More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1804 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2128  nodulation ABC transporter NodI  97.5 
 
 		 320 aa  634    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1804  nodulation ABC transporter NodI  100 
 
 		 320 aa  650    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1974  nodulation ABC transporter NodI  89.1 
 
 		 321 aa  579  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.167166  normal  0.202305 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2457  nodulation ABC transporter NodI  76.3 
 
 		 303 aa  473  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0229805  normal  0.246765 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1634  nodulation ABC transporter NodI  73.79 
 
 		 304 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  0.764361 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1768  nodulation ABC transporter NodI  74.33 
 
 		 304 aa  454  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.733108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2295  nodulation ABC transporter NodI  75.65 
 
 		 325 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1641  nodulation ABC transporter NodI  69.87 
 
 		 373 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1218  nodulation ABC transporter NodI  71.06 
 
 		 306 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.513325  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0801  nodulation ABC transporter NodI  71.06 
 
 		 304 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.485655  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2008  nodulation ABC transporter NodI  71.06 
 
 		 351 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0360  nodulation ABC transporter NodI  71.06 
 
 		 351 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.146737  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1573  nodulation ABC transporter NodI  69.45 
 
 		 304 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1703  nodulation ABC transporter NodI  71.06 
 
 		 304 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1840  nodulation ABC transporter NodI  71.06 
 
 		 304 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1512  nodulation ABC transporter NodI  69.45 
 
 		 304 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0976577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2485  nodulation ABC transporter NodI  70.42 
 
 		 344 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.155598  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1855  nodulation ABC transporter NodI  70.74 
 
 		 304 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1116  nodulation ABC transporter NodI  69.45 
 
 		 304 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1492  nodulation ABC transporter NodI  69.45 
 
 		 326 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1596  nodulation ABC transporter NodI  69.45 
 
 		 304 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.993965  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2475  nodulation ABC transporter NodI  72.79 
 
 		 304 aa  434  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.907427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4734  nodulation ABC transporter NodI  69.18 
 
 		 320 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00531442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7720  nodulation ABC transporter NodI  65.25 
 
 		 304 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5039  nodulation factor exporter subunit NodI  63.55 
 
 		 345 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6187  nodulation factor exporter subunit NodI  62.5 
 
 		 355 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4919  nodulation factor exporter subunit NodI  62.26 
 
 		 342 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4029  nodulation ABC transporter NodI  62.87 
 
 		 304 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4160  ABC transporter related  62.01 
 
 		 314 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3829  nodulation ABC transporter NodI  61.39 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.889948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0633  ABC transporter related  57.41 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3558  ABC transporter related  58.06 
 
 		 307 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0440586  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3711  ABC transporter related  58.6 
 
 		 323 aa  352  7e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0277  ABC-2 type transporter ATPase  61.24 
 
 		 301 aa  351  8e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.449682  normal  0.943388 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4964  ABC transporter related  57.1 
 
 		 327 aa  351  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.763895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3573  ABC transporter related  56.01 
 
 		 313 aa  350  2e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1144  ABC transporter related  57.88 
 
 		 312 aa  348  8e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4259  ABC transporter-related protein  57.5 
 
 		 315 aa  346  3e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.493495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1937  ABC transporter related  56.41 
 
 		 322 aa  337  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2121  ABC transporter related protein  53.07 
 
 		 315 aa  330  2e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0240  ABC transporter related  56.27 
 
 		 311 aa  326  4.0000000000000003e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0491819  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1092  ABC transporter related  56.77 
 
 		 310 aa  311  6.999999999999999e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.291374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3306  ABC transporter related  51.31 
 
 		 302 aa  304  2.0000000000000002e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1484  nodulation ABC transporter NodI  51.95 
 
 		 309 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.374303  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0690  ABC transporter related protein  50.97 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0475794 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2837  ABC transporter related  51.45 
 
 		 309 aa  292  4e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.140237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3236  ABC transporter, ATP-binding protein, NodI family  51.45 
 
 		 309 aa  292  4e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1173  ABC transporter related  47.25 
 
