More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3852 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3852  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  658    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.62358  normal  0.635405 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3562  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.843148  normal  0.300874 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1355  regulatory protein GntR, HTH  34.8 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0898  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.329812  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1480  transcriptional regulator, GntR family  25.63 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.321595  normal  0.897854 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2352  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 		 121 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2455  transcriptional regulator, GntR family  42.71 
 
 		 128 aa  71.6  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1106  transcriptional regulator, GntR family  34.95 
 
 		 125 aa  71.2  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.866665  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15470  regulatory protein GntR HTH  23.55 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230103  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0631  transcriptional regulator, GntR family  32.71 
 
 		 121 aa  67.4  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0996  transcriptional regulator, GntR family  37.23 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.467589 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0646  transcriptional regulator, GntR family  31.62 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1175  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 124 aa  64.3  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0796897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1368  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 119 aa  64.3  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1077  regulatory protein GntR HTH  26.55 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0653  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 128 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.90305  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2775  regulatory protein GntR HTH  29.57 
 
 		 139 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.233655  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3399  transcriptional regulator, GntR family  41.18 
 
 		 117 aa  60.5  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0501245  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6591  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 130 aa  60.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.30942  normal  0.691161 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02090  predicted transcriptional regulator  53.85 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1229  transcriptional regulator, GntR family  28.43 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1472  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1271  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0107  transcriptional regulator, GntR family  33.03 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1243  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.151316  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1245  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0018  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 467 aa  59.3  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1373  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1445  transcriptional regulator, GntR family  26.85 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000575051 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1514  transcriptional regulator, GntR family  26.85 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1267  GntR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1386  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 471 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4061  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 121 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3936  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 126 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.105249 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3017  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 129 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.11827  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4136  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 133 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1407  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 126 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.378384  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4290  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 133 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.518736  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 139 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3987  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 139 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.142638  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3833  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 139 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4098  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 139 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57441e-29 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4298  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 139 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4553  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  43.55 
 
 		 253 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3907  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 139 aa  58.5  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1388  transcriptional regulator, GntR family  37 
 
 		 117 aa  58.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14957 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03060  predicted transcriptional regulator  32.69 
 
 		 126 aa  57.4  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3836  GntR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 474 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1871  transcriptional regulator, GntR family  30.93 
 
 		 126 aa  57.8  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0144797 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0366  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 128 aa  57.8  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0389778  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1647  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 467 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.420905 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4186  transcriptional regulator, GntR family  31.18 
 
 		 139 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0817984  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  31.18 
 
 		 139 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0548  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 123 aa  57.4  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3072  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 455 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.536959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2305  transcriptional regulator, GntR family  30.91 
 
 		 126 aa  57.4  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000453949  hitchhiker  0.000942984 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3158  regulatory protein GntR, HTH  25.33 
 
 		 310 aa  57  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.0629267 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  42.31 
 
 		 268 aa  57  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4209  transcriptional regulator, GntR family  31.18 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000240895  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0124  transcriptional regulator, GntR family  38.3 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00905495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2173  GntR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 467 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0314579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2244  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 130 aa  56.6  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0288  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 468 aa  56.6  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634833  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1007  GntR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3223  regulatory protein GntR HTH  35.11 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11176  transcriptional regulator  41.86 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2227  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.426681  hitchhiker  0.00687189 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2943  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  44.26 
 
 		 469 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2645  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 125 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2647  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 115 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0423424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24450  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 		 117 aa  55.8  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.498075 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0160  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 121 aa  55.5  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000659048  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0162  regulatory protein GntR, HTH  31.82 
 
 		 121 aa  55.5  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000379114  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0983  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 131 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.589571  hitchhiker  0.00477023 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1406  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 124 aa  55.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.024195  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2387  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 133 aa  54.7  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.136165 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2135  regulatory protein GntR, HTH  35.54 
 
 		 121 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696599  normal  0.323151 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1332  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 127 aa  54.7  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1278  GntR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 126 aa  54.7  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0107112  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1108  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 122 aa  55.1  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0952489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2152  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 465 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0960  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 120 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0907  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  42.42 
 
 		 467 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0118  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 129 aa  54.3  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000000889333  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4063  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3895  putative transcriptional regulator  41.27 
 
 		 249 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.221719  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1243  transcriptional regulator, GntR family  45.16 
 
 		 137 aa  54.3  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.157686  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1433  GntR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 470 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139667  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 271 aa  54.3  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6395  GntR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 470 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6454  transcriptional regulator  42.62 
 
 		 470 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645482 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  38.81 
 
 		 255 aa  54.3  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3464  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 126 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000142721  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  35.8 
 
 		 243 aa  54.3  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0486  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 474 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0077  transcriptional regulator, GntR family  43.08 
 
 		 239 aa  53.9  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6621  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 480 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.920064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>