80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2207 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2207  hypothetical protein  100 
 
 		 221 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2615  glutaredoxin  60.53 
 
 		 229 aa  235  5.0000000000000005e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.930199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2856  glutaredoxin  60.91 
 
 		 221 aa  229  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.667379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1924  glutaredoxin  53.54 
 
 		 211 aa  198  6e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2457  glutaredoxin  60 
 
 		 213 aa  190  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.393373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2130  glutaredoxin  56.77 
 
 		 218 aa  189  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0740536 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1652  glutaredoxin  57.29 
 
 		 218 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2157  glutaredoxin  57.24 
 
 		 213 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3985  glutaredoxin  53.16 
 
 		 266 aa  167  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28691  normal  0.032093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1650  hypothetical protein  41.94 
 
 		 211 aa  152  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.734617 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2133  hypothetical protein  45.83 
 
 		 205 aa  150  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3647  hypothetical protein  37.09 
 
 		 162 aa  96.7  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2434  hypothetical protein  30.72 
 
 		 179 aa  81.3  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.332001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0368  glutaredoxin 3  35.94 
 
 		 85 aa  52.8  0.000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0505  glutaredoxin-like protein, YruB-family  31.71 
 
 		 175 aa  51.6  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3300  glutaredoxin 3  39.39 
 
 		 85 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2812  glutaredoxin family protein  30.23 
 
 		 133 aa  48.1  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0889237  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3277  glutaredoxin 3  34.33 
 
 		 85 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2583  glutaredoxin  39.13 
 
 		 84 aa  47.4  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3601  glutaredoxin 3  34.33 
 
 		 85 aa  47  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3089  glutaredoxin 3  35.82 
 
 		 84 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.393298  normal  0.343511 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1508  glutaredoxin  31.82 
 
 		 76 aa  47.4  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.00000000114631  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1737  glutaredoxin 3  31.82 
 
 		 85 aa  46.6  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3475  glutaredoxin 3  32.84 
 
 		 85 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0537  glutaredoxin-family domain protein  36.76 
 
 		 247 aa  46.2  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000000148652  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0367  AhpC/TSA family/glutaredoxin domain protein  36.76 
 
 		 247 aa  46.2  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000740319  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2064  glutaredoxin  34.78 
 
 		 78 aa  45.1  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3947  glutaredoxin 3  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.824691 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5216  glutaredoxin 3  32.84 
 
 		 85 aa  44.7  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.112627  normal  0.0289282 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4038  glutaredoxin 3  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0098  glutaredoxin 3  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4983  glutaredoxin 3  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4114  glutaredoxin 3  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3822  glutaredoxin 3  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03419  hypothetical protein  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03468  glutaredoxin 3  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1508  glutaredoxin-like protein protein, YruB  33.33 
 
 		 81 aa  44.3  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00379246  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04215  glutaredoxin Grx1, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06100)  28.95 
 
 		 102 aa  44.3  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2323  glutaredoxin GrxC  36.36 
 
 		 87 aa  44.7  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0095  glutaredoxin 3  36.36 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2959  glutaredoxin-like protein, YruB  33.78 
 
 		 168 aa  45.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2958  glutaredoxin  37.31 
 
 		 84 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0186705 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0084  glutaredoxin  28.75 
 
 		 384 aa  43.9  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.833578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03279  putative peroxiredoxin/glutaredoxin family protein  32.84 
 
 		 246 aa  43.9  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1609  glutaredoxin-like protein, YruB  35.14 
 
 		 80 aa  43.9  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.645814  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1194  glutaredoxin  33.33 
 
 		 85 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1082  glutaredoxin  26.67 
 
 		 116 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.976199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2855  glutaredoxin 3  33.33 
 
 		 85 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.995757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3507  glutaredoxin-3  32.84 
 
 		 85 aa  43.5  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0126  glutaredoxin-family domain protein  30.3 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.803703  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4776  glutaredoxin family protein  32.88 
 
 		 243 aa  44.3  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2899  glutaredoxin-like protein, YruB-family  30.38 
 
 		 81 aa  43.9  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0854  YruB family glutaredoxin-like protein  29.11 
 
 		 80 aa  43.9  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00289984  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1703  glutaredoxin 3  30.43 
 
 		 85 aa  43.1  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1876  putative glutaredoxin 3  35.38 
 
 		 90 aa  43.1  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636189  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2632  glutaredoxin 3  33.33 
 
 		 85 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0464  glutaredoxin  30.43 
 
 		 85 aa  43.1  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0325  glutaredoxin 3  28.79 
 
 		 87 aa  43.1  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1790  glutaredoxin 3  34.29 
 
 		 89 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0296  glutaredoxin GrxC  28.79 
 
 		 86 aa  43.5  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0422  hypothetical protein  30.34 
 
 		 113 aa  42.7  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5356  glutaredoxin 3  32.31 
 
 		 92 aa  42.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460524  normal  0.957848 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0125  glutaredoxin 3  33.33 
 
 		 82 aa  42.4  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4817  glutaredoxin 3  33.85 
 
 		 82 aa  42.4  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.378605  hitchhiker  0.000174257 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3678  hypothetical protein  25.35 
 
 		 127 aa  42.4  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3284  glutaredoxin  33.85 
 
 		 88 aa  42.4  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0044  glutaredoxin 3  31.34 
 
 		 89 aa  42.4  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31587  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2777  glutaredoxin 3  31.43 
 
 		 102 aa  42  0.006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2714  glutaredoxin 3  35.82 
 
 		 84 aa  42.4  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3310  glutaredoxin 3  30.88 
 
 		 95 aa  42.4  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.320297  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2903  glutaredoxin GrxC  31.34 
 
 		 85 aa  42  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.844851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01991  glutaredoxin  34.33 
 
 		 84 aa  42  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4088  glutaredoxin 3  34.78 
 
 		 83 aa  42  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3920  glutaredoxin 3  34.78 
 
 		 83 aa  42  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3982  glutaredoxin 3  34.78 
 
 		 83 aa  42  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.592495  normal  0.830419 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0716  glutaredoxin 3  32.31 
 
 		 83 aa  42  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4027  glutaredoxin 3  34.78 
 
 		 83 aa  42  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01971  glutaredoxin  32.84 
 
 		 84 aa  42  0.008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.256062  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2749  YruB family glutaredoxin-like protein  31.25 
 
 		 77 aa  41.6  0.009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2435  YruB family glutaredoxin-like protein  31.25 
 
 		 77 aa  41.6  0.009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>