More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3374 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3374  Chromosomal replication initiator DnaA domain  100 
 
 		 165 aa  326  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  42.31 
 
 		 482 aa  99  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  54.55 
 
 		 477 aa  96.7  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  45.37 
 
 		 475 aa  94.7  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  46.81 
 
 		 479 aa  95.1  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  43.52 
 
 		 510 aa  94.4  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  45.37 
 
 		 475 aa  94.4  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  44.44 
 
 		 473 aa  94  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  40.32 
 
 		 506 aa  94  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  47.83 
 
 		 472 aa  94  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  43.52 
 
 		 472 aa  94  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  43.52 
 
 		 472 aa  94  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 520 aa  93.2  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.0000273847  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  44.57 
 
 		 481 aa  92.8  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  0.0000132312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  46.15 
 
 		 475 aa  92.8  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  42.52 
 
 		 487 aa  92.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  45.26 
 
 		 460 aa  92  3e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  48.86 
 
 		 496 aa  92  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  48.86 
 
 		 496 aa  92  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0000869739  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  45.65 
 
 		 516 aa  91.7  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  45.65 
 
 		 516 aa  91.7  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  34.1 
 
 		 452 aa  91.3  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  34.1 
 
 		 452 aa  91.3  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  44.57 
 
 		 524 aa  90.9  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  49.38 
 
 		 506 aa  89.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  0.0000000143408 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  48.35 
 
 		 524 aa  89  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0001  chromosomal replication initiation protein  48.31 
 
 		 500 aa  89  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  47.73 
 
 		 460 aa  89  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0001  chromosomal replication initiation protein  39.81 
 
 		 454 aa  89  3e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3442  chromosomal replication initiation protein  42.27 
 
 		 522 aa  88.6  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807856  normal  0.719643 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0001  chromosomal replication initiation protein  40.91 
 
 		 579 aa  88.6  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  43.18 
 
 		 452 aa  87.8  5e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0001  chromosomal replication initiation protein  42.27 
 
 		 529 aa  88.2  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0001  chromosomal replication initiation protein  42.27 
 
 		 529 aa  88.2  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0001  chromosomal replication initiation protein  42.27 
 
 		 584 aa  87.8  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293288  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  45.56 
 
 		 494 aa  87.4  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  45.65 
 
 		 524 aa  87.8  7e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000504678  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  43.18 
 
 		 464 aa  87.4  8e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  35.87 
 
 		 457 aa  87  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  35.87 
 
 		 457 aa  87  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0001  chromosomal replication initiation protein  40.66 
 
 		 453 aa  87  1e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.817172  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.68 
 
 		 477 aa  87  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  45.56 
 
 		 501 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  45.56 
 
 		 501 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  45.56 
 
 		 501 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  49.41 
 
 		 455 aa  86.3  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  44.44 
 
 		 498 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0001  chromosomal replication initiation protein  51.32 
 
 		 464 aa  86.3  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.789649 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  46.59 
 
 		 499 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  49.41 
 
 		 461 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  46.59 
 
 		 454 aa  86.3  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000331762  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 		 459 aa  85.9  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  49.41 
 
 		 455 aa  86.3  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  43.53 
 
 		 443 aa  85.5  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  51.32 
 
 		 473 aa  85.9  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4144  chromosomal replication initiation protein  51.32 
 
 		 473 aa  85.5  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  47.13 
 
 		 476 aa  85.5  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.18 
 
 		 442 aa  84.7  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 		 483 aa  84.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  46.15 
 
 		 478 aa  84.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.43 
 
 		 443 aa  84.7  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 		 468 aa  84.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0688864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  37.5 
 
 		 453 aa  84.3  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 		 475 aa  84.7  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.738182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  42.7 
 
 		 448 aa  84.7  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  37.5 
 
 		 453 aa  84.3  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2553  chromosomal replication initiation protein  41.24 
 
 		 561 aa  84.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4117  chromosomal replication initiation protein  50.67 
 
 		 465 aa  84.3  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931933  normal  0.0270955 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 		 470 aa  84.3  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000852444  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0001  chromosomal replication initiation protein  41.24 
 
 		 518 aa  84  8e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  41.24 
 
 		 533 aa  84  8e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2237  chromosomal replication initiation protein  41.24 
 
 		 533 aa  84  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0103  chromosomal replication initiation protein  41.24 
 
 		 533 aa  84  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0001  chromosomal replication initiation protein  41.24 
 
 		 533 aa  84  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.82 
 
 		 455 aa  84  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.86 
 
 		 444 aa  84  9e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0001  chromosomal replication initiation protein  41.57 
 
 		 510 aa  83.2  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000451615 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  42.11 
 
 		 475 aa  83.6  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  37.62 
 
 		 450 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.45 
 
 		 475 aa  83.6  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.45 
 
 		 474 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0537995  normal  0.168321 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  45.05 
 
 		 494 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  47.19 
 
 		 495 aa  83.2  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 462 aa  82  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  36.43 
 
 		 460 aa  82  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 462 aa  82  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  36.43 
 
 		 462 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  35.66 
 
 		 468 aa  82  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  36.43 
 
 		 460 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 472 aa  82.4  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 468 aa  82.4  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  36.43 
 
 		 460 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  36.43 
 
 		 462 aa  82  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.73 
 
 		 467 aa  81.6  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 450 aa  82  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 463 aa  81.6  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 		 449 aa  82  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 467 aa  81.6  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  42.73 
 
 		 467 aa  81.6  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  36.43 
 
 		 462 aa  82  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>