More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3407 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3407  dihydrodipicolinate synthase  100 
 
 		 307 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0658  dihydrodipicolinate synthase  55.96 
 
 		 315 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6344  dihydrodipicolinate synthase (DHDPS)  52.9 
 
 		 309 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  0.0384677 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2147  dihydrodipicolinate synthase  52.36 
 
 		 294 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0181413 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  39.65 
 
 		 294 aa  218  7.999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  42.81 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3086  dihydrodipicolinate synthase  42.47 
 
 		 326 aa  212  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.167482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0103  dihydrodipicolinate synthase  40.79 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.278132 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  42.28 
 
 		 300 aa  208  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1098  dihydrodipicolinate synthase  43.31 
 
 		 296 aa  208  7e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.429598  normal  0.674716 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1906  dihydrodipicolinate synthase  40.94 
 
 		 300 aa  208  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1678  dihydrodipicolinate synthase  41.3 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3137  dihydrodipicolinate synthase  41.3 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2180  dihydrodipicolinate synthase  41.3 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632855  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1453  dihydrodipicolinate synthase  41.3 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.242804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2619  dihydrodipicolinate synthase  41.3 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2699  dihydrodipicolinate synthase  41.3 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2565  dihydrodipicolinate synthase  41.3 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2005  dihydrodipicolinate synthase  41.67 
 
 		 301 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.672271  hitchhiker  0.000000182643 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  40.79 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5401  dihydrodipicolinate synthase  41.67 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0312051  normal  0.474311 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1104  dihydrodipicolinate synthase  40.48 
 
 		 319 aa  205  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2132  dihydrodipicolinate synthase  41.67 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.769991  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2862  dihydrodipicolinate synthase  42.86 
 
 		 291 aa  205  9e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.338154  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1179  dihydrodipicolinate synthase  40.73 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302619 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1200  dihydrodipicolinate synthase  39.72 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  42.07 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2113  dihydrodipicolinate synthase  40.58 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  hitchhiker  0.00390104 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5982  dihydrodipicolinate synthase  40.58 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.700449  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2095  dihydrodipicolinate synthase  40.58 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0622  dihydrodipicolinate synthase  38.36 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.260695  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5061  dihydrodipicolinate synthase  42.07 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1427  dihydrodipicolinate synthase  41.54 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.544407 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3829  dihydrodipicolinate synthase  39.22 
 
 		 299 aa  199  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.277082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0987  dihydrodipicolinate synthase  39.13 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.13213 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1145  dihydrodipicolinate synthase  38.64 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0950083  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1083  dihydrodipicolinate synthase  38.77 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0824572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1585  dihydrodipicolinate synthase  39.86 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.758368 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0846  dihydrodipicolinate synthase  40.07 
 
 		 292 aa  197  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144357 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3007  dihydrodipicolinate synthase  41.81 
 
 		 292 aa  197  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0527103  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1196  dihydrodipicolinate synthase  39.01 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  40.22 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3515  dihydrodipicolinate synthase  40.22 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2548  dihydrodipicolinate synthase  40.58 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00128586  normal  0.0288047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3191  dihydrodipicolinate synthase  40.22 
 
 		 296 aa  195  9e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1583  dihydrodipicolinate synthase  40.49 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.122353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1865  dihydrodipicolinate synthase  39.24 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  40.96 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2640  dihydrodipicolinate synthase  39.46 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2816  dihydrodipicolinate synthase  40.79 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.303791  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2143  dihydrodipicolinate synthase  39.79 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168982  normal  0.25781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5089  dihydrodipicolinate synthase  38.26 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00525746 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1337  dihydrodipicolinate synthase  37.33 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.642823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  38.27 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2622  dihydrodipicolinate synthase  38.93 
 
 		 291 aa  192  8e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1191  dihydrodipicolinate synthase  38.41 
 
 		 292 aa  192  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1198  dihydrodipicolinate synthase  38.41 
 
 		 292 aa  192  9e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02370  dihydrodipicolinate synthase  38.41 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2850  dihydrodipicolinate synthase  38.41 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  39.25 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2610  dihydrodipicolinate synthase  38.41 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3700  dihydrodipicolinate synthase  38.41 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02332  hypothetical protein  38.41 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2760  dihydrodipicolinate synthase  38.41 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2625  dihydrodipicolinate synthase  38.41 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1738  dihydrodipicolinate synthase  37.82 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1734  dihydrodipicolinate synthase  37.86 
 
 		 296 aa  190  2e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2097  dihydrodipicolinate synthase  37.88 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.143233  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1068  dihydrodipicolinate synthase  39.49 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.740256 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  39.79 
 
 		 290 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2478  dihydrodipicolinate synthase  37.89 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.376432  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2984  dihydrodipicolinate synthase  39.19 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2563  dihydrodipicolinate synthase  39.13 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.122823  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0671  dihydrodipicolinate synthase  41.3 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.108128  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  39.15 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3170  dihydrodipicolinate synthase  37.63 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0819147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  38.79 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0593  dihydrodipicolinate synthase  36.84 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147808 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2542  dihydrodipicolinate synthase  39.44 
 
 		 290 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0922563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1149  dihydrodipicolinate synthase  36.1 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0882  dihydrodipicolinate synthase  39.44 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  39.15 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0536  dihydrodipicolinate synthase  39.85 
 
 		 297 aa  189  7e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.651244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1139  dihydrodipicolinate synthase  38.77 
 
 		 292 aa  188  8e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3509  dihydrodipicolinate synthase  39.42 
 
 		 293 aa  188  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3432  dihydrodipicolinate synthase  41.16 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  39.85 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0358  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 290 aa  188  1e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.672086  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3179  dihydrodipicolinate synthase  39.13 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0330313  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03187  dihydrodipicolinate synthase  37.5 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0257  dihydrodipicolinate synthase  35.42 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.457936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1010  dihydrodipicolinate synthase  36.93 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0924  dihydrodipicolinate synthase  36.93 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1072  dihydrodipicolinate synthase  38.1 
 
 		 292 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  35.97 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1613  dihydrodipicolinate synthase  36.93 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.390661 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1306  dihydrodipicolinate synthase  36.59 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.11769  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  37.28 
 
 		 291 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2974  dihydrodipicolinate synthase  37.68 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.484069 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0583  dihydrodipicolinate synthase  41.83 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>