35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3987 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3987  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  100 
 
 		 358 aa  733    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0214  ABC transporter periplasmic-binding protein  29.7 
 
 		 337 aa  75.9  0.000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1958  ABC transporter periplasmic-binding protein  30.05 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0213047  hitchhiker  1.86869e-16 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1089  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.71 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.167186  normal  0.0159055 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2140  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.23 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  24.73 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  28.64 
 
 		 342 aa  61.6  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 363 aa  60.1  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24.25 
 
 		 346 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  27.17 
 
 		 346 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  25.89 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.86 
 
 		 383 aa  57  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 		 340 aa  55.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  22.06 
 
 		 344 aa  54.3  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1945  iron ABC transporter, iron-binding protein  24.81 
 
 		 345 aa  52.4  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  22.17 
 
 		 348 aa  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 362 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  23.44 
 
 		 355 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3495  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 375 aa  51.2  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0500866  normal  0.246878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.79 
 
 		 349 aa  49.7  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  20.47 
 
 		 347 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2139  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 347 aa  48.9  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 345 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  25.11 
 
 		 348 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 347 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 347 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  23.04 
 
 		 364 aa  47  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.59 
 
 		 364 aa  46.2  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 354 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000661  putative periplasmic solute-binding protein  36.59 
 
 		 355 aa  45.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.64 
 
 		 375 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 		 365 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  21.53 
 
 		 343 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  22.41 
 
 		 407 aa  43.5  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 347 aa  42.7  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>