		 452 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.97 
 
 		 495 aa  236  7e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.39 
 
 		 430 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.49 
 
 		 429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  35.54 
 
 		 440 aa  235  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.43 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  36.98 
 
 		 451 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  34.11 
 
 		 450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  34.11 
 
 		 450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.43 
 
 		 411 aa  233  4.0000000000000004e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  36.98 
 
 		 450 aa  233  5e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  36.98 
 
 		 450 aa  233  5e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.2 
 
 		 441 aa  233  5e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  36.98 
 
 		 450 aa  233  6e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  36.98 
 
 		 450 aa  233  6e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  36.98 
 
 		 450 aa  233  6e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  36.98 
 
 		 450 aa  233  6e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.78 
 
 		 438 aa  233  6e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  36.98 
 
 		 450 aa  233  6e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  36.98 
 
 		 450 aa  233  6e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  36.72 
 
 		 450 aa  231  2e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.57 
 
 		 444 aa  231  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.08 
 
 		 427 aa  231  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  31.38 
 
 		 458 aa  231  3e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  32.21 
 
 		 441 aa  230  4e-59  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  39.6 
 
 		 435 aa  229  9e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.13 
 
 		 471 aa  228  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  35.17 
 
 		 435 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.26 
 
 		 434 aa  228  2e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.82 
 
 		 444 aa  227  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  35.09 
 
 		 448 aa  226  6e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  29.8 
 
 		 434 aa  226  8e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.14 
 
 		 434 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  32.94 
 
 		 434 aa  224  2e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  33.49 
 
 		 448 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  33.49 
 
 		 448 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  33.57 
 
 		 436 aa  224  3e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  38.36 
 
 		 458 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.23 
 
 		 431 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.17 
 
 		 442 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  38.27 
 
 		 436 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>