 		 306 aa  276  2e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1117  ABC transporter related  48.7 
 
 		 326 aa  275  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222979  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1766  ABC transporter-like protein  47.47 
 
 		 311 aa  270  2e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1800  ABC transporter related protein  47.13 
 
 		 312 aa  270  2.9999999999999997e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2518  ABC transporter related  45.19 
 
 		 310 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0818783  normal  0.231845 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0659  ABC transporter-related protein  46.03 
 
 		 293 aa  267  2e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.696372  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1717  ABC transporter, ATPase subunit  42.35 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04710  ATP-binding ABC transporter family nodulation protein NodI  47.45 
 
 		 328 aa  266  5e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.427122  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3800  ABC transporter related  46.2 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0317923 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1191  ABC transporter related  47.08 
 
 		 339 aa  263  4e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000151275 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1864  ABC transporter related  45.02 
 
 		 303 aa  263  4e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.319064 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3423  ABC transporter related  46.33 
 
 		 310 aa  262  6.999999999999999e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00331391  normal  0.124939 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0744  ABC transporter related  46.23 
 
 		 332 aa  258  8e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0297534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1117  ABC transporter related  47.45 
 
 		 317 aa  257  2e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1802  ABC transporter related  45.59 
 
 		 340 aa  256  5e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.398486 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0874  ABC transporter related  44.48 
 
 		 312 aa  255  7e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.468306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25200  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  45.13 
 
 		 317 aa  249  3e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4128  ABC transporter related protein  45.63 
 
 		 313 aa  245  6.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.927584  hitchhiker  0.00834769 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3796  ABC transporter related  44.04 
 
 		 323 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0667  ABC transporter related  41.35 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.201988 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0987  ABC transporter related  40.45 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.174355 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4231  ABC transporter related  41.37 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4649  ABC transporter related protein  40.79 
 
 		 300 aa  219  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14569  normal  0.426386 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29680  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  40.82 
 
 		 312 aa  218  8.999999999999998e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.619183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0389  daunorubicin resistance ABC transporter, ATPase subunit  37.54 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.316024  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3064  ABC transporter, ATPase subunit  42.17 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.745541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0215  ABC transporter-related protein  38.71 
 
 		 310 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.314538  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1549  ABC transporter related  40.95 
 
 		 319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.819341  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0389  ABC transporter related  39.41 
 
 		 305 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0783  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  36.6 
 
 		 324 aa  212  7e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0410  nodulation ATP-binding protein I  40.72 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0095  ABC transporter related  40 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000602484  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1529  daunorubicin resistance ABC transporter ATP-binding subunit  37.62 
 
 		 328 aa  210  2e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.113333 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4701  ABC transporter related protein  40.25 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483925  normal  0.440975 
 
 
-
 
NC_002936  DET0520  daunorubicin resistance ABC transporter, ATP-binding protein, putative  37.79 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0170038  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2562  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  37.94 
 
 		 328 aa  210  3e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.518295 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1257  ABC transporter related  37.62 
 
 		 330 aa  210  3e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1167  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  36.27 
 
 		 324 aa  208  8e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0040  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  43.31 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1460  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  39.23 
 
 		 329 aa  207  1e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0461  ABC-type multidrug transport system ATPase component  39.22 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_353  ABC-2 type transport system, ATP-binding protein  39.41 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.761814  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0557  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  43.46 
 
 		 279 aa  206  5e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4202  ABC transporter related  36.36 
 
 		 335 aa  205  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.933672  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0427  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  40.78 
 
 		 322 aa  205  1e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1776  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  39.43 
 
 		 319 aa  205  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.179608 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0553  ABC transporter related  39.67 
 
 		 279 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1661  ABC transporter ATP-binding protein  34.73 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1639  multidrug ABC transporter, ATP-binding protein  34.73 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000283257  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1608  multidrug ABC transporter, ATP-binding protein  34.73 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1207  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  41.06 
 
 		 279 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1915  ABC transporter, ATP-binding protein  34.41 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0496  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  37.66 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.516721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>