More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0874 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 431 aa  862    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  74.59 
 
 		 434 aa  622  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  63.93 
 
 		 444 aa  543  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  61.15 
 
 		 429 aa  508  1e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.91 
 
 		 429 aa  501  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  57.72 
 
 		 427 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  51.55 
 
 		 442 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.51 
 
 		 432 aa  395  1e-109  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  47.51 
 
 		 437 aa  352  8e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  42.96 
 
 		 451 aa  345  8.999999999999999e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  44.88 
 
 		 436 aa  345  1e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.72 
 
 		 449 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  42.68 
 
 		 449 aa  343  5e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  41.34 
 
 		 434 aa  342  5.999999999999999e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.79 
 
 		 434 aa  340  2.9999999999999998e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.79 
 
 		 434 aa  340  4e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.69 
 
 		 435 aa  339  5e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  39.95 
 
 		 441 aa  339  5e-92  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  42.09 
 
 		 450 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  42.37 
 
 		 450 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.85 
 
 		 438 aa  338  9.999999999999999e-92  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  44.28 
 
 		 435 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  42.13 
 
 		 450 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  42.13 
 
 		 450 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  42.37 
 
 		 450 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  42.37 
 
 		 450 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  42.13 
 
 		 450 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  42.13 
 
 		 450 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  42.13 
 
 		 450 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  42.13 
 
 		 450 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  39.24 
 
 		 454 aa  336  5e-91  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  42.13 
 
 		 450 aa  336  5.999999999999999e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  39.25 
 
 		 458 aa  330  2e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.66 
 
 		 438 aa  330  3e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  40.54 
 
 		 448 aa  329  7e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.97 
 
 		 439 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  41.32 
 
 		 448 aa  326  4.0000000000000003e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  41.32 
 
 		 448 aa  326  4.0000000000000003e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  44.12 
 
 		 440 aa  325  8.000000000000001e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.41 
 
 		 444 aa  324  2e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  39.95 
 
 		 438 aa  322  9.999999999999999e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.82 
 
 		 471 aa  318  9e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.53 
 
 		 450 aa  318  1e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.63 
 
 		 441 aa  318  1e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  37.24 
 
 		 431 aa  318  2e-85  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  38.5 
 
 		 434 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.12 
 
 		 450 aa  313  4.999999999999999e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.67 
 
 		 442 aa  312  7.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.38 
 
 		 495 aa  311  1e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  42.51 
 
 		 439 aa  309  5e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.61 
 
 		 449 aa  309  5e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.93 
 
 		 425 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  38.39 
 
 		 446 aa  299  6e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.08 
 
 		 456 aa  299  7e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  40 
 
 		 446 aa  299  7e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.91 
 
 		 430 aa  299  7e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.89 
 
 		 451 aa  294  2e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  39.56 
 
 		 452 aa  293  5e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.87 
 
 		 466 aa  291  1e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  40.24 
 
 		 458 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  41.15 
 
 		 436 aa  281  2e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.58 
 
 		 451 aa  279  6e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.44 
 
 		 467 aa  277  3e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.05 
 
 		 434 aa  276  7e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.48 
 
 		 420 aa  273  6e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.32 
 
 		 434 aa  272  7e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.8 
 
 		 438 aa  270  4e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.12 
 
 		 419 aa  270  4e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.53 
 
 		 429 aa  270  5e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.77 
 
 		 444 aa  268  1e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  38.04 
 
 		 470 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.56 
 
 		 421 aa  266  4e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.69 
 
 		 449 aa  266  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.18 
 
 		 421 aa  266  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2350  RNA modification protein  42.93 
 
 		 450 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.787285  normal  0.113226 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36 
 
 		 417 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  35.94 
 
 		 413 aa  258  1e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  38.14 
 
 		 431 aa  258  1e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  35.13 
 
 		 416 aa  258  1e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  41.33 
 
 		 425 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.33 
 
 		 425 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.48 
 
 		 453 aa  257  3e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.32 
 
 		 444 aa  256  4e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.89 
 
 		 420 aa  256  6e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.11 
 
 		 441 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  39.02 
 
 		 427 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  39.02 
 
 		 427 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.96 
 
 		 416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.83 
 
 		 424 aa  254  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  35.12 
 
 		 440 aa  253  5.000000000000001e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.06 
 
 		 411 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.75 
 
 		 408 aa  252  9.000000000000001e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.05 
 
 		 427 aa  252  9.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4070  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.69 
 
 		 424 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.81 
 
 		 420 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.05 
 
 		 416 aa  252  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  36.86 
 
 		 427 aa  251  2e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.74 
 
 		 409 aa  250  3e-65  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.17 
 
 		 411 aa  250  3e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4197  hypothetical protein  38.65 
 
 		 424 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>