33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5116 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5116  fimbrial protein  100 
 
 		 339 aa  677    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0391315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1697  fimbrial protein  54.03 
 
 		 345 aa  322  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308958  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3723  fimbrial protein  57.79 
 
 		 364 aa  315  8e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4958  fimbrial protein  38.33 
 
 		 363 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00524555  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  29.63 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2875  fimbrial protein  29.15 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6926  Fimbrial protein  27.42 
 
 		 340 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.289443  normal  0.816903 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  27.6 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2227  fimbrial protein, putative  26.58 
 
 		 370 aa  57  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0719141  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  30.77 
 
 		 331 aa  53.5  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5763  fimbrial protein  27.92 
 
 		 396 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317961 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1816  fimbrial protein-like protein  28.41 
 
 		 338 aa  50.1  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0146115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2969  putative fimbrial protein  26.8 
 
 		 338 aa  50.1  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0060  fimbrial adhesin precursor  29 
 
 		 354 aa  50.1  0.00006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.485498  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1072  fimbrial protein  23.94 
 
 		 305 aa  49.3  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1454  fimbrial protein  26.24 
 
 		 360 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118343 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1602  major fimbrial subunit protein  31.13 
 
 		 187 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.543363  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0153  major fimbrial subunit protein  31.13 
 
 		 190 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0129  major fimbrial subunit protein  31.13 
 
 		 190 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2036  fimbrial protein  25.07 
 
 		 371 aa  47  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0118  major fimbrial subunit protein  29.14 
 
 		 181 aa  46.2  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2090  fimbrial protein  33.33 
 
 		 176 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2033  fimbrial protein  33.33 
 
 		 176 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.833658  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  33.83 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2233  fimbrial subunit  33.33 
 
 		 176 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0918187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  29.7 
 
 		 193 aa  45.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6670  fimbrial protein  31.47 
 
 		 181 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.12656 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  33.08 
 
 		 323 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0050  fimbrial protein  27.41 
 
 		 354 aa  44.3  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  32.5 
 
 		 176 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  24.84 
 
 		 336 aa  42.7  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  32.33 
 
 		 323 aa  42.7  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0589  type-1 fimbrial protein, A chain  27.66 
 
 		 185 aa  42.4  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.108306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